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获得稳定核小体定位信息的方法: 本发明提供了一种获得稳定核小体定位信息的方法，其包括以下步骤：（a）对待检测样本进行预处理，获得包含DNA的样品；（b）将样品分组，分别用高、中、低剂量水平的微球菌核酸酶对相应样品进行消化；（c）使用试剂盒提取消化后样品...; 丛斌董春楠王琳李淑瑾马春玲

基于DNA局域结构和统计物理模型识别核小体定位: 2023年; 核小体是真核生物染色质的基本单位。核小体的精确定位影响了基因组序列对结合蛋白的可及性、转录、遗传复制和重组。了解核小体在基因组的准确位置对理解真核生物的生命活动过程有重要作用。本文基于核小体的序列和结构特征及统计物理理论,用统计物理模型预测了核小体的定位。利用统计物理和信息论原理计算了酿酒酵母(S.cerevisiae)、人类(H.sapiens)、秀丽隐杆线虫(C.elegans)和黑腹果蝇(D.melanogaster)数据集中序列片段的DNA局部结构的总能量,基于核小体序列与非核小体序列的总能量差异进行分类,通过10倍交叉验证进行了性能评估。结果显示该模型具有较好的识别效能。; 杜鹏宇李前忠张璐强陈康; 关键词：核小体定位配分函数

细胞重编程过程中核小体定位改变研究进展: 2022年; 细胞重编程是指在精卵结合或核移植过程中,核遗传物质的表观遗传标记发生删除和重塑,从而使已分化的细胞成为具有全能性的过程。发生细胞重编程的方法主要有细胞融合、体细胞核移植以及诱导多能干细胞等。核小体是染色质的基本结构及功能单位,是染色质的一级结构,核小体定位对基因的表达及细胞的状态有着重要的调控作用。细胞重编程过程中核小体的含量和位置也会发生剧烈的变化,同时在相关基因启动子位置的核小体含量也会降低从而促进多能性基因的表达。本文综述了核小体定位在基因激活与抑制、染色质重塑以及转录因子识别中的作用,旨在为深入解析细胞重编程机制提供重要依据。; 崔浩亮史佩华高锦春张新博赵顺然陶晨雨; 关键词：细胞重编程核小体定位染色质重塑转录起始位点

核小体定位预测的集成学习方法: 2022年; 核小体定位指DNA双螺旋相对于组蛋白的位置,并在DNA的转录阶段起着重要的调节作用。依靠生物实验的手段测得核小体定位会消耗大量的时间和资源,因此基于计算方法利用DNA序列进行核小体定位预测成为了一个重要的研究方向。针对核小体定位预测中单一模型和单一编码在DNA序列特征表示和学习方面的不足,文中提出了一种端到端的集成深度学习模型FuseENup,利用3种编码方式从多个维度表示DNA数据,利用不同的模型从不同维度提取数据中隐含的关键特征,构造了一种全新的DNA序列表征模型。在4种数据集上进行20倍交叉验证,相比当前针对核小体定位预测问题综合性能最优的模型CORENup,FuseENup的准确度(Accuracy)和精度(Precision)在HS数据集上提高了3%和9%,在DM数据集上提高了2%和6%,在E数据集上提高了1%和4%,相比其他的机器学习和深度学习基准模型,FuseENup具有更好的性能。实验结果表明,FuseENup能提高核小体定位的预测准确度,说明了该方法的有效性和科学性。; 陈伟李杭李维华; 关键词：核小体定位集成学习方法

多表征集成的核小体定位预测: 核小体定位指DNA双螺旋结构相对于组蛋白的位置,并对细胞的生命活动起着重要的调节作用。预测核小体定位不仅有助于理解生物体的生命过程,而且有助于预防和治疗多种疾病。通过生物试验的方式测得核小体定位会消耗大量的时间和资源,伴...; 陈伟

获得稳定核小体定位信息的方法: 本发明提供了一种获得稳定核小体定位信息的方法，其包括以下步骤：（a）对待检测样本进行预处理，获得包含DNA的样品；（b）将样品分组，分别用高、中、低剂量水平的微球菌核酸酶对相应样品进行消化；（c）使用试剂盒提取消化后样品...; 丛斌董春楠王琳李淑瑾马春玲; 文献传递

基于序列信息和深度学习的核小体定位: 核小体作为真核生物中染色质的基本结构单位,不仅压缩了染色质形态结构,在基因组表达、DNA复制和修复等生命阶段也起着关键作用。因此,研究核小体在全基因组DNA序列上的精准定位具有深远的生物学意义。随着生物技术和计算机技术的...; 李琪; 关键词：核小体定位; 文献传递

卷积神经网络在核小体定位识别中的应用被引量：1: 2021年; 为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。; 崔颖施丹丹徐泽龙张兆功张兆功; 关键词：计算生物学卷积神经网络核小体 DNA序列

核小体定位方法及分布特征研究: 核小体是真核生物染色质结构的基本单位,是染色质重塑、组蛋白修饰等表观遗传现象发生的载体。核小体定位与很多因素有关,普遍认为DNA序列是影响核小体定位的最重要因素之一。研究核小体定位方法能够促进人们对核小体定位机制的认识和...; 崔颖; 关键词：表观遗传学核小体定位 Z曲线支持向量机

基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位被引量：3: 2020年; 本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计算候选核小体序列和连接序列到模型CSeqFM的欧氏距离作为特征集,投入到支持向量机(SVM)中训练和检验,通过十折交叉验证进行性能评估。结果显示,酵母核小体定位的敏感性、特异性、准确率和Matthews相关系数(MCC)分别为97.1%、96.9%、94.2%和0.89,受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)达到0.980 1。与其他相关Z曲线方法比较,CSeqFM方法在各项评估指标中均表现出优势,具有更好的识别效果。同时,将CSeqFM方法推广到线虫、人类和果蝇的核小体定位识别中,AUC均高于0.90,与iNuc-STNC和iNuc-PseKNC方法比较,CSeqFM方法也表现出较好的稳定性和有效性,进一步表明该方法具有较好的可靠性和识别效能。; 崔颖崔颖李建中; 关键词：支持向量机核小体 Z曲线位置权重矩阵欧氏距离

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