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圆锥角膜关键差异基因的鉴定与生物信息学分析: 2023年; 目的鉴定圆锥角膜(KC)发病过程中的差异表达基因(DEGs),探讨KC潜在发病机制。方法分别收集5对KC与正常角膜捐献者的角膜组织,通过mRNA表达谱芯片筛选DEGs;借助KEGG通路富集分析明确其生物学功能;通过RT-qPCR验证候选DEGs的表达水平。结果共筛选出1885个DEGs,其功能与TGF-β信号通路、ErbB信号通路、鞘磷脂信号通路、谷氨酸能突触等有关。RT-qPCR验证显示,丝氨酸/苏氨酸激酶25(STK25)、酰基辅酶A结合结构域蛋白4(ACBD4)、锌指蛋白基因ZBTB38、组织蛋白酶B(CTSB)、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)、血小板凝血酶敏感蛋白的解聚蛋白样金属蛋白酶6(ADAMTS6)、DLG相关蛋白1(DLGAP1)等候选基因的表达水平与芯片结果一致。结论明确了KC差异基因表达谱,为后续KC发病机制的深入研究提供了基础数据。; 王慧瑾孙亚如韦超高华; 关键词：圆锥角膜寡核苷酸序列分析计算生物学

老年人慢性纤维化肺曲霉病1例被引量：1: 2023年; 肺曲霉菌是一种机会致病性霉菌,发病后会出现过敏性疾病到浸润性疾病的不同临床表现,未经治疗的慢性肺曲霉病(CPA)常发展为慢性纤维化肺曲霉病(CFPA),进展到终末期会发展为复杂性慢性肺曲霉病(CCPA)伴发严重肺间质纤维化最终导致呼吸衰竭而死亡。老年人感染率高,尤其是对于合并免疫系统损伤性疾病者,严重基础疾病、肺损伤和老年人免疫反应受损者,病情进展更快速易转为重症或者死亡。本文报道1例患者慢性纤维化肺曲霉菌病的发病过程、影像学特点和病原学结果,并对尼达尼布改善慢性纤维化肺曲霉病患者的肺功能进行分析,最终发现慢性纤维化肺曲霉菌病经过抗真菌、抗感染、抗纤维化等治疗后患者肺功能明显好转,尤其尼达尼布对于慢性纤维化肺曲霉菌患者肺功能有改善作用,对于老年患者真菌感染并发肺间质性病变的诊治提供一定的建议和启示。; 张豪赵振李俊龙刘承云; 关键词：肺纤维化曲霉菌病蛋白酪氨酸激酶类寡核苷酸序列分析

基因芯片技术分析HIV合并非结核分枝杆菌感染患者的菌种分布和免疫学特征被引量：1: 2021年; 目的利用基因芯片技术检测非结核分枝杆菌(NTM),以此了解该院人类免疫缺陷病毒(HIV)合并NTM感染患者的菌种分布和免疫学特征。方法分析该院2012年9月至2019年12月从90例HIV感染者标本中分离到的90株NTM的分布情况,并分析患者的CD4+T淋巴细胞检测结果。结果90例HIV合并NTM感染患者中共检出鸟分枝杆菌73株(81.11%),堪萨斯分枝杆菌6株(6.67%),龟脓分枝杆菌4株(4.44%),戈登分枝杆菌2株(2.22%),瘰疬分枝杆菌2株(2.22%),偶然分枝杆菌2株(2.22%),浅黄分枝杆菌1株(1.11%)。CD4+T淋巴细胞<50个/μL的患者多为鸟分枝杆菌感染(42.22%);其次为堪萨斯分枝杆菌(4.44%),CD4+T淋巴细胞为50~200个/μL的患者感染鸟分枝杆菌也居多(28.89%)。结论鸟分枝杆菌是HIV合并NTM感染的主要菌种,基因芯片检测技术能够快速对NTM进行鉴定,并能用于多种类型标本检测,是值得推广的检测NTM感染的方法。; 张桂仙高丽李正伦张米谢祺; 关键词：非结核分枝杆菌 CD4+T淋巴细胞寡核苷酸序列分析

泛素结合酶2S参与调控黑素瘤行为机制的生物信息学分析: 2021年; 目的揭示黑素瘤中可能与泛素结合酶2S(UBE2S)存在相互作用的基因,探讨UBE2S参与调控黑素瘤细胞生物学行为的分子机制。方法将A375黑素瘤细胞分为基因敲降组和阴性对照组,分别用含LV-UBE2S-RNAi(14011-1)的慢病毒和CON053慢病毒转染细胞构建UBE2S敲降细胞株和阴性对照细胞株。提取两组细胞株RNA,并将其纯化及片段化,与芯片探针杂交洗染获取芯片数据。采用Ingenuity路径分析软件对获得的差异表达基因的芯片数据进行进一步解析,鉴定可能与UBE2S存在相互作用的基因,应用免疫印迹法对UBE2S调控的下游分子进行验证。采用双尾t检验筛选差异基因。结果在基因敲降组与阴性对照组之间共筛选出差异倍数绝对值>2且P<0.05的差异基因512个,其中上调基因247个,下调基因265个。差异基因信息的Ingenuity路径分析结果证实,干扰素信号和肝X受体/视网膜X受体活化通路显著激活,真核起始因子2和核因子κB信号通路则被抑制。预测上游调控因子中IFNA2为强烈激活,核因子κB(复合物)被抑制。综合以上生物信息学分析结果,推测黑素瘤细胞UBE2S基因可通过调节IFITM1、STAT1、ISG15和TNFRSF11B基因的表达发挥功能。免疫印迹显示,A375细胞UBE2S基因敲降前后,IFITM1蛋白均未表达,敲降后ISG15蛋白表达上调19.94倍,STAT1蛋白表达上调1.47倍,TNFRSF11B蛋白表达下调79.1%。结论UBE2S可能通过与STAT1、ISG15和TNFRSF11B的相互作用,共同调控黑素瘤肿瘤细胞生物学行为。; 朱蒙燕黎钊王佳琦马阳阳张小燕王平; 关键词：寡核苷酸序列分析

雌激素受体阳性乳癌lncRNA的差异性表达研究被引量：1: 2021年; 目的基于生物信息学技术,筛选与雌激素受体(ER)阳性乳癌相关的长链非编码RNA(lncRNA),并初步探讨其与病人预后的关系。方法通过基因芯片技术,对4对手术切除的ER阳性乳癌组织及其癌旁正常组织进行lncRNA和mRNA的表达谱分析,并对差异表达的mRNA进行GO功能注释、KEGG通路富集分析及疾病富集分析;应用qRT-PCR方法对差异表达的lncRNA在40对ER阳性乳癌组织及癌旁组织中进行验证,同时在ER阳性乳癌细胞株MCF-7及正常乳腺上皮细胞MCF-10A做进一步验证;最后通过TCGA数据库对lncRNA在ER阳性乳癌组织中的表达水平进行分组,使用Kaplan-Meier生存曲线分析其表达量与预后的关系。结果基因芯片技术分析显示,在ER阳性乳癌组织及其癌旁正常组织共筛选出具有差异性表达的mRNA 3 949个、lncRNA 4 050个。选取其中差异表达最显著的7个lncRNA在组织中做进一步验证,发现LINC01614(t=10.380,P<0.01)、AC044784.1(t=3.490,P<0.01)、CTD-2510F5.4(t=3.235,P<0.01)在乳癌组织高表达;细胞学验证结果显示,LINC01614(t=3.714,P<0.05)、AC044784.1(t=5.827,P<0.01)、CTD-2510F5.4(t=4.415,P<0.05)在乳癌细胞株中同样高表达。TCGA数据库预后分析显示,纳入的791例ER阳性乳癌病人中,LINC01614高表达者预后相对更差(χ^(2)=7.50,P<0.01)。结论 LINC01614在ER阳性乳癌中高表达可能与乳癌的发生、发展及预后相关,可能成为乳癌治疗新的作用靶点。; 弭苗苗姜慧慧魏晓楠刘杰辛钰孙成铭; 关键词：乳房肿瘤寡核苷酸序列分析计算生物学

基因芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定及药敏试验中的应用被引量：10: 2021年; 目的探究分子芯片技术在新发涂阳肺结核患者结核杆菌菌种鉴定、药敏试验中的应用。方法入组526株菌株分离自2018年7月-2019年9月间下属7个县市区收治的新发涂阳结核患者,采用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping法)及基因芯片技术进行菌种鉴定,对鉴定为结核分枝杆菌的菌株采用绝对浓度法进行利福平、异烟肼药敏性分析,采用基因芯片技术对利福平耐药基因rpoB、异烟肼耐药基因katG、inhA突变位点进行检测,以Spoligotyping法、绝对浓度法作为金标准,分析基因芯片技术对结核杆菌菌种鉴定、药敏分析的应用价值。结果 526株分离株经Spoligotyping法鉴定,414株为结核分枝杆菌复合群,112株为非结核杆菌,其中胞内分枝杆菌57株,龟或脓肿分枝杆菌30株,鸟分枝杆菌25株;基因芯片法对结核分枝杆菌复合群鉴定符合度为100.00%,对非结核分枝杆菌鉴定符合度为95.54%。基因芯片技术共检出33株存在rpoB突变,突变频率最高的位点为531,占比为45.45%,其次为526位点,占比36.36%;共检出42株存在katG/inhA突变,其中78.57%为katG单一位点突变,19.05%为inhA单一位点突变,2.38%为katG、inhA双突变。基因芯片技术诊断利福平耐药的敏感度、特异度、准确度分别为90.90%、99.21%、98.54%,两者一致性Kappa值为0.901;对异烟肼耐药分析的敏感度、特异度、准确度分别为65.08%、99.72%、94.44%,两者一致性Kappa值为0.751;对多药耐药分析的敏感度、特异度、准确度分别为90.48%、99.23%、98.79%,两者一致性Kappa值为0.877。结论基因芯片技术可较好的鉴别结核分枝杆菌菌种及耐药性,与常规菌培养、药敏试验结果具有较高的一致性。; 董启珍赵承杰吴晓茹; 关键词：基因芯片寡核苷酸序列分析

广西壮族自治区耐多药结核分枝杆菌耐药情况与基因型特征分析被引量：7: 2020年; 目的了解广西壮族自治区(简称"广西")耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药情况、基因型构成及基因型与耐药的相关性,为耐多药结核病的防控提供理论依据。方法采用连续监测的方法,选取位于广西境内东、西、南、北、中的贵港、百色、崇左、桂林和防城港5个市为监测点,采用随机数字表法抽取5个市中的21个县(市、区),纳入于2016—2017年在当地结核病防治(简称"结防")机构登记治疗且培养阳性的MTB菌株共1514株,使用WHO推荐的比例法对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、链霉素(Sm)、氧氟沙星(Ofx)和卡那霉素(Km)进行耐药性检测,最终有51株确定为MDR-MTB菌株。运用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型法(McSpoligotyping)对MDR-MTB菌株进行基因分型,将分型结果与SpolDB4.0数据库进行比对。结果51株MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率分别为41.18%(21/51)、31.37%(16/51)、9.80%(5/51)和1.96%(1/51)。北京基因型菌株占56.86%(29/51),非北京基因型菌株占43.14%(22/51)。对EMB耐药的菌株中,北京基因型14株,占66.67%(14/21),非北京基因型7株,占33.33%(7/21),差异无统计学意义(χ~2=1.399,P=0.237);对Sm耐药的菌株中,北京基因型11株,占68.75%(11/16),非北京基因型5株,占31.25%(5/16),差异无统计学意义(χ~2=1.343,P=0.246);对Ofx耐药的菌株中,北京基因型9株,占60.00%(9/15),非北京基因型6株,占40.00%(6/15),差异无统计学意义(χ~2=0.085,P=0.770);对Km耐药的菌株中,北京基因型1株,占100.00%(1/1),非北京基因型0株,占0.00%(0/1),差异无统计学意义(P=1.000)。结论应重视广西MDR-MTB菌株对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药情况;MDR-MTB菌株主要为北京基因型;北京和非北京基因型对EMB、Sm、Ofx和Km的耐药率未见差异。; 梁小烟林玫梁大斌蓝如束覃慧芳叶婧黄莉雯; 关键词：基因型寡核苷酸序列分析

婴儿血管瘤长链非编码RNA与mRNA表达谱分析被引量：6: 2020年; 目的研究增殖期与消退期婴儿血管瘤(IH)长链非编码RNA(lncRNA)与mRNA的差异表达情况。方法2019年1-3月在四川大学华西医院小儿外科收集行手术切除治疗的8例IH组织(增殖期与消退期各4例),运用基因芯片技术筛选差异表达(P<0.05,差异倍数≥1.5)lncRNA和mRNA,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对芯片结果进行验证。同时,应用生物信息学方法,对差异基因进行GO功能和KEGG通路分析,并构建lncRNA-mRNA共表达网络,预测差异lncRNA的顺式作用靶基因。结果通过基因芯片技术共筛选出405条差异lncRNA(108条下调,297条上调)与772条差异mRNA(107条下调,665条上调)。qRT-PCR验证4条lncRNA(n335248、ENST00000450864、n333319和n335185)与4条mRNA(EDNRA、IFI6、HK2与ITGA1)的表达,结果与基因芯片检测结果一致。GO与KEGG富集分析发现,差异mRNA主要参与血管凝固、轴突导向、血管生成和细胞黏附等生物过程,差异mRNA主要富集在代谢通路、细胞局部黏附、肌动蛋白细胞骨架调控、白细胞跨内皮迁移、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶等信号通路。lncRNA-mRNA共表达网络由度值≥15的23条mRNA和58条lncRNA共同构建组成。结论增殖期与消退期IH组织中存在大量差异表达的lncRNA和mRNA,这些lncRNA可能通过调控相应的靶mRNA参与IH发生发展。; 杨开颖代诗懿邱桐周江元陈思源吉毅; 关键词：血管瘤婴儿非翻译区计算生物学寡核苷酸序列分析长链非编码RNA

深圳市耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特征分析被引量：12: 2020年; 目的利用全基因组序列分析方法研究深圳市耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)的耐药基因突变类型特点,为耐药结核病的快速分子检测提供依据。方法对2013—2017年深圳市慢性病防治中心及各区慢性病防治院门诊收集的所有449株MDR-MTB临床分离株进行全基因组测序,经与结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)基因组模板序列比对后获得447株满足分析要求的全基因组测序菌株。每株菌株经单核苷酸多态性(SNP)鉴定后与H37Rv各基因型和亚型的特异性突变和对11种抗结核药品已知的耐药基因突变进行比对,获得各菌株独属的基因型或亚型和耐药基因突变,并分析不同药品耐药基因中的主要耐药突变类型不同基因型或亚型间的相关性。结果447株MDR-MTB中全基因组测序结果显示,432株(96.6%)发生基因突变,MTB对11种药品主要的耐药突变类型分别为katG-315-S/T[INH,81.7%(353/432)]、rpoB-450-S/L[RFP,59.7%(258/432)]、rpsL-43-K/R[Sm,66.0%(198/300)]、embB-306-M/V[EMB,35.5%(94/265)]、pncA启动子-11-T/C[PZA,8.9%(11/123)]、gyrA-90-A/V[Ofx,31.5%(39/124)]、rrs-1401-A/G[Am,48.1%(25/52)]、rrs-1401-A/G[Cm,100.0%(27/27)]、rrs-1401-A/G[Km,84.4%(27/32)]、inhA-15-C/T[Eto,84.2%(48/57)]、thyA-75-H/N[PAS,31.3%(10/32)],且发现存在2种及2种以上联合突变者有对INH、RFP、EMB和Sm耐药的菌株。深圳市MDR-MTB菌株的3个基因型为L1[0.4%(2/447)]、L2[84.6%(378/447)]和L4[15.0%(67/447)]型,其中L2型又分为3个亚型[L2.1型:1.9%(7/378)、L2.2型:37.0%(140/378)、L2.3型:61.1%(231/378)]。突变类型为katG-315-S/T、rpsL-43-K/R和embB-306-M/V在L2型菌株中的突变率[分别为79.6%(301/378)、50.5%(191/378)、23.0%(87/378)]明显高于L4型菌株[分别为61.2%(41/67)、10.4%(7/67)、10.4%(7/67)](χ~2值分别为10.874、37.021、5.396,P值分别为0.001、0.000、0.020),且PAS耐药突变类型folC43-I/T和thyA-75-H/N仅出现在L2型菌株中;其中katG-315-S/T在L2.2型菌株中突变频率[88.6%(124/140)]高于L2.3; 洪创跃杨婷婷李金莉李霜君吴利凯杨争谭卫国; 关键词：基因型寡核苷酸序列分析

蠲瘤散结方抑制肺腺癌A549细胞移植瘤的增殖及可能作用机制的探讨被引量：2: 2020年; 目的:探讨中药蠲瘤散结方对荷人肺腺癌小鼠皮下移植瘤生长的影响及可能的作用机制。方法:体外培养人肺腺癌A549细胞,采用皮下接种的方法构建裸小鼠A549细胞移植瘤模型。实验分3组:对照组(0.9%的氯化钠溶液)、顺铂(阳性对照组)和蠲瘤散结方组,通过比较移植瘤体积和质量等指标观察蠲瘤散结方对肿瘤生长的影响。随后,采用表达谱基因芯片技术检测对照组和蠲瘤散结方组中各3个肿瘤样本基因的表达水平,筛选差异表达的基因并进行功能分析。结果:与对照组相比,顺铂组和蠲瘤散结方组移植瘤的质量和体积均明显降低,差异有统计学意义(P值均<0.05);蠲瘤散结方组移植瘤的质量和体积略高于顺铂组,但二组间差异无统计学意义(P>0.05)。蠲瘤散结方组小鼠的体质量与对照组相比差异无统计学意义(P>0.05),蠲瘤散结方组和对照组小鼠的体质量都明显高于顺铂组(P值均<0.05)。采用表达谱基因芯片技术检测对照组和蠲瘤散结方组移植瘤中RNA的表达情况,共筛选获得261个差异表达的基因,其中85个基因表达上调,176个基因表达下调。对差异表达基因的分析显示,蠲瘤散结方调控的差异基因多与代谢相关,如卵巢类固醇生成通路、糖脂代谢通路和视黄醇代谢通路等。结论:蠲瘤散结方能够明显抑制小鼠体内肺腺癌的生长,这一作用可能与其调节肿瘤细胞的异常代谢有关。; 管宇骆莹滨李雁; 关键词：寡核苷酸序列分析

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