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云南省1株柯萨奇病毒A8型分离株基因组分析
2024年
目的分析柯萨奇病毒A8型(Coxsackievirus A8,CVA8)云南分离株A8-1/YN/CHN/2019基因组序列及其遗传特性,以期了解CVA8的流行和变异情况。方法设计针对CVA8的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1序列并测序,BioEdit 7.2.3拼接得到基因组,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot 3.5.1及RDP4软件进行重分析。结果A8-1/YN/CHN/2019株长7396 nt,编码2188个氨基酸。其VP1与CVA8原型株AF081299/Donovan/USA/1998核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为81.04%和95.24%;A8-1/YN/CHN/2019株属于基因型E,其他中国分离株位于D和E型。重分析发现A8-1/YN/CHN/2019株在非结构编码区的P2和P3段上发生重。结论A8-1/YN/CHN/2019株为E基因型,并在P2、P3段的非结构区发生了重事件。
郭伟刘煜菡张名冯昌增许丹菡何秀莲范胜涛马绍辉
关键词:全基因组测序
流感嗜血杆菌的药物敏感性研究与基因组分析
目的探究河北省儿童感染流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,Hi)临床分离株对抗菌药物的敏感性和血清型;分析比较耐药性及血清表型和基因型的差异,探究河北省儿童感染Hi的耐药机制;探究基因型预测表型的...
张洪斌
关键词:流感嗜血杆菌耐药性血清型全基因组测序
大口黑鲈源豚鼠气单胞菌的分离鉴定及基因组分析
2024年
【目的】探究患病大口黑鲈的致病菌及其主要生物学特性,为临床疾病防控提供技术支撑。【方法】首先对发病大口黑鲈进行病理织学观察,进而利用平板划线法分离细菌,通过革兰染色、生化试验和16S rDNA序列测定对分离菌进行鉴定,通过致病性试验观察分离菌对小鼠主要脏器造成的病理损伤;而后分别利用PCR方法和Kirby-Bauer(K-B)纸片法对分离菌的常见毒力基因和耐药特征进行检测分析;最后利用二代测序技术绘制其基因组草图,并通过生物信息学方法对其分子特征进行解析。【结果】自然感染大口黑鲈肝细胞肿大,空泡变性,肠黏膜下层出血,肠壁坏死;于患病黑鲈体内分离到1株优势菌,在血平板上呈乳白色,半透明,直径约1 mm的小菌落,呈β溶血,革兰染色为阴性短杆菌,两端钝圆,经生化试验和16S rDNA测序证实分离菌为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae),将其命名为SCMS。试验小鼠接种后24 h内死亡率为100%,病理特征与自然感染大口黑鲈相似;SCMS株中共检测到9种毒力基因,分别为Aha、Ahp、Aer、Alt、gcaT、Act、Exu、Ela和eprCAI;药敏试验结果显示,分离菌对大多数四环素类、大环内酯类药物表现耐药或中度敏感;基因组测序显示,分离菌长4329602 bp,GC含量为61.5%,基因组信息在GenBank中的登录号为JARFUQ000000000,相似性分析显示分离菌与人源、食品源豚鼠气单胞菌具有高度相似性;病原毒力因子数据库(VFDB)比对显示,分离菌携带多种与黏附、侵入及分泌系统相关的毒力基因;耐药基因数据库(CGE)分析显示,菌株中携带7种耐药基因,部分基因与耐药表型存在不一致的现象。【结论】本试验通过基因组测序技术解析了1株大口黑鲈源豚鼠气单胞菌的毒力基因和耐药基因,其结果可为大口黑鲈临床疾病防控提供技术支撑。
王迎平赵静贤尚佳富郝成森左妤祺朱桓奕冯旭东徐婷婷倪兴维刘霞杨晓伟曹蓝云张立武谭昌藩曹礼静赵光伟
关键词:大口黑鲈豚鼠气单胞菌全基因组测序毒力基因耐药基因
植物乳杆菌CS3基因组分析及对己醛的转化
2024年
大豆是传统酱油酿造的主要原料,在酿造过程中容易发生氧化变质和酸败等现象,从而产生不良风味和有害物质,其原因是发酵过程中产生了不饱和脂肪醛类物质。本研究以植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)CS3为研究对象,在对该菌株进行基因组测序和己醛胁迫下的转录分析的基础上,筛选出转化己醛的关键基因AdhE(双功能乙醛CoA/酒精脱氢酶)和己醛胁迫下的高表达转录因子FruR。利用CRISPR-Cas9基因编辑技术,将基因AdhE和FruR进行基因敲除验证,敲除后的菌株在MRS培养基中代谢己醛的能力分别下降了17.72%和56.72%。这表明两个基因在己醛转化过程中都发挥重要作用。这一结果为植物乳杆菌在酱油生产中降低醛类等有害物质的应用提供了理论支持。
呼振豪王文君李旭赵国忠
关键词:植物乳杆菌脂肪醛全基因组测序
1株梅花鹿源多重耐药大肠杆菌基因组分析
2024年
该试验通过对药敏试验中具有多重耐药性的1株编号为64的梅花鹿源大肠杆菌进行基因组测序,利用GO、KEGG、VFDB、CARD等数据库对菌株进行基因功能注释;利用Circos软件绘制基因组环形图谱。测序结果显示,该菌株的基因总长度4838417 bp,GC含量50.78%,含1个质粒,长度93378 bp。预测该菌株编码基因数量4514个,总长度4268565 bp,预测出该菌株含有14个基因岛。基因功能分析显示,该菌株基因组有3208条基因与KEGG数据库相对应,其中2009个基因参与到了49条信号通路。通过数据库比对显示该菌株基因组中存在61个耐药基因,对16类抗菌药物有抗性,存在898个毒力基因。该试验结果为大肠杆菌耐药性的研究及防控提供了一定的数据参考。
周航杨海旺孙宏飞霍亚迪孙婉莹薛原
关键词:大肠杆菌耐药性全基因组测序
湘西地区猕猴桃溃疡病病原菌分离及其基因组分析
2024年
通过了解湘西地区猕猴桃溃疡病致病菌分类地位和基因类型,初步探讨其致病的分子机理。采用纯培养法分离猕猴桃溃疡病菌;基于16S~23S rRNA基因内转录间隔序列进行病原菌的系统发育分析;通过基因组测序和生物信息学分析解析其致病的分子机理。从“米良1号”和“红阳”猕猴桃感病枝条中分离获得5株溃疡病菌,编号为L211、L212、L321、L322、L323;通过形态特征和16S~23S rRNA基因内转录间隔序列分析,鉴定5株细菌均为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidae,Psa)。以菌株L211为代表进行体外猕猴桃枝条接种实验表明能引起典型溃疡病症状。通过菌株L211的基因组测序和生物信息学分析,获得5741条基因数目,长5412072 bp;基因功能注释发现菌株L211携带121种毒力因子、71个植物互作因子和77个耐药基因;同时,基因组单核苷酸多态性分析发现病原菌L211为基因Ⅲ型Psa。引起湘西地区猕猴桃溃疡病的病原菌是丁香假单胞菌猕猴桃致病变种基因Ⅲ型,与国内外报道的引起猕猴桃溃疡病大流行的致病菌一致。猕猴桃溃疡病发病原因可能是病原菌的多种毒力基因和互作基因协同作用的结果。
杨睿汪琳罗沙姚迪唐蕴哲张婧一彭清忠
关键词:猕猴桃溃疡病全基因组测序致病机理
肠炎沙门菌基因组分析及OmpC缺失株部分生物特性研究
肠炎沙门菌(Salmonella enterica)是沙门菌中致病性较强的血清型,其宿主包括人和多种动物。孔蛋白OmpC可参与肠炎沙门菌的侵袭、黏附,还能影响肠杆菌的耐药性。本实验室早期从奶牛粪样中分离出一株耐药性较强的...
李涵
关键词:全基因组测序肠炎沙门菌孔蛋白转录组学
瘤胫果实蝇线粒体基因组分析与系统发育
2024年
【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体基因组进行测序、装、拼接和注释,获得基因组序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。
黄振郭琼霞
关键词:线粒体全基因组系统发育
云南越桔T2T基因组测序及GST基因家族基因组分析
蓝莓(Vacciniums.spp)是一种常见的越桔属(Vaccinium)小浆果,其味道鲜美,甜酸适中,营养丰富,有“黄金浆果”的美誉,富含多种维生素与丰富的抗氧化物质。其花青素水平显著高于其他果实,在食品、制药、化妆...
吕薇
关键词:蓝莓花青素
镇巴腊肉源乳酸乳球菌益生特性及基因组分析研究
乳酸乳球菌作为发酵工业中常用的发酵剂之一,是公认安的食品级微生物,在食品、医药等行业中应用广泛。目前已有研究人员使用乳酸乳球菌作为食品发酵剂,能够显著改善食品的口感并促进风味物质的积累,同时发挥其益生作用。因此,从益生...
见玉文
关键词:乳酸乳球菌全基因组测序比较基因组

相关作者

马绍辉
作品数:123被引量:144H指数:5
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所
研究主题:分离株 全基因组 VP1基因 柯萨奇病毒B组 病毒
徐珍珍
作品数:45被引量:51H指数:4
供职机构:江苏省农业科学院
研究主题:棉花 异常棉 陆地棉 分子基础 棉花育种
王晓晔
作品数:46被引量:157H指数:8
供职机构:广西大学动物科学技术学院
研究主题:毒力基因 全基因组分析 噬菌体 冷冻保存 多重耐药
童贻刚
作品数:178被引量:581H指数:12
供职机构:军事医学科学院微生物流行病研究所
研究主题:噬菌体 高通量测序 CHO细胞 基因 全基因组测序
张名
作品数:40被引量:49H指数:3
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所
研究主题:柯萨奇病毒B组 进化分析 分离株 柯萨奇病毒 毒株