搜索到13295 篇“ 全基因组关联分析 “的相关文章
鸡蛋血肉斑性状全 基因组 关联 分析 2025年 全 基因组 重测序,基于全 基因组 重测序和血肉斑表型数据进行全 基因组 关联 分析 。结果显示:产血肉斑蛋组 和不产血肉斑蛋组 的生产性状和蛋品质性状无显著差异(P>0.05);血肉斑性状遗传力为0.13;与血肉斑蛋性状相关的SNPs位点有303个,分布于1、2、3、4、5、7、9、10、11、12、13、14、16、19、25、26、31、33、40、41号染色体上,筛选到ATF4、CD47、FGF14、LSAMP、MAP4K4、PDGFB等重要候选基因 。研究表明,血肉斑性状为中低遗传力,受微效多基因 影响,其中ATF4、CD47、FGF14、LSAMP、MAP4K4、PDGFB为重要候选基因 。关键词：全基因组关联分析 玉米苞叶性状全 基因组 关联 分析 2025年 关联 的遗传位点及候选基因 ,可为玉米苞叶性状的遗传改良提供理论依据。【方法】以251份玉米自交系为试验材料,在2个环境下鉴定玉米苞叶数目、长度和包裹度,借助覆盖全 基因组 32853个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)标记,利用多位SNP随机效应混合线性模型(multi-locus random-SNP-effect mixed linear model,mrMLM)进行全 基因组 关联 分析 ,检测与3个苞叶性状显著关联 的SNP位点,预测候选基因 。【结果】3个苞叶性状在群体中表现出广泛的表型变异,变异系数为10.65%—40.60%;各性状在基因 型、环境及基因 型与环境互作均呈极显著差异,广义遗传率均大于80%。利用2个环境的表型数据及最佳线性无偏预测值,通过全 基因组 关联 分析 ,共检测到92个与3个玉米苞叶性状显著关联 的SNP位点,其中,与苞叶数目显著关联 的SNP位点35个,单个SNP位点可解释1.48%—10.53%的表型变异,与苞叶长度显著关联 的SNP位点33个,单个SNP位点可解释1.61%—21.79%的表型变异,与苞叶包裹度显著关联 的SNP位点24个,单个SNP位点可解释2.17%—20.86%的表型变异。此外,未鉴定到同时与2个性状显著关联 的SNP。92个SNP位点中有5个可同时在2个环境和最佳线性无偏预测值下被检测到,被认为是稳定的SNP位点,与前期研究相比,这5个SNP是新的遗传位点。参考关联 群体的连锁不平衡衰减距离,利用5个稳定SNP位点,结合17个玉米自交系苞叶组 织的qRT-PCR分析 ,筛选到3个玉米苞叶性状候选基因 Zm00001d003850、Zm00001d033706和Zm00001d025612,分别编码BOI相关E3泛素蛋白连接酶、GeBP转录因子和未知功能蛋白。【结论】检测到92个与3个玉米苞叶性状显著关联 的SNP位点,其中5个为稳定位点,预测了3个候选基因 可能参与玉米苞叶性状的形态建成。关键词：玉米 全基因组关联分析 候选基因 甘蓝型油菜苗期叶绿素含量的全 基因组 关联 分析 2025年 基因 ,本研究对278份来自世界各地的甘蓝型油菜核心种质苗期子叶中叶绿素的含量进行了测定,并利用rMVP软件的GLM、MLM和FarmCPU三种全 基因组 关联 分析 模型对总叶绿素含量、叶绿素a含量、叶绿素b含量及叶绿素a与叶绿素b含量比值分别进行了全 基因组 关联 分析 。研究结果显示:叶绿素a与叶绿素b含量比值的变异系数最小,为20%,叶绿素b含量的变异系数最大,达到了33%;上述四个叶绿素含量相关表型分别检测到了2、6、4和37个显著关联 的SNP位点,这些SNP位点集中分布在A03、A04、C03、C05和C07等染色体上。进一步结合基因 注释和同源比对共鉴定到70个候选基因 ,全 生育期表达谱分析 发现其中12个候选基因 在叶片和角果等绿色组 织中特异性高表达。实时荧光定量PCR(qRTPCR)结果显示,其中9个候选基因 的表达量在高或低叶绿素含量品种中存在差异,暗示这些候选基因 可能参与了叶绿素含量的调控。本研究结果有利于进一步揭示叶绿素含量调控的遗传基础,为甘蓝型油菜高光效育种提供了理论基础和种质资源。关键词：叶绿素含量 全基因组关联分析 候选基因 甘蓝型油菜 西瓜核心种质耐盐性的全 基因组 关联 分析 2025年 基因 ,为探究西瓜应答盐胁迫的机制、培育耐盐西瓜新品种奠定重要基础。【方法】通过对121份西瓜核心种质材料的耐盐性相关指标进行测定,利用全 基因组 关联 分析 (genome-wide association study,GWAS)定位与表型数据相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)变异位点,并对候选区间内的基因 进行功能注释,最终利用耐盐材料和盐敏感材料的转录组 数据确定耐盐相关的关键候选基因 。【结果】在根表面积指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得23个基因 ;在根K^(+)含量指标下鉴定出25个显著SNP位点,在候选区间内获得25个基因 ;在根Na^(+)含量指标下鉴定出2个显著SNP位点,在候选区间内获得10个基因 ;在根可溶性糖含量指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得18个基因 。所有候选基因 在150 mmol·L^(-1)Na Cl处理前后的耐盐和盐敏感材料中,Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540三个候选基因 的表达量均受盐胁迫的诱导显著上调表达。【结论】推测Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540为西瓜耐盐相关的关键候选基因 ,为解析提高西瓜耐盐性的分子机制及开发分子标记用于辅助选择育种奠定了基础。关键词：西瓜 耐盐性 全基因组关联分析 单核苷酸多态性 基因挖掘 镉胁迫下野生大豆苗期性状全 基因组 关联 分析 及耐镉候选基因 筛选 2025年 基因 。为筛选耐镉野生大豆种质资源并解析其耐镉分子机制,以冀东地区205份野生大豆品系作为研究材料,采用水培试验,设置镉胁迫和对照(不进行镉胁迫)2个处理以及2022年11月和2023年7月2个环境重复,测定苗期地上部鲜质量(SFW)、地下部鲜质量(RFW)、株高(PH)、根长(RL),计算鲜质量根冠比(RSR)、各性状对应的耐镉系数(CTC)及各个野生大豆材料的耐镉综合评价值(D值),同时进行全 基因组 关联 分析 (GWAS),并对15号染色体上的显著单核苷酸多态性(SNP)进行单倍型分析 。结果表明,除RSR外,镉胁迫处理幼苗性状平均值均低于对照;频率分析 结果显示,2个环境下的CTC均表现为正态分布,呈现数量性状遗传特性;参照D值筛选出13份耐镉野生大豆种质。主成分分析 显示,205份野生大豆材料可被分为3个类群;连锁不平衡(LD)分析 发现,205份野生大豆自然群体在100 kb处出现衰减。GWAS分析 共检测到195个与野生大豆耐镉性状显著相关的SNP,单个SNP可解释1.95%~25.43%的表型变异。根据SNP的物理位置共鉴定到591个候选基因 ,其中11个候选基因 分别由多个SNP重复关联 到,属于一因多效。更重要的是,根据功能注释发现了2个金属耐性蛋白(MTPs)基因 和2个重金属相关蛋白(HIPPs)基因 ,分别是LOC114386540(MTP 10-like)、LOC114388453(MTP 10-like)、LOC114369981(HIPP 36-like)和LOC114381753(HIPP 37-like),这4个基因 为阐明野生大豆耐镉性状遗传的分子机制奠定了基础。单倍型分析 发现,15号染色体上的单倍型2的平均耐镉系数最大,属于优异单倍型。关键词：镉胁迫 基于重测序数据的猪繁殖性状全 基因组 关联 分析 2025年 全 基因组 水平上探究影响母猪繁殖性状的分子机理,本试验对连续3胎不同产仔数的母猪进行全 基因组 重测序及关联 分析 ,挖掘参与调控母猪高低产仔数性状的关键调控基因 。本试验选取高繁母猪21头,低繁母猪19头,采用illumina novaseq 6000 PE150平台对40个文库进行全 基因组 重测序,结合母猪连续3胎产仔数的表型性状,基于GLM混合线性模型,并利用质控后的14708672个SNP标记进行全 基因组 关联 分析 。结果表明:总产仔数性状有87个SNP达基因组 水平显著,候选基因 包括RORA、SFRP1、HSD17B1、IGF_(1);产活仔数性状有73个SNP达基因组 水平显著,候选基因 包括DAZL、STAT3;健仔数性状有66个SNP呈基因组 水平显著,候选基因 包括DAZL、HSD17B1、STAT3;根据基因 功能注释推测IGF_(1)、DAZL、HSD17B1、SFRP1、STAT3是繁殖性状的重要候选基因 。本研究为猪繁殖性状的基因组 选择提供了重要的理论基础。关键词：繁殖性状 全基因组关联分析 苗草专用型大麦品种鉴定及全 基因组 关联 分析 2025年 分析 发现苗草生物量与籽粒千粒重呈一定的负相关。进一步通过全 基因组 关联 分析 ,共鉴定到12个苗草生物量相关QTL位点,从中预测出8个调控苗草生物量的候选基因 。本研究不仅为大麦苗草工厂化生产筛选出高转化率品种,同时也为苗草专用型大麦品种的遗传改良奠定了基础。关键词：全基因组关联分析 高温胁迫下稻米食味品质相关性状全 基因组 关联 分析 2025年 基因 ,为耐高温优质品种选育提供理论基础。【方法】以222份遗传背景广泛的栽培稻为试验材料,对9个稻米食味品质相关性状进行测定,结合基因 型信息与食味品质相关性状参数进行全 基因组 关联 分析 。【结果】稻米直链淀粉含量与米饭硬度正相关,与米饭黏度和食味值负相关。鉴定出14个在高温胁迫下与稻米食味品质相关性状的显著关联 位点。【结论】发现直链淀粉含量主效基因 Wx基因 是高温和正常环境下影响稻米食味品质的关键位点,此外,含有CYP450蛋白、IQ钙调素结合蛋白家族和3-酮酰基-CoA合成酶的基因 ,可能与高温和正常环境下直链淀粉含量的差异有关。关键词：水稻 高温 稻米食味品质 全基因组关联分析 3个小麦品种品质分类指标性状的全 基因组 关联 分析 2025年 基因 位点,挑选了103个长江中下游麦区种植的小麦品种组 成自然群体,并利用50KSNP芯片基因 分型,结合3个性状的表型,基于混合线性模型进行全 基因组 关联 分析 。结果鉴定到5个位于小麦1B和6D染色体上,3个位于5D和7D染色体上,28个分布于1A、1B、1D、4A上,分别与湿面筋含量、吸水率、稳定时间显著关联 的SNP标记,其中1B上3个与湿面筋含量,5D上2个与吸水率以及1D上24个与稳定时间显著关联 的SNP标记的位置相同或相近,为一个QTL簇。因此,共发掘到3个与湿面筋含量、2个与吸水率、4个与稳定时间显著关联 的位点。其中,与湿面筋含量关联 的3个位点位于1B染色体619Mb以及6D染色体445Mb和89Mb;与吸水率关联 的2个位点位于5D染色体4Mb左右和7D染色体389Mb;与稳定时间关联 的4个位点分别位于1D415Mb、1B553Mb、1A508Mb和4A591Mb处。5D上与吸水率显著关联 的SNP标记AX-86170795位于小麦籽粒硬度Pinb基因 序列上,1A、1B、1D上与稳定时间关联 的QTL位点分别与高分子量谷蛋白Glu-A1、Glu-B1、Glu-D1基因 位置一致。下一步相关位点开发功能性分子标记用于小麦品质改良的新品种选育。关键词：小麦 品质性状 全基因组关联分析 候选基因 中国高粱株高和节间数全 基因组 关联 分析 及候选基因 预测 2025年 全 基因组 关联 分析 (Genome-wide association study,GWAS)。表型调查表明,株高、节间数和节间长度的表型变异系数在13.47%~30.06%之间,在所有环境下的偏度和峰度的绝对值均小于1。利用2种不同的关联 模型(Blink和FarmCPU)对株高、节间数及节间长度进行GWAS分析 ,在10条染色体上共鉴定出118个与这3个性状显著相关的数量性状核苷酸(QTN)。其中,与株高、节间数及节间长度显著相关的QTN分别为60个、37个和32个,株高与节间数、节间长度共定位QTN分别有8个和3个。通过对候选基因 的序列分析 和功能注释,在12个QTN置信区间或附近鉴定出14个候选基因 ,它们与水稻和玉米中参与糖代谢、激素合成与信号传递以及细胞分裂的基因 同源。选择性消除分析 揭示,位于1号染色体的候选基因 Sobic.001G510400在中国南北高粱群体中受到强烈选择,形成了以北方矮秆高粱为主的单倍型Hap1和以南方高秆高粱为主的单倍型Hap2。携有Hap1的北方种质871255和携有Hap2的南方种质红缨子之间,该基因 表达存在显著差异。本研究结果为中国高粱品种株高遗传改良提供了理论依据。关键词：高粱 候选基因
