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基因组结构预测的方法及电子装置: 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置，该基因组结构预测的方法包括：S1）对多个样本的转录组测序序列进行组装，获得转录本组装序列；S2）将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对，获得比对基因组序列；S3）将比...; 周勋李晓波张雪梅卢骁李泽阳王娟牛晓阳李志民

基因组结构预测的方法及电子装置: 本发明提供了一种基因组结构预测的方法及电子装置，该基因组结构预测的方法包括：S1）对多个样本的转录组测序序列进行组装，获得转录本组装序列；S2）将转录本组装序列与样本参考基因组序列进行比对，获得比对基因组序列；S3）将比...; 周勋李晓波张雪梅卢骁李泽阳王娟牛晓阳李志民

五指毛桃叶绿体基因组结构与序列特征分析: 2024年; 【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系统进化分析。【结果】五指毛桃叶绿体基因组为环状双链四分体分子,长度160 340 bp,GC含量为35.9%,包含130个基因。该基因组含有26 679个密码子,偏好使用以A/T结尾的密码子;共有93个简单重复序列,其中以A/T形成的单、二核苷酸重复为优势重复基序。五指毛桃与其他榕属植物相比,叶绿体基因组序列同源性较高,碱基变异位点数量较少,主要分布在非编码区域如rpoB-trnC、trnT-trnL、rpl32-trnL等,与薜荔具有最高的序列相似度。【结论】五指毛桃叶绿体基因组具有典型的高等植物叶绿体基因组结构和基因组成,存在密码子偏好性,包含类型丰富的简单重复序列,且与同属植物薜荔的亲缘关系最近。; 黄琼林谭靖怡叶晓霞梁秋婷蒲柳池吴民华; 关键词：五指毛桃叶绿体基因组密码子偏好性简单重复序列系统进化关系

萝藦叶绿体基因组结构及进化发育分析: 2024年; 萝藦(Metaplexis japonica(Thunb.)Makino),具有一定的食用价值和药用价值。本研究目的是获得萝藦叶绿体基因组拼接,分析叶绿体基因组序列特征,确定其在近缘物种中的系统进化关系。研究方法是利用Illumina平台对萝藦叶绿体基因组进行高通量测序,使用一系列生物信息学分析方法,完成基因组拼接和基因注释,分析重复序列特征。结合萝藦多个近缘物种,分析边界基因的变异,构建多物种系统进化树。结果表明,萝藦叶绿体基因组是典型的环状四分体结构,全长157 081 bp, GC含量是36.49%。共注释132个基因,包含有45个光合作用相关基因、74个自我复制相关基因、6个其他基因和7个功能未知基因。鉴定得到271个简单重复序列(SSR)位点,其中以单碱基重复为主,其次是三碱基重复。多物种比较和系统进化分析证实,萝藦属于鹅绒藤属,与马利筋属和牛角瓜属是进化上更近的属间植物。; 马萌萌李淑娴吴怀通; 关键词：叶绿体基因组系统发育分析

黑肩绿盲蝽的线粒体基因组结构: 2024年; 为研究黑肩绿盲蝽Cyrtorhinus lividipennis的谱系地理和遗传结构,本文测定并分析了其线粒体基因组全序列。结果表明:黑肩绿盲蝽线粒体基因组全长16835 bp(GenBank登录号:OK149286),包括13个蛋白质编码基因(PCGs),22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个非编码区,呈闭合双链环状DNA分子结构。线粒体基因组中A+T含量高达76.8%,G+C含量为23.2%,呈现明显的AT偏向性;13个蛋白质编码基因均以通用密码子ATN作为起始密码子;蛋白质编码基因中呈现出明显的氨基酸偏好性,异亮氨酸含量占比最高,为10.78%;22个tRNA基因中有21个tRNA形成典型的三叶草式二级结构;系统发育树显示,盲蝽科的11个种聚为两大分支,黑肩绿盲蝽以99%的自展支持率位于其中的一个分支内。本研究结果将为黑肩绿盲蝽作为天敌昆虫来防治水稻害虫提供帮助。; 许常玉刘玉娣侯茂林; 关键词：半翅目盲蝽科黑肩绿盲蝽线粒体基因组系统发育

基于全基因组重测序数据的新疆褐牛基因组结构变异检测及群体结构分析: 2024年; 旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation,SVs)特征,并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据,利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以及中国西门塔尔牛基因组结构变异进行检测,之后利用主成分分析、构建系统发育树和遗传分化指数(F_(ST))将新疆褐牛基因组与其余3个品种进行比较分析。结果显示,4个牛品种共检测出54969个SVs,缺失型变异占比最高(56.59%),插入型变异占比最少(0.03%)。从数量上看,这些SVs在染色体上的分布呈现出随染色体号变大而逐渐减少的趋势。不同品种间存在共有变异和品种特有变异,其中地方品种哈萨克牛拥有的特有SVs数量最多。主成分分析和系统发育树结果发现,新疆褐牛同哈萨克牛和瑞士褐牛具有较近的亲缘关系。经选择信号分析、基因注释和富集分析,挖掘出了一批与产奶性状(PI 4K2A、ELOVL3、ECHS1、SCD、TCF 7L2、PNLIPRP2、BTRC、PLCE 1)、生长发育(BMP6、TLL2、MAPK9、ROR 2)、适应性(PRKC B)以及免疫(GSTO2、GSTO 1)相关的关键基因。本研究从结构变异上解析新疆褐牛的特征,并揭示一些新疆褐牛培育过程中高度分化的基因,为推动新疆褐牛的遗传改良提供了基础资料。; 张涛李佳芪胥磊王丹张梦华张涛闫梦婕王玮韬黄锡霞黄锡霞; 关键词：新疆褐牛

黄鳍东方鲀线粒体基因组结构及系统发育研究: 2024年; 【目的】研究我国大洋河水域黄鳍东方鲀(Takifugu xanthopterus)的分子遗传学特性,为黄鳍东方鲀种质资源遗传多样性和系统发育分析提供基础数据。【方法】利用高通量测序技术,获得黄鳍东方鲀线粒体基因组全序列,分析线粒体基因组结构。【结果】黄鳍东方鲀线粒体基因组序列全长16444 bp(GenBank登录号:MT560586),由13个蛋白质编码基因、22个tRNAs基因、2个rRNAs基因、1个控制区和1个轻链复制起始区组成。13个蛋白质编码基因中仅有cox1基因起始密码子为特殊的GTG,其余蛋白质编码基因均以ATG为起始密码子,cox2和nad4终止密码子以单独的T结尾。偏好密码子(RSCU>2)分别是Arg(CGA)和Ser(UCC)。22个tRNAs基因除trnS1基因外,其余tRNAs二级结构均为典型的三叶草结构。以斑腰单孔鲀(Monotreta leiurus)为外类群,对16种东方鲀属线粒体基因组全序列进行进化关系分析。由贝叶斯法构建的系统发生树表明,黄鳍东方鲀与痣斑多纪鲀(T.chrysops)和豹纹多纪鲀(T.pardalis)的亲缘关系最近。【结论】黄鳍东方鲀的线粒体基因组结构和基因排列顺序符合鱼类基因组典型结构和排列特征。; 朱春月胡宗云张健张伯序刘忠航杨培民; 关键词：线粒体基因组系统发育分析

三种绿螂的形态特征及线粒体基因组结构、系统进化分析: 绿螂,西太平洋沿岸特有的双壳纲软体动物,多栖息在红树林和河口等水域交汇处,对维持当地生态系统平衡和生物多样性具有显著作用。但由于种类较少等原因,导致绿螂属物种分类模糊,常发生同种异名、异名同种等现象,此外其线粒体基因组学...; 张文杰; 关键词：物种鉴定线粒体基因组系统进化分析

草珊瑚与海南草珊瑚叶绿体基因组结构及系统发育关系分析: 2024年; 利用Illumina全基因组测序数据组装了草珊瑚和海南草珊瑚叶绿体全基因组,两者总GC含量均为39%;草珊瑚叶绿体基因组总大小为158881 bp,包含一个88169 bp的大单拷贝区(LSC)、一个18446 bp的小单拷贝区(SSC)和一对26133 bp的反向重复区(IRs);海南草珊瑚叶绿体基因组总大小为158826 bp,包含一个88104 bp的LSC、一个18440 bp的SSC和一对26141 bp的IRs;二者均注释得到128个基因,包括84个蛋白编码基因(CDS)、8个rRNA基因和36个tRNA基因;系统发育树表明,草珊瑚叶绿体基因组与NCBI下载的两个草珊瑚基因组序列聚为一支,再与海南草珊瑚聚为一支,草珊瑚属与金粟兰属互为姐妹群。; 何艳妮黎前利杨武海吴之坤; 关键词：叶绿体基因组系统发育分析

一种MHC区域三维基因组结构的高通量长读长测序方法: 本发明公开了一种MHC区域三维基因组结构的高通量长读长测序方法。该方法结合MHC 区域靶向捕获和PacBio平台的长读长染色质邻近连接测序技术，采用混合酶解的方式：第一步采用蛋白酶K酶解，第二步采用链霉素蛋白酶、嗜热菌蛋...; 迟玮肖传乐白鑫钟嘉泳胡苁连韵钰

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