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单核苷酸多态性与核心基因组多位点序列分型技术在志贺暴发疫情调查中的应用研究
2024年
目的对志贺暴发株的全基因组聚类特征进行比较分析,为全基因组比对溯源分析算法的建立和优化提供参考。方法选取2017年8月河南省某寄宿制初中食物中毒事件中的17例腹泻病例,每个病例采集粪便拭子1份,提取细DNA进行全基因组测序,测序数据经质控过滤、拼接组装后进行全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)和核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析。结果经分离培养、系统生化鉴定和血清学分型,共鉴定出17株志贺。wgSNP分析将17株志贺分为3个主要分枝,分枝3对应病例的分枝事件频度和时空跨度都较大。cg MLST分析将17株志贺暴发株归为同一分枝。结论wgSNP与cgMLST测序分析技术各有优劣,可以为肠道腹泻传染病日常监测和暴发控制提供参考依据。
郝潇赵嘉咏宋威蓉胡赢心穆玉姣
关键词:宋内志贺菌全基因组单核苷酸多态性
一株马源志贺的分离鉴定与耐药性分析
2023年
为鉴定马粪便中分离到的1株细种类,笔者结合形态学观察与序列分析鉴定细,采用PCR法检测分离其耐药基因,并使用药敏试验对分离进行耐药性分析。结果显示,分离株在MAC琼脂培养基和SS琼脂培养基上均呈半透明、光滑、边缘整齐的圆形小落,镜检可见分离呈两端钝圆的革兰阴性短;基于16S rDNA基因位点,分离的序列经比对后,与英国人源志贺的序列同源性为100%,结合形态学观察结果,鉴定为志贺;采用PCR法检测10种耐药基因,发现分离株携带4种耐药基因,分别为parC、gyrA、gyrB和blaCTX;采用9种药物对分离株进行药敏试验,发现分离株对氨苄西林、红霉素、庆大霉素、四环素等药物耐药,呈现多重耐药性;对头孢西丁、阿米卡星敏感。研究结果为志贺病的防治提供了基础参考。
石帅锋陀海欣倪晓彤刘螯汽洪皓正朱婷婷李静齐萌
关键词:宋内志贺菌
一株同时携带bla_(CTX-M-14)和bla_(CTX-M-15)基因的多重耐药志贺耐药基因及质粒分析
2023年
目的对1株同时耐头孢素和阿奇霉素的多重耐药志贺进行全基因组测序分析,明确其携带的耐药基因和质粒特征。方法通过对2011年上海市的60株志贺进行抗药物敏感性分析,筛选出1株同时耐头孢素和阿奇霉素的株Sh11sh529,使用二代和纳米孔测序技术获得其基因组序列,分析基因组的耐药基因、质粒、可移动遗传元件等。结果Sh11sh529基因组中检测到了11个耐药基因以及gyrA基因喹诺酮耐药决定区(QRDR)的突变位点gyrA-S83L,耐药基因包括2种CTX-M型超广谱β酰胺酶(ESBL)基因bla_(CTX-M-14)和bla_(CTX-M-15),其中bla_(CTX-M-14)、mphA、aac(3)-IId、dfrA17、aadA5、sul1和qacEdelta基因由1个IncB/O/K/Z型质粒pSh11sh529-2携带,bla_(CTX-M-14)上游有1个ISEcp1插入子,mphA上游有1个IS26插入子。而bla_(CTX-M-15)由IncFII型质粒pSh11sh529-3携带,在其上游有1个ISEcp1插入子。该株表现出多重耐药性,对头孢素类、大环酯类、氨基糖苷类、磺胺类、青霉素类等5类抗药物中的9种耐药。结论应当加强对多重耐药株以及同时携带多个类型ESBL株的监测和研究,以制定策略减少其流行和传播。
刘康康李春晓
关键词:宋内志贺菌
志贺进化与耐药特征研究
志贺引起的细性痢疾是对全球公共卫生的持续性威胁。志贺每年在全球导致约1.88亿人感染,造成约16万人死亡,而且死亡的病例主要为婴幼儿。福氏志贺志贺是全球范围流行的主要志贺类型,近些年,志贺逐渐...
刘康康
关键词:志贺菌耐药进化全基因组测序
人血清中福氏2a及志贺O-特异性多糖抗体IgG含量间接ELISA定量检测方法的验证及应用
2023年
目的验证人血清中福氏2a及志贺O-特异性多糖(分别简称福氏2a多糖及多糖)抗体IgG含量的ELISA定量检测方法,并用于福氏痢疾双价疫苗免疫前后人血清样本的检测。方法将参考血清及质控血清按一定比例混合,制备成10份不同浓度的血清样本(编号为S1~S10),采用企业提供的间接ELISA定量检测方法检测样本,连续测定6 d,计算多糖抗体IgG回收率和变异系数(coefficient of variation,CV),并以回收率CV低于20%的相应参考血清含量作为定量限(limit of quantitation,LOQ)。采用相同检测方法连续6 d测定血清样本S10及质控血清,每天重复检测3次,计算CV;采用参考血清进行多糖竞争抑制ELISA试验,计算血清对多糖的抑制率。采用企业提供的方法检测参考血清,确定线性范围,获得曲线方程,计算相关系数(R^(2))。采用验证的方法检测1842份福氏痢疾双价疫苗免疫前后的人血清样本。结果10份血清样本中福氏2a和多糖抗体IgG回收率分别为73.21%~222.68%和83.67%~123.56%;试验间及试验精密性CV均<30%;参考血清对100μg/mL福氏2a和多糖的抑制率分别为85.95%和88.42%;福氏2a和多糖抗体IgG检测的线性范围分别为0.05~0.125和0.025~0.125 EU/mL,R^(2)均≥0.99,LOQ分别为0.050和0.025 EU/mL。福氏痢疾双价疫苗免疫后血清IgG含量大幅高于免疫前。结论企业提供的ELISA定量检测方法具有良好的准确性、精密性及特异性,可用于痢疾疫苗免疫血清的检测。
李红石刚郭丽娜陈琼付宏斌王国东胡小华朱卫华王斌叶强
关键词:抗体IGG志贺菌痢疾疫苗
Hfq依赖性sRNA调控志贺毒力和耐药的分子机制
王亚
一起志贺引起的细性痢疾暴发病原学检测及分子溯源被引量:5
2022年
目的对淮南市发生的一起志贺暴发疫情进行病原学溯源分析,并对株毒力基因和耐药谱进行检测。方法采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便,进行多重病原体核酸检测和分离培养,对分离的志贺进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果56份黏稀样粪便分离出38株志贺(阳性率67.86%),血清型均为志贺Ⅰ相;3份末梢水和井水革兰阴性(GN)增液荧光PCR检测志贺阳性;株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H(ipaH)阳性(38份),侵袭性质粒抗原H(ipaH)/侵袭相关基因(ial)阳性(31份),侵袭性质粒抗原H(ipaH)/侵袭相关基因(ial)/肠毒素2基因(sen)阳性(1份);耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药,仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物;36株XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致,其中3株株基因组ST型分析均为ST152型;全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群株引起,且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国株、1株韩国株聚集成一个大簇,而与其他国家的株距离较远。结论本起由水源污染单一志贺克隆引起,分离株为低毒力株,呈多重耐药表型。
刘江孙永张洁曾凡荣王小波朱利杰孙梦阳余寿杰
关键词:宋内志贺菌全基因组测序药敏试验
北京市一起由志贺引起的细性痢疾暴发病原学分析被引量:7
2022年
目的对北京市一起由志贺引起的暴发疫情进行流行病学调查以及病原学分析,为此类疫情处理提供参考。方法2019年9月5—20日,采集病例及厨师粪便/肛拭子样本,以及水样、外环境等标本进行病原分离鉴定,并将分离到的病原进行药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型、全基因组测序,利用全基因组数据分析病原的耐药、毒力相关基因,并进行多位点序列分型(MLST),构建全基因组单核苷酸多态性(wgSNP)分型树状图。结果共分离到16株志贺和1株肠产毒性大肠埃希(ETEC),志贺均对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、阿奇霉素、多西环素耐药,且均为产超广谱β-酰胺酶(ESBLs)株。均为ST152型,是国常见型别。其中1株志贺全基因组中存在insA插入序列,而在其他志贺全基因组中未发现,与其同时分离到的ETEC全基因组中发现有该插入序列。结论本次疫情是由多耐药志贺引起。在病原溯源研究中,全基因组数据分析是PFGE分型的必要补充。
吕冰田祎杨艳娜甄博珺贾蕾林长缨张新黄瑛曲梅
关键词:宋内志贺菌全基因组脉冲场凝胶电泳
cfa基因通过半胱氨酸和甲硫氨酸代谢通路调控志贺氨苄西林耐药机制研究
志贺是细性痢疾的病原体,其流行范围广,感染率高,危害严重,是全球重要的公共卫生挑战之一。随着抗生素在临床上的广泛应用,志贺耐药负担愈发凸显,这也成为志贺感染药物治疗失效的主要原因。本课题组前期对cfa基因调控志贺...
耿娟
关键词:宋内志贺菌耐药蛋白质组学分析
广西志贺药敏特性及ESBLs基因检测分析被引量:1
2021年
目的了解广西地区志贺的药敏特性及携带超广谱β-酰胺酶(ESBLs)基因与型别特征,为临床合理用药和控制耐药性的传播提供科学依据。方法采用微量肉汤稀释法对志贺分离株进行药物敏感试验;采用PCR方法和毛细管电泳方法检测株携带相关ESBLs基因;采用近邻相接法构建系统进化树,分析株CTX-M型基因型别;对株携带ESBLs基因与特定抗药物耐药性的关系进行统计学分析。结果90株志贺对环丙沙星敏感率为86.67%,无耐药现象;头孢曲松耐药率为96.67%,阿奇霉素耐药率为96.67%,多重耐药率为98.89%。90株志贺中50株检出blaCTX-M-9 group基因,检出率为55.56%,经系统发育分析均为CTX-M-14亚型;1株检出blaTEM基因,检出率为1.11%;未检出blaCTX-M-1 group,blaCTX-M-2 group,blaCTX-M-8 group,blaCTX-M-25 group和blaOXA,blaSHV,blaNDM,blaVIM等β-酰胺酶基因。blaCTX-M-14基因阳性株与blaCTX-M-14基因阴性株对头孢噻肟的耐药率差异无统计学意义(χ^(2)=0.000,P>0.05);携带blaTEM基因的株对头孢他啶不耐药。结论广西地区的志贺对主要治疗药物头孢曲松高度耐药,且多重耐药现象严重;株普遍携带ESBLs基因,主要为CTX-M-14亚型;携带单一型别的ESBLs基因与株对特定β-酰胺类抗药物耐药无明显关联。
廖驰真廖驰真王鸣柳林玫曾竣李艳文
关键词:宋内志贺菌超广谱Β-内酰胺酶耐药基因

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曲芬
作品数:239被引量:1,216H指数:17
供职机构:解放军302医院
研究主题:耐药性 腹泻 宋内志贺菌 肝硬化患者 耐药性分析
鲍春梅
作品数:138被引量:692H指数:16
供职机构:解放军第302医院
研究主题:耐药性 腹泻 宋内志贺菌 耐药性分析 腹泻病原菌
陈素明
作品数:88被引量:380H指数:12
供职机构:解放军第302医院
研究主题:宋内志贺菌 耐药性 耐药性分析 腹泻 肝硬化患者
崔恩博
作品数:151被引量:743H指数:16
供职机构:解放军302医院
研究主题:耐药性 腹泻 肝硬化患者 耐药性分析 宋内志贺菌
王欢
作品数:74被引量:324H指数:10
供职机构:解放军第302医院
研究主题:耐药性分析 耐药性 宋内志贺菌 腹泻 肝病患者