搜索到103771篇“ 克隆与序列分析“的相关文章
- 萝卜ERF11基因克隆与序列分析
- 2024年
- 采用RT-PCR技术克隆了心里美萝卜ERF11基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,RsERF11基因开放阅读框全长507 bp,无内含子,编码168个氨基酸,相对分子量约为41 513 u,理论等电点为5.18,属于亲水性蛋白质,亚细胞定位预测其主要定位于细胞核。RsERF11含有1个AP2保守结构域,不含跨膜结构域和信号肽。系统进化分析表明,该蛋白质与甘蓝型油菜(Brassica napus)、甘蓝(Brassica oleracea)和白菜(Brassica rapa)等十字花科物种的同源性较高。
- 徐铭婕张文静李紫薇霍燕琦刘同金
- 关键词：基因克隆生物信息学分析
- 传染性法氏囊病毒超强毒株全基因组克隆与序列分析
- 2024年
- 为了解致贵州省某鸡场幼鸡死亡的传染性法氏囊病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)GZGY2022分离株的基因组特征、遗传变异及毒株类型,本试验设计引物对其进行全基因组的扩增、克隆、测序,遗传演化和毒株类型分析。结果显示,扩增IBDV全基因组的A、B片段分别为3260、2827bp,分别编码VP2~VP5、VP1基因。该毒株A、B片段与VvIBDV毒株核苷酸序列同源性分别为96.2%~98.7%、87.7%~98.9%,均与NN1172株同源性最高,与其他毒株同源性分别为83.1%~94.7%、90.1%~91.0%。遗传演化及毒株类型结果显示,IBDV毒株按抗原及毒力主要分为6个分支,该毒株A、B片段均聚类在VvIBDV分支,根据新基因型分类方法,该毒株为A3B3基因型。氨基酸序列分析结果表明,该毒株A、B片段分别有3、7处独有的氨基酸位点变异,全基因组编码区与超强毒株有13处一致且独有的特征性氨基酸位点。A片段的VP2序列与超强毒株有19处相同的特征氨基酸,其中高变区222A、242I、253Q、256I、279D、284A、294I、299S是超强毒株的特征性的氨基酸位点,七肽区序列SWSASGS与强毒株一致;B片段的VP1序列与超强毒株有10处相同的特征氨基酸,其中61I、145T、287A是超强毒株的特征性的氨基酸位点,777~782核苷酸序列为GGTGCC,未能形成KpnⅠ限制性内切酶位点,结合三联体位点145/146/147(TEG),则B片段与NN1172株一致,其毒力稍弱于B2型VvIBDV毒株。重组分析结果显示,该毒株序列无断裂和重组位点,未发生重组事件。结果表明,GZGY2022株属于A3B3型非重组超强毒株,特殊氨基酸位点均与VvIBDV分子特征相符。
- 柳佳佳梁海英曾智勇汤德元王彬边孟婷黄书潘向英田红利
- 关键词：传染性法氏囊病毒超强毒株
- 山葡萄基因VaEXO11及其启动子的克隆与序列分析
- 2024年
- 【目的】探究欧洲葡萄基因VvEXO11在山葡萄中的同源基因VaEXO11的表达及功能,为揭示葡萄抗寒分子通路、培育新的抗寒葡萄品种提供理论依据。【方法】克隆并分析VaEXO11及其启动子PVaEXO11序列,通过瞬时转化烟草探究PVaEXO11与低温胁迫的关系。【结果】从VaEXO11克隆到的cDNA序列全长为957 bp,其中ORF为957 bp,编码318个氨基酸。该基因仅由1个外显子构成,其蛋白含有一个高度保守的Phi_1结构域和一个信号肽,丝氨酸含量丰富,经预测为疏水脂溶性蛋白。对克隆到的P_(VaEXO11)进行顺式作用元件预测,分析结果表明,PVa EXO11不仅含有CAAT-box、TATA-box等核心启动子元件,还具备参与干旱胁迫、昼夜节律调控和创伤响应等功能响应元件。瞬时转化结果表明,低温激活P_(VaEXO11)的活性,VaEXO11的相对表达量迅速上升,直接或间接促进细胞内抗氧化酶的产生。【结论】VaEXO11除了参与低温调控,还可能参与多种逆境相关的调控,从而响应多种生物与非生物胁迫。
- 尹晓许文娣李娟马登辉刘成敏单守明
- 关键词：山葡萄启动子
- 鸽源禽腺病毒XY20株Hexon全基因克隆与序列分析
- 2024年
- 为了明确鸽源禽腺病毒主要致病性相关基因的分子特征,试验对Hexon基因分段进行PCR扩增,并在测序后拼接为完整的XY20株Hexon基因,通过DNAStar 7.1软件将其与从GenBank中选择的49株参考毒株的核苷酸和氨基酸进行序列比对,绘制系统进化树,分析氨基酸位点变异情况;通过SOPMA在线软件预测分析Hexon基因编码的Hexon蛋白的二级结构,通过http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/程序预测Hexon蛋白的N-糖基化位点。结果表明:XY20株Hexon基因序列全长为2814 bp,编码937个氨基酸;XY20株属于C群FAdV-4型,与各群代表毒株Hexon基因的核苷酸相似性在71.7%~100%之间,推导氨基酸序列相似性在76.8%~100%之间,与我国近几年禽腺病毒流行毒株GX-1、HB1510、HLJ 160826等的Hexon基因相似性为100%。与国外C群FAdV-4型毒株相比,XY20株的氨基酸中存在31个变异位点。XY20株Hexon蛋白的二级结构及11个N-糖基化位点与FAdV-4型早期毒株ON1相比没有发生明显变化。说明XY20株与早期FAdV-4型毒株Hexon蛋白抗原性一致,且极有可能源自鸡群FAdV-4型流行毒株。
- 朱小甫吴旭锦尹宝英郑红青彭腾杨尚彤李藤
- 关键词：鸽源禽腺病毒
- 欧李种质资源自交不亲和S-RNase基因的克隆及序列分析
- 2024年
- 为鉴定不同欧李种质资源的S基因型,分析欧李S基因序列特点,以70份欧李种质为材料,通过PCR特异性扩增S基因,并克隆测序得到其基因序列。结果表明:利用BFP93/BFP94-1引物,在52份种质中各鉴定到2个S基因,在16份种质中各鉴定到单个S基因,在3-32-扁黄和10-32两份种质中未扩增出条带;共克隆得到120条基因,鉴定得到36种S基因型,并将其中的新基因登录到NCBI中,登录号依次为OQ124075~OQ124109。
- 郭夕雯穆霄鹏王鹏飞张建成张帅杜俊杰
- 关键词：欧李S基因自交不亲和特异性引物
- 西伯利亚白刺L-半乳糖-1-磷酸磷酸酶基因克隆与序列分析
- 2024年
- 目的克隆西伯利亚白刺Nitraria sibirica维生素C合成过程中L-半乳糖-1-磷酸磷酸酶(L-galactose-1-phosphate phosphatase,GPP)编码基因。方法利用生物信息学方法对西伯利亚白刺三代转录组数据进行分析,共鉴定出2个GPP基因,并从西伯利亚白刺中成功克隆得到2条NsGPP基因序列,进一步利用生物信息学方法对其理化性质、蛋白结构、保守序列以及系统进化等进行分析,并结合RNA-seq数据分析其在盐胁迫下的表达模式,利用qRT-PCR实验检测其在不同组织中的表达水平。结果从西伯利亚白刺中成功鉴定克隆出2个NsGPP基因,2个NsGPP基因所编码蛋白均含有保守的FBPase/IMPase/glpX-like(FIG)结构域,且与其他植物GPP蛋白具有较高的相似性。利用多个物种的GPP蛋白序列构建系统进化树,结果显示西伯利亚白刺与灌木或半木质化草本植物亲缘关系更近。Motif分析发现NsGPP蛋白与拟南芥等GPP蛋白较为相似,但也存在差异,并且2个NsGPP蛋白之间也存在差异。此外,NsGPP1与NsGPP2的蛋白三维结构之间也存在微小差别。RNA-seq分析表明,不同浓度NaCl处理下,NsGPP1的表达逐步升高的趋势,而NsGPP2的表达量则较低,且在盐胁迫后其表达水平逐渐降低。qRT-PCR实验结果显示,白刺GPP基因的表达存在组织表达特异性,且在同一组织中NsGPP1的表达水平显著高于NsGPP2。结论从西伯利亚白刺中成功克隆到2个NsGPP基因,其编码蛋白均含有保守的FIG结构域,且与拟南芥等草本植物的GPP蛋白更为相似。NsGPP基因在不同组织中表达水平具有显著差异,其中NsGPP1可能参与西伯利亚白刺维生素C生物合成并参与白刺抵抗盐胁迫。为进一步解析白刺维生素C生物合成以及耐盐分子机制提供了理论依据。
- 高卫东杜雨晴张林凤蒋路园刘园邱德有邱德有陈贵林
- 关键词：基因鉴定基因表达
- 木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因克隆与序列分析
- 2023年
- 【目的】克隆木纳格葡萄果实中谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因VvGST1全长并研究其序列特征,为该基因在葡萄果实抗病作用和功能的研究奠定基础。【方法】根据已有的基因序列,设计3'和5'端RACE引物,利用RT-PCR和RACE技术克隆VvGST1基因cDNA全长。【结果】该基因序列全长719 bp,均为开放阅读框(ORF),共编码221个氨基酸。该基因编码蛋白相对分子质量为25.55 kDa;理论等电点pI值为6.32;分子式为C_(1178)H_(1799)N_(293)O_(321)S_(11);不稳定指数为39.22;该蛋白质是稳定的亲水性蛋白,不含跨膜结构域,没有预测到信号肽,可能存在于细胞基质中,是典型的基质蛋白。VvGST1氨基酸序列与棉花、桃、西梅、樱桃、李子、板栗等植物聚为一类,其中与棉花属亲缘关系最近。【结论】获得了木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因全长编码序列,探明了该序列的结构特征。
- 王曼张政伊丽达娜·迪力夏提吴斌
- 关键词：葡萄克隆谷胱甘肽-S-转移酶
- 新疆双峰驼C3d基因cDNA的克隆与序列分析
- 2023年
- 【目的】克隆骆驼补体C3d基因,分析序列特征,为其佐剂效应研究提供依据。【方法】利用Trizol试剂,从骆驼肝脏组织提取总RNA,并反转录获得cDNA。设计C3d特异引物,应用PCR技术扩增C3d序列,构建到pMD18-T载体。将重组质粒转入感受态菌株并双酶切鉴定。使用ClustW,DNAstar,Swiss-Model软件对构建的重组C3d基因序列进行同源性比对,建立系统进化树并对其二级和三级结构进行预测和分析。【结果】采用骆驼C3d特异引物,PCR扩增获得大小为909 bp的骆驼补体C3d基因。构建至T载体并转入大肠杆菌,获得阳性转化克隆。克隆的新疆双峰驼C3d序列与骆驼科C3d基因之间的同源性在97%以上,与牛和猪C3d基因同源性为88%,与兔和人的C3d基因同源性为83%。对骆驼C3d蛋白采用Swiss-Model软件进行序列分析,预测该蛋白质的二级结构主要由α-螺旋和β-折叠组成,该蛋白可能具有良好的免疫原性和免疫结合活性。【结论】C3d基因在进化中较为保守,在骆驼免疫中可以采用亲缘关系较近的其他动物来源的C3d作为分子佐剂从而增强骆驼免疫效果。
- 娜斯拜·阿卜杜瓦哈普高晓娟坤杜孜阿依·阿布都沙拉木李江伟
- 关键词：PCR基因克隆
- 茯苓细胞色素P450基因PcCYP的克隆与序列分析
- 2023年
- 目的筛选与茯苓Poriacocos生长发育相关的细胞色素P450基因序列,进一步丰富对茯苓生长发育理解。方法通过分子克隆到1个茯苓细胞色素P450基因Pc CYP,并利用在线工具分析其序列,预测蛋白的理化性质、结构域等分子特征;利用MEGA5.0分别对氨基酸进行多序列比对和进化关系分析,并采用q RT-PCR方法检测不同发酵培养时间6、8、10d的相对表达量。结果从茯苓中克隆到的Pc CYP存在可变性剪切,2个选择性剪切体PcCYP1和Pc CYP2CDS区长度分别为1590、1542bp,分别编码529、513个氨基酸。氨基酸序列分析发现其均具有保守的P450结构域,且具有信号肽和多个磷酸化修饰位点,属于分泌型的不稳定亲水蛋白。氨基酸序列多重比对及系统发育树结果显示PcCYP与担子菌Coprinopsis cinerea的CYP502距离最近,推测PcCYP和CYP502具有相似功能,即参与调控茯苓子实体的发育。定量PCR结果显示,选择性剪接变体Pc CYP1的表达量较Pc CYP2低,因此PcCYP2是Pc CYP基因的主要剪接体。结论Pc CYP与茯苓子实体的生长发育密切相关,为进一步研究Pc CYP在茯苓生长发育、遗传规律及育种等方面的生物学功能奠定基础。
- 唐静朱闻君刘和平苏振佳刘金鑫舒少华
- 关键词：茯苓细胞色素P450基因克隆生物信息学分析
- 猪TRIM38基因的克隆与序列分析
- 2023年
- 为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学功能。结果表明:猪TRIM38基因序列长度为1398 bp。大白猪TRIM38基因的核苷酸序列与欧亚野猪的相似性为100%,亲缘关系最近,为同一物种;与非洲跳鼠的相似性为70.1%,亲缘关系最远。猪TRIM38基因编码的蛋白质由465个氨基酸分子组成,分子量为32.27 ku,理论等电点(pI)为6.18,呈酸性。平均亲水系数(GRAVY)为-0.502,不稳定系数为60.89,是一种不稳定的亲水性蛋白质;猪TRIM38蛋白具有26个磷酸化位点,并含有16个糖基化位点。大白猪TRIM38蛋白主要存在于细胞核中;该蛋白无信号肽,不属于分泌蛋白且为膜外蛋白;猪TRIM38蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,三级结构与二级结构相符。说明TRIM38基因可以调控PRRSV的复制。
- 雷思睿张益诚赵孟孟
- 关键词：克隆进化树生物信息学分析
