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- 请求不公布姓名请求不公布姓名
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- 李坚强陈杰廖文斌温度
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- 汤雨晴胡钟东胡新龙王雨亭邬庆江
- 一种基于单核苷酸多态性预测开放阅读框的方法及系统
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- 宋波姜梦云宁卫东程时锋
- 三角梅品种‘绿叶樱花’4,5-多巴双加氧酶开放阅读框克隆与分析
- 2024年
- 【目的】多巴双加氧酶(4,5-DOPA dioxygenase extradiol)是甜菜色素生物合成途径的关键酶之一,能催化多巴分解形成甜菜醛氨酸,也是最可能与三角梅最终的花色形成相关的酶蛋白。克隆三角梅多巴双加氧酶基因的开放阅读框(ORF),对其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析,探讨三角梅花色变化机理和甜菜色素代谢途径。【方法】以三角梅品种‘绿叶樱花’的苞片为材料,提取其RNA,并进行逆转录,之后快速转化完成基因的克隆和基因PCR扩增,最后对其编码的氨基酸序列进行保守区预测、信号肽分析、磷酸化位点预测、跨膜信号预测、同源性比对、构建系统进化树以及二、三级结构预测,研究其氨基酸序列的结构和功能。【结果】‘绿叶樱花’的多巴双加氧酶基因ORF序列长801 bp,编码266个氨基酸。ORF序列所编码的氨基酸序列具有cd07363保守结构域,其编码蛋白是一种稳定的酸性亲水蛋白,分子量为29 734.76 kD,等电点为6.26,二级结构包含了11个α螺旋、7个β转角、20个β折叠结构,具有4个磷酸化位点,没有跨膜结构,可能只在细胞质内发挥作用。该序列还与66个序列高度同源,与同科的‘金心双色’、胶果木和梭房叶子花有着相同的进化分支,符合自然进化规律。【结论】‘绿叶樱花’多巴双加氧酶开放阅读框ORF的氨基酸序列属于第三类雌二醇双加氧基因家族,具有该基因家族具有的保守氨基酸序列,表明多巴双加氧酶基因在生成甜菜色素植物中具有独特的保守性,且属于稳定、酸性的亲水蛋白,没有跨膜结构,可能只在细胞质内发挥作用。三角梅中控制花色变化的主要是甜菜色素,研究三角梅甜菜色素合成途径中的关键酶,解析其甜菜色素的合成代谢机制,可为三角梅花色形成机制提供理论参考,有望在今后的工作中,利用转基因手段丰富三角梅花色。
- 李建运姚国琼王飞朱文李子涵孙正海辛培尧
- 关键词:三角梅开放阅读框氨基酸序列
- 人染色体9开放阅读框72(C9ORF72)iRNA药剂组合物和其使用方法
- 本公开涉及靶向人染色体9开放阅读框72(C9orf72)基因的双链核糖核酸(dsRNAi)药剂和组合物以及使用此类dsRNAi药剂和组合物来抑制C9orf72基因的表达的方法和治疗患有C9orf72相关疾病或病症,例如,...
- L·T·H·党J·D·麦金因克T·M·阮A·沙玛-坎宁D·弗伦德威B·萨瓦格
- 基于新一代测序技术精准确定复制缺陷型痘苗病毒天坛株全基因组序列及其开放阅读框组成
- 2024年
- 目的应用新一代长读长测序技术精准确定复制缺陷型痘苗病毒天坛株(non-replicating Tiantan strain of vaccinia virus,NTV)全基因组序列及其开放阅读框(ORFs)组成。方法基于本实验室储备的NTV,在鸡胚成纤维细胞上进行扩增并纯化,提取NTV全长基因组核酸。PacBio HiFi测序从头组装获取NTV全长基因组序列。以同源注释的策略确定其ORF组成,并分析其与已知复制缺陷型痘苗病毒毒株ORF异同。结果NTV全长共171729 bp,GC含量为33%,其独特的倒置末端重复(ITR)区域包含发夹结构、两个串联重复区域及3个非重复区域。NTV共有166个ORFs,与第三代天花病毒疫苗改良安卡拉株(MVA-BN)和复制缺陷型哥本哈根株(NYVAC)株相比,主要差异位于ITR及其周围区域,3个毒株共同享有138个ORFs,NTV特有6个编码与病毒逃避宿主抗病毒反应相关的ORFs。结论通过三代测序技术精准确定NTV全基因组序列及ORFs组成,并揭示其与其他复制缺陷型痘苗病毒毒株的异同,为新一代猴痘疫苗和痘苗病毒载体研发应用提供重要参考。
- 张钟贤吴长城李涵霍恕婷赵莉邓瑶孟昕陆柔剑田厚文王文玲黄保英谭文杰
- 关键词:全基因组测序开放阅读框
- 钙黏蛋白家族成员3及11号染色体开放阅读框30基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效的研究
- 2024年
- 目的探讨钙黏蛋白家族成员3(CDHR3)及11号染色体开放阅读框30(C11orf30,EMSY)基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效。方法前瞻性选取2020年5月至2021年10月于泰州市第二人民医院就诊的支气管哮喘病儿132例作为易感组。均接受糖皮质激素吸入治疗,并根据疗效分为疗效良好组和疗效不良组。选取同期体检的48例儿童作为对照组,采用倾向性匹配方法对易感组和对照组性别、年龄等基线资料进行匹配;采用PCR检测CDHR3及EMSY基因的单核苷酸多态性,计算其基因型频率和等位基因频率,基因位点的多态性与儿童支气管哮喘易感风险间的关系采用多因素logistic回归分析。对比疗效良好组和疗效不良组不同基因型分布。结果易感组和对照组经倾向性评分匹配后有36组配对成功(每组36例),匹配后基线资料对比差异无统计学意义(P>0.05)。匹配后易感组和对照组CDHR3基因rs6967330位点、EMSY基因rs12278256位点基因型频率及A等位基因频率比较差异有统计学意义(P<0.05)。多因素logistic回归分析显示:EMSY基因rs12278256位点AA基因型[OR=9.91,95%CI:(1.02,96.65)]、CDHR3基因rs6967330位点AA基因型[OR=10.09,95%CI:(1.08,94.02)]是支气管哮喘易感的危险因素(均P<0.05)。治疗12周后,24例(66.67%)为疗效良好组,其余12例(33.33%)归为疗效不佳组,两组CDHR3基因rs6967330位点基因型分布对比差异无统计学意义(P>0.05);两组EMSY基因rs12278256位点基因型分布对比差异有统计学意义(P<0.05),其中疗效良好组AA基因型分布频率[37.50%(9/24)]明显高于疗效不良组[0(0/12)](P<0.05)。结论CDHR3基因rs3847076位点以及EMSY基因rs12278256位点与儿童支气管哮喘易感有关,EMSY基因rs12278256位点与糖皮质激素治疗疗效相关。
- 吴彩云凌娟王晓丽
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- 一种用于表达包含重叠开放阅读框的基因的表达盒及应用
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- 请求不公布姓名
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- 本发明涉及数据处理领域,公开一种开放阅读框预测方法、设备及存储介质。由于本发明基于对抗训练和正样本‑未知样本学习创建了改进的开放阅读框预测模型,通过模型中的生成模块进行数据增强获得生成样本,利用数据生成的方式来缓解数据不...
- 李坚强陈杰廖文斌温度
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