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定量构效关系方法在毒性预测领域的应用
2024年
定量构效关系(QSAR)是目前应用非常普遍的理论预测物质行为的一种研究方法,并且逐渐广泛应用于环境中物质毒性预测的研究中,有利于节省前期实验时间,节约成本。本文回顾了经典QSAR研究历程以及建模方法,对QSAR模型进行了基于维度的分类,探讨了近年来该方法在环境化学、农药及混合物等毒性预测相关领域的应用。
李欢刘志永李存治高婷邓辉高俊宏
关键词:定量构效关系农药混合物毒性预测
一种基于TopoMA定量构效关系模型的药物设计方法
本发明提供一种基于TopoMA定量构效关系模型的药物设计方法,包括:步骤(1):在一个化合物上指定若干非环单键,通过所述非环单键将化合物分割出多个侧链;步骤(2):对于步骤(1)中分割出的每条侧链,TopoMA会执行侧链...
马松龄马文志赖力鹏温书豪马健
定量构效关系模型预测有机物PDMS膜-空气分配系数的方法
本发明公开了一种定量构效关系模型预测有机物PDMS膜‑空气分配系数的方法,包括以下步骤:1)数据收集;2)模型建:搜集化合物的分子结,优化后计算分子描述符,对描述符预处理,以预处理后的描述符为自变量,使用随机森林算法...
朱腾义陶翠翠陶天云
分子特征的提取及三维定量构效关系的计算方法及装置
本发明公开了一种分子特征的提取及三维定量构效关系的计算方法及装置,其中,该提取方法包括:获取分子的第一特征矩阵;根据所述第一特征矩阵及预设图卷积神经网络模型,生成分子第二特征矩阵;根据预设正方体像素模型及第二特征矩阵,生...
贾伯阳
陕西茯茶抗氧化成分的提取及其定量构效关系(QSAR)研究
2024年
以陕西茯砖黑毛茶为原料,基于溶剂萃取法的单因素实验对有成分进行提取,通过正交实验测定陕西茯茶提取物对DPPH和ABTS+自由基的清除率来反映其有成分的抗氧化能力。研究结果表明利用乙醇-水溶液萃取法获得的提取物具有较强的抗氧化成分,抗氧化成分提取的最佳条件为:40%的乙醇溶液,提取温度45℃、提取时间45 min、料液比为1∶60。研究发现该有成分对DPPH的清除率高达85%,高于对ABTS+自由基的清除率(约67%)。对茯茶素分子的化学物理属性与抗氧化的关联性进行了定量构效关系的研究,揭示出含有酚羟基的茯茶素分子的抗氧化性与分子中氢键给体的数量存在线性关系。总之,本文对陕西茯茶中多酚的提取工艺以及抗氧化性能的定量构效关系(QSAR)的研究可以为陕西茯茶抗氧化产品的开发提供理论依据。
周彩华梁艳王冉王晨祥曹博文孙越赟
关键词:溶剂萃取抗氧化性茯砖茶定量构效关系
用于烯烃聚合的限定几何型催化剂的定量构效关系研究
聚烯烃,主要包括乙烯、丙烯、1-丁烯等均聚和共聚物,是全球使用最广泛的高分子材料。尽管中国的聚烯烃产业发展迅速,但高端聚烯烃产品仍大量依赖进口。其中,聚烯烃弹性体(POE)是一种典型的高端聚烯烃,具有耐候性、耐化学药品性...
杜心悦
关键词:密度泛函理论烯烃聚合定量构效关系
三种描述符对食源性血管紧张素转化酶抑制二肽定量构效关系研究
2024年
为探究血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制肽结与功能的关系,阐明食源性ACE抑制肽作用机理,该文收集最近报道的血管紧张素转化酶抑制二肽的氨基酸序列及其IC_(50)值,用Z-scales、VHSE和SVHEHS三种氨基酸描述符对ACE抑制二肽的结进行表征,以氨基酸的疏水性质、立体性质以及电性性质参数作为自变量,ACE抑制二肽的lg(IC_(50))作为因变量,建立ACE抑制二肽的定量模型。结果显示基于Z-scales描述符建立的二肽定量模型R^(2)为0.8477,Q^(2)为0.8284,模型预测二肽Phe-Phe有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为1.0499μmol/L,实测IC_(50)为(1.0414±0.0041)μmol/L,预测值与实测值误差为0.0085μmol/L。基于VHSE描述符建的模型R^(2)为0.8568,Q^(2)为0.8052,模型预测二肽Asp-Trp有较高的ACE抑制能力,预测IC_(50)为1.2160μmol/L,实测IC_(50)为(1.1100±0.0053)μmol/L,误差为0.1060μmol/L。基于SVHEHS描述符建的定量模型R^(2)为0.8581,Q^(2)为0.7453μmol/L,模型预测二肽Ala-Trp有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为1.0323μmol/L,实测IC_(50)为(1.1290±0.0082)μmol/L,误差为0.0967μmol/L。3种氨基酸描述符均能较为合适地对ACE抑制二肽进行定量分析。通过模型分析发现ACE抑制肽C端氨基酸残基疏水特性和立体特征与其活性关系更为密切,其氨基酸残基的疏水特征和立体特征越强,ACE抑制肽的活性越强。通过3种ACE抑制二肽与ACE蛋白(2X8 J)进行分子对接发现,3种ACE抑制肽均可与ACE蛋白进行结合。表明通过偏最小二乘法对Z-scales、VHSE、SVHEHS三种描述符对ACE抑制二肽定量构效关系模型是可行的。这将对ACE抑制肽的检测、预测和筛选具有积极的意义。
郭星晨李华鑫张钰璇马金璞杨具田李贞子高丹丹
关键词:血管紧张素转化酶偏最小二乘法半抑制浓度
基于氨基酸描述符对血管紧张素转化酶抑制五肽定量构效关系分析
2024年
本研究收集近些年报道的血管紧张素转化酶(angiotensin converting enzyme,ACE)抑制五肽的氨基酸序列及抑制活性(半抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))),建立ACE抑制五肽肽库,并将其氨基酸残基用Z-scales、VHSE和SVHEHS氨基酸描述符分别进行表述,以氨基酸残基的疏水性、立体性以及电性参数作为自变量,ACE抑制五肽的lg IC_(50)作为因变量,利用Matlab软件用偏最小二乘法建立ACE抑制肽定量构效关系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型,结果发现基于Z-scales描述符建的ACE抑制五肽QSAR模型R2为0.6411,Q^(2)为0.5369,模型预测五肽Gln-Arg-Pro-Asn-Met具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0517μmol/L,实测IC_(50)为(0.0400±0.0083)μmol/L,预测值与实测值误差为0.0117μmol/L;基于VHSE描述符建的QSAR模型R2为0.7636,Q^(2)为0.5081,模型预测五肽Leu-Arg-Ala-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测IC_(50)为0.0438μmol/L,实测值为(0.0273±0.0053)μmol/L,误差为0.0165μmol/L;基于SVHEHS描述符建的QSAR模型R2为0.8405,Q^(2)为0.4005μmol/L,模型预测五肽Tyr-Phe-Pro-Phe-Gln具有较高的ACE抑制活性,预测值为0.0055μmol/L,实测值为(0.0312±0.0042)μmol/L,误差为0.0257μmol/L。3种建模方法对比发现,基于SVHEHS描述符建的模型拟合能力最强,但是其预测能力较弱,而Z-scales和VHSE描述符所建模型能很好地对五肽进行QSAR分析,通过模型分析发现ACE抑制肽活性与其氨基酸的疏水特征呈负相关,与立体特征呈正相关。将3种ACE抑制肽与ACE蛋白(2X8J)进行分子对接,结果表明3种ACE抑制肽均可与ACE蛋白进行结合。本研究可为开发ACE抑制肽药物提供新手段,为开发和利用食源性ACE抑制肽提供理论基础。
郭星晨李玉豪马金璞张钰璇李华鑫杨具田樊佩如高丹丹
关键词:血管紧张素转化酶偏最小二乘定量构效关系
新型长叶烯基萘满并N-酰基吡唑化合物的合成、抗增殖活性、三维定量构效关系及分子对接研究
2024年
为了探寻新型的抗癌药,以可再生的天然产物长叶烯为原料,设计并合成了21个新型长叶烯基萘满并N-酰基吡唑化合物,利用FT-IR,1H NMR,13C NMR,HRMS和X射线单晶衍射等方法对目标化合物的结作了表征.采用噻唑蓝(MTT)法测定目标化合物的体外抗增殖活性.结果表明,部分化合物的抗增殖活性优于阳性对照5-氟尿嘧啶(5-FU).其中,长叶烯基萘满并N-对氰基苯甲酰基吡唑(6r)(R=p-CNC6H4)对人乳腺癌(MCF-7)细胞株的IC50为4.97μmol/L,长叶烯基萘满并N-对硝基苯甲酰基吡唑(6q)(R=p-NO2C6H4)对人结肠癌(SW480)细胞株的IC50为8.02μmol/L,均表现出显著的抗增殖活性.化合物6q(R=p-NO2C6H4)对MCF-7细胞株、人胃癌(MGC-803)细胞株、人肝癌(HePG2)细胞株、人宫颈癌(Hela)细胞株和人肺癌(A549)细胞株的IC50值分别为10.97,11.95,19.78,20.15和23.45μmol/L,表现出良好的广谱抗增殖活性.此外,利用建的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型(r^(2)=0.986,q^(2)=0.631)研究目标化合物分子结与抗增殖活性之间的关系,并通过分子对接模拟目标化合物与Survivin蛋白的相互作用模式.
秦丽清林桂汕段文贵段文贵杨卯芳李芳耀李典鹏
关键词:抗增殖活性分子对接
植物精油成分气相色谱保留指数的全息定量构效关系
2024年
气相色谱保留指数(RI)是色谱分析中的重要参数,但通过实验获取RI值的过程较为繁琐,需要建立一种简便、高、准确的模型来预测RI值。本文搜集了60种植物精油成分的RI实验值,建了精油成分化合物的结性质与RI值之间的全息定量构效关系(HQSAR)模型。当碎片大小(fragment size)、碎片特征(fragment distinction)和全息长度(hologram length)模型参数分别设置为“1~4”、“C,Ch”和199时,可以建立最优HQSAR模型。利用外部测试集验证和留一交叉验证对模型进行检验,经外部测试集验证的预测均方根误差(RMSEP)、预测决定系数(Q_(F3)^(2))、一致性相关系数(CCC)和平均相对误差(MRE)分别为40.45、0.984、0.968和2.20%;经留一交叉验证的交叉验证均方根误差(RMSECV)和MRE分别为72.56和4.17%。此外,HQSAR模型的分子贡献图表明,芳香族化合物的烷基链在连接了羟基基团后,其RI值会增大;脂肪族化合物中存在的长链烷基也会导致RI值增大。研究结果表明,所建立的HQSAR模型能够用于预测植物精油成分的RI值,并为其他精油成分RI值的预测提供可靠依据。
郭锐焦龙胡祖彪王清臣钟汉斌景明利
关键词:气相色谱保留指数植物精油

相关作者

李志良
作品数:433被引量:1,820H指数:24
供职机构:重庆大学
研究主题:定量构效关系 卡尔曼滤波 神经网络 分光光度法 烷烃
冯长君
作品数:270被引量:836H指数:18
供职机构:徐州工程学院
研究主题:连接性指数 定量构效关系 拓扑研究 拓扑指数 比较分子力场分析
仝建波
作品数:175被引量:376H指数:10
供职机构:陕西科技大学
研究主题:定量构效关系 3D-QSAR 三维全息原子场作用矢量 抗艾滋病药物 磷化
顾云兰
作品数:70被引量:250H指数:8
供职机构:盐城师范学院
研究主题:定量构效关系 密度泛函方法 吸附树脂 化学修饰 教学改革
梅虎
作品数:87被引量:308H指数:9
供职机构:重庆大学生物工程学院生物流变科学与技术教育部重点实验室
研究主题:定量构效关系 氨基酸 描述子 支持向量机 原子电性作用矢量