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玉米野生种基因组研究进展及应用: 2024年; 气候变化为粮食生产、生态系统的稳定性带来了重要的挑战。在极端气候变化下,发展适应性物种是作物遗传育种的重要目标之一。作为重要的作物之一,玉米在经历强烈的驯化瓶颈之后,已经丢失了大量的遗传多样性,特别是一些与生物和非生物胁迫相关的位点。在野生种和农家种中寻找玉米驯化过程中丢失的遗传多样性,并将其应用于现代遗传育种中,将为适应性新品种的创制提供新的契机。本文在对大刍草(玉米野生近亲)的发现及分类研究进行介绍之后,进一步总结了大刍草和玉米的性状与基因组差异,并综述了目前基于遗传学、群体遗传学、分子生物学等对大刍草和玉米之间差异遗传机理剖析的进展,多角度表明了大刍草在玉米遗传学研究中的重要性。最后,对未来气候变化下大刍草在玉米育种中的重要性提出了展望。; 胡伊娃陈露; 关键词：气候变化玉米适应性野生种

蚕豆象的线粒体基因组研究及系统发育分析被引量：2: 2024年; 【目的】蚕豆象是农业上一种重要害虫,本文测序、分析了蚕豆象的线粒体全基因组,以期为更好地理解茎甲亚科分支类群、豆象亚科和蚕豆象的系统发育提供线粒体基因组数据。【方法】在系统发育分析中,内群取样包含茎甲亚科分支类群的22种昆虫,外群选择2个肖叶甲亚科(Basilepta fulvipes和Basilepta melanopus)昆虫,分别利用最大似然法和贝叶斯法重建茎甲亚科分支类群的系统发育关系。【结果】蚕豆象的线粒体基因组全长为16586 bp(GenB ank序列号:OP650255),包含37个基因(13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和22个转运RNA基因)和一段非编码控制区。所有转运RNA基因中,除trnS1因缺少二氢尿嘧啶(DHU)臂而形成一个简单的环,无法构成稳定的三叶草结构外,其余转运RNA基因均能形成典型的三叶草结构。此外,trnS1的反密码子不是常见的GCU,而是UCU。【结论】本研究首次获得了蚕豆象的线粒体基因组全序列。2种不同的系统发育分析方法构建的系统发育关系显示:豆象亚科、茎甲亚科、水叶甲亚科和负泥虫亚科为单系群;豆象亚科与水叶甲亚科+负泥虫亚科为姐妹群;蚕豆象与四纹豆象为姐妹群。; 林兴雨宋南; 关键词：鞘翅目蚕豆象线粒体基因组

植物端粒到端粒(T2T)基因组研究进展与展望: 2024年; 高质量的参考基因组是基因组学研究的基础。目前,大多数的参考基因组仍然是不完整的。随着长读长测序技术的不断发展,完成端粒到端粒(telomere-to-telomere,T2T)基因组组装的物种越来越多。T2T基因组为深入研究着丝粒等复杂区域奠定了基础,对功能基因的挖掘和重要生物机制的研究具有重要意义。本文概述了植物T2T基因组的研究进展,结合实例介绍了相应的组装策略,讨论了T2T基因组的意义和面临的挑战,并对未来的发展前景进行了展望。; 宫少达谢文召赵如鹏冯康宁陈玲玲; 关键词：测序技术植物基因组

光眉刺蛾的线粒体基因组研究及系统发育分析: 2024年; 为探究光眉刺蛾Narosa fulgens(Leech,1889)的线粒体基因组结构及刺蛾科的系统发育关系,利用下一代测序方法获得光眉刺蛾线粒体全基因组序列。系统发育分析中使用斑蛾总科16个物种作为内群,并选择木蠹蛾科和网蛾科各1个物种作为外群,利用最大似然法和贝叶斯法重建刺蛾科的系统发育关系。光眉刺蛾的线粒体基因组包含37个基因(13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因)和1个非编码控制区,全长为15296 bp(GenBank登录号:OP919326)。光眉刺蛾线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的起始密码子除cox1利用CGA开头外,其余蛋白质编码基因都是以ATN开头,终止密码子除cox2和nad4以不完整的T结尾外,其余蛋白质编码基因都是以TAA和TAG结尾。除trnS1因缺少DHU臂而形成一个简单的环,无法形成稳定的三叶草结构外,其余转运RNA基因均能形成典型的三叶草结构。rrnL的全长为1335 bp,A+T含量为85.24%。rrnS的全长为732 bp,A+T含量为84.70%。两个方法构建的系统发育树的结果均表明:斑蛾科和刺蛾科为单系群,光眉刺蛾与龟形小刺蛾Narosa nigrisigna为姐妹群。; 林兴雨宋南; 关键词：鳞翅目刺蛾科线粒体基因组系统发育

刺厉螨属和真厉螨属的形态特征及其线粒体基因组研究: 何港贤

新疆布尔根河狸国家级自然保护区狭耳鼠耳蝠线粒体基因组研究: 2024年; 为提供鼠耳蝠属(Myotis)蝙蝠类遗传及进化分子水平的证据,通过高通量测序法对新疆布尔根河狸国家级自然保护区栖息的狭耳鼠耳蝠(M.blythii)线粒体基因组全序列进行测定和分析。结果显示:狭耳鼠耳蝠线粒体基因组总长为16752 bp,总碱基组成为33.8%A、30.4%T、22.7%C和13.1%G;线粒体基因组由13个蛋白质编码基因、2个r RNA(12S和16S)基因、22个t RNA基因和1个非编码控制区组成;控制区基因长度为948 bp,比大鼠耳蝠(M.myotis)等姊妹物种短很多;与从NCBI下载的其他鼠耳蝠属蝙蝠线粒体基因组序列的系统发育分析比较,狭耳鼠耳蝠与大鼠耳蝠亲缘关系最近。研究结果丰富了鼠耳蝠属线粒体基因组信息,明确了新疆狭耳鼠耳蝠在鼠耳蝠属内的系统进化地位和亲缘关系,为蝙蝠科(Vespertilionidae)系统分子进化和后续研究提供基础数据。; 阿斯姑丽·阿布都热合曼初雯雯戚英杰初红军吴红潘何承斌; 关键词：线粒体基因组濒危物种系统发育

大豆泛基因组研究进展: 2024年; 人工驯化为农业发展提供了原始驱动力,也深刻地改变了许多动植物的遗传背景。伴随组学大数据理论和技术体系的发展,作物基因组研究已迈入泛基因组时代。借助泛基因组的研究思路,通过多基因组间的比较和整合,能够评估物种遗传信息上界和下界,认知物种的遗传多样性全貌。此外,将泛基因组与染色体大尺度结构变异、群体高通量测序及多层次组学数据相结合,可以进行更为深入的性状-遗传机制解析。大豆(Glycine max(L.)Merr.)是重要的粮油经济作物,大豆产能关乎国家粮食安全。对大豆遗传背景形成、重要农艺性状关键位点的解析,是实现更高效的大豆育种改良的前提。本文首先对泛基因组学的核心问题进行了阐述,解释了从头组装/比对组装、迭代式组装和图基因组等泛基因组研究策略的演变历程和各自特征;接着对作物泛基因组研究的热点问题进行了概括,并且以大豆为例详细阐释了包括类群选择、泛基因组构建、数据挖掘等方面在内的泛基因组研究的开展思路,着重说明染色体结构变异在大豆演化/驯化历程中的贡献及其在农艺性状遗传基础挖掘上的价值;最后讨论了图泛基因组在数据整合、结构变异计算方面的应用前景。本文对作物泛基因组未来的发展趋势进行了展望,以期为作物基因组学及数据科学研究提供参考。; 刘羽诚申妍婷田志喜; 关键词：大豆驯化

轮虫线粒体基因组研究进展: 2024年; 为了解轮虫线粒体基因组研究现状和存在的问题,通过对轮虫线粒体基因组研究相关文献的搜索、收集、阅读和归纳总结,通过对轮虫线粒体基因组序列进行分析和统计,提出轮虫线粒体基因组研究发展趋势及应用。随着分子生物学技术特别是测序技术的发展,轮虫线粒体基因组序列测定相关研究也逐步开展起来。目前已经报道的轮虫线粒体全序列有12个记录,共6种物种,主要集中于蛭态轮虫和臂尾轮属轮虫,蛭态轮虫线粒体基因组含1条环形染色体,臂尾轮属轮虫含两条环形染色体。所有轮虫线粒体基因组均含有基本的13个线粒体蛋白质编码基因,2个rRNA编码基因,22个tRNA编码基因(18~32个)。另外,少数轮虫如萼花臂尾轮虫含有额外的cytb基因拷贝。由于轮形动物中的轮虫体型微小,克隆培养困难,研究人员相对较少,轮虫线粒体基因组测序有待进一步深入。线粒体基因组研究中获得的序列可以用于轮虫系统发生关系研究、轮虫线粒体基因组比较学研究、轮虫隐种研究、轮虫分子鉴定研究、轮虫地理谱系学研究。; 何润泽周利民高炳淼程双怀; 关键词：轮虫线粒体基因组

高分子材料基因组研究进展: 2024年; 改变传统专家系统分析的方法,运用信息学中的科学计量方法,即基于信息学的第四研究范式,客观、全面地分析了高分子材料基因组领域的现状和发展趋势。研究表明,该领域已经进入了“快速发展期”,形成了一些稳定产出的学术团队。目前的研究热点主要集中于机器学习策略在高分子材料中的应用,并且在光电材料、高分子电介质材料、高分子纳米复合材料、高性能复合材料和高分子生物材料上取得了一定的进展。最后,结合目前的研究进展探讨了高分子材料基因组未来的发展方向。; 应斐儿高梁林嘉平杜磊; 关键词：高分子材料

蚤亚科线粒体基因组研究进展: 2024年; 蚤亚科(Pulicinae)隶属于蚤目(Siphonaptera)蚤总科(Pulicoidea)蚤科(Pulicidae),是啮齿动物和猫犬常见的嗜血性体外寄生虫。已测定的蚤亚科共3属5种(猫栉首蚤、犬栉首蚤、东洋栉首蚤、印鼠客蚤和人蚤),其线粒体基因组的结构特征和变异情况具有以下特点:线粒体基因组保留了节肢动物典型的排列模式,未发生基因缺失、增加和重排现象;AT含量较高,且AT-偏斜和GC-偏斜均为负值,与大多数全变态类昆虫一样,密码子使用度具有明显的偏好性;人蚤的丝氨酸转运RNA (trnS1)呈典型的三叶草结构,其余物种与后生动物一样trnS1缺失D-臂,且5种蚤亚科物种的trnS1以UCU为反密码子代替了常见的GCU;蚤亚科控制区偏大,最大可达7 kb以上,主要以二核苷酸重复为主,NADH脱氢酶亚基4 (nad4)~nad4L之间存在7 bp的保守重叠区,与多数全变态类昆虫一致。本文以期对今后蚤亚科在全变态类昆虫中的演化提供参考。; 林小霞董文鸽; 关键词：线粒体基因组系统发育分子进化

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