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基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置: 本发明提供了一种基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置。该构建方法包括：对不同株系的菌株进行系统进化树构建，得到系统进化树；根据不同株系的菌株在系统进化树上的不同位置，按照从底层到顶层的方向两两聚类，逐层进行泛基因组...; 张锦波鲍冠辉李季

系统进化树构建在临床病原微生物分析中应用的研究进展: 2024年; 各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序列构建的系统进化树凭借高效而准确的进化关系呈现,已成为病原学研究的重要方法。本文介绍了基于距离矩阵、序列、多位点序列分型和单核苷酸多态性算法的进化树分析和构建方法,以及在细菌、病毒、真菌和非典型病原体研究中的应用。系统进化树作为一种直观反映微生物相互关系的工具,可在物种鉴定和分型、耐药性分析、流行病学研究、微生物起源和进化、疫苗研制、病原学体监测和预警等方面为临床病原学研究提供新思路,促进对病原微生物更深层次的认知。; 王晶刘峰; 关键词：系统进化树进化分析

大型系统进化树的加速方法及装置: 本发明公开了一种大型系统进化树的加速方法及装置，所述方法包括：获取系统进化树中所有节点的属性；基于横向坐标和纵向坐标，对系统进化树的叶子节点进行聚类，以获取离群点和节点簇；在一个节点的子孙叶节点全部属于一个所述节点簇，且...; 孟珍张波郑玲璐陈艳胡智龙汪嘉葭

基于系统进化树的重大工程复杂性动态演化研究: 2023年; 通过文献析出重大工程影响因素形成重大工程复杂系统,并移植生物进化生态理论于重大工程研究领域中,结合“情境-策略”的适应性等特征,探索了复杂程度影响因素在重大工程发展过程中的变化程度和演化过程。研究发现,随着复杂性的增强,战略、价值、文化、跨组织、信息等相关影响因素得到了强烈进化,并凸显出高度复杂性。53个影响因素中有26个因素达到了5次进化,占比达到49.06%,表明系统总体进化水平高。该研究可以丰富重大工程复杂性的理论维度与影响因素,解释重大工程复杂性的来源,预测复杂性影响因素的未来走向,了解复杂性维度与影响因素之间的相关性。; 罗岚刘钰洋薄秋实杨晨曦王建望; 关键词：系统进化树系统科学理论

基于配对样本间的聚鸟嘌呤基因型差异构建结直肠癌系统进化树: 2023年; 目的探讨结直肠癌(CRC)原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤内异质性空间分布及其与转移的关系。方法2017年1—12月在天津医科大学总医院普通外科接受手术切除并伴有区域淋巴结转移的原发性CRC患者20例。对患者手术切除组织的蜡块进行连续切片,经Histogene染色后行显微切割,获取原发肿瘤组织样本、淋巴结转移组织样本和正常组织样本。提取DNA,采用多重PCR扩增及毛细管电泳检测配对样本的聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型。分析临床病理特征与Poly-G突变频率的关系。基于配对样本间的Poly-G基因型差异计算距离矩阵,构建CRC系统进化树。结果共检测20例患者的237个样本,其中134个原发肿瘤组织样本,66个淋巴结转移组织样本,37个正常组织样本,每例患者均检测出Poly-G突变。肿瘤低、未分化患者的Poly-G突变频率[(74.10±23.11)%]高于高、中分化患者[(31.36±12.04)%,P<0.001],微卫星不稳定患者的Poly-G突变频率[(68.19±24.80)%]高于微卫星稳定患者[(32.40±14.90)%,P=0.003)],Poly-G突变频率与患者的性别、年龄、病理分期无关(均P>0.05)。基于配对样本的Poly-G基因型差异构建了20例患者的系统进化树,能明确显示患者肿瘤的进化过程和淋巴结转移的亚克隆来源。结论CRC原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤内异质性普遍存在。Poly-G突变积累于CRC的发生发展过程中,并广泛存在于CRC的原发灶和淋巴结转移灶,可作为遗传标志物构建系统进化树,高效、便捷地展示CRC肿瘤内异质性的空间分布和转移途径。; 高鑫于涛张琦张师垚黄迪赵信禹刘刚; 关键词：结直肠肿瘤系统进化树

虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析: 2022年; 为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显示,所采病虾均为EHP阳性,采样地区EHP 18S rRNA基因具有高度同源性,为98.5%~100%.对国内外EHP基因序列进行同源性分析,其同源性为86.2%~100%,所采EHP与印度EHP聚为一个分支. EHP 18S rRNA基因序列与其他水生生物微孢子虫18S rRNA均处于不同分支,表明18S rRNA可作为EHP的主要鉴别序列.将本研究所采EHP与NCBI中同源性较高的比氏肠胞虫和金头鲷微孢子虫比较分析,结果表明微孢子虫基因序列同源性与宿主进化发育程度有关,宿主之间进化距离越近,则微孢子虫基因序列同源性相聚越近.; 周颖祝波钱冬卢先东李小冰李政刘艳红蔡惠凤吴仲宁袁思平张崇虎叶乐平马荣荣; 关键词：凡纳对虾病理特征系统进化树

应用肿瘤配对样本间Poly-G基因型差异构建结直肠癌系统进化树的研究: 目的:应用原发灶和区域淋巴结间聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型差异构建结直肠癌系统进化树,分析结直肠癌配对样本间进化关系,明确淋巴结肿瘤内异质性的预后评估价值。方法:本课题收集2017年12月～2018年12月期间在天津医...; 高鑫; 关键词：结直肠癌系统进化树

基于随机森林的系统进化树似然概率预测的方法研究: 系统发育分析的主要任务是研究物种的进化并对其进行分类。经典的研究方法是依据生物的形态、生理特征、生活习性来判断其亲缘关系的远近。现今常用的生物系统发育分析方法是重建系统发育树，也就是建立类似于树形分枝的图形去概括物种间的...; 程文豪; 关键词：系统发育进化树

鹅大肠埃希菌的分离鉴定及系统进化树分析被引量：4: 2021年; 为对发病鹅感染致病性大肠埃希菌的临床治疗提供指导并防控致病性大肠埃希菌感染,本研究无菌采集腹泻鹅及病死鹅脾脏、肝脏等组织器官进行病原菌分离培养、染色观察、生化鉴定、致病性试验,对菌株部分基因进行测序、构建遗传进化树并进行药敏试验。结果显示,普通琼脂培养基上生长出灰白色、圆形、凸起、边缘整齐菌落,麦康凯琼脂培养基上长出玫红色、光滑圆润菌落;分离菌株经革兰氏染色,镜下可见革兰氏阴性菌,两端钝圆、大小中等,多呈单个存在的杆状菌;致病性试验表明,该分离菌株对小鼠、雏鹅均有较高致死率;遗传进化树结果显示,分离菌株与患者粪便分离株(GenBank登录号:CP024992.1)同源性最高,达99.5%;体外抑菌试验发现菌株耐药情况较严重,对大多数抗菌药均有较强抗性,仅头孢噻呋对该分离株有较强的抑菌作用,合理用药后病情得到有效控制。本研究为有效防治鹅大肠埃希菌病提供了理论依据,对规模化鹅场防控大肠埃希菌等其他细菌性疾病具有重要价值。; 张备金振华孙金艳李烨王丽坤鹿凌岩史同瑞; 关键词：大肠埃希菌药敏试验

猪塞内卡病毒全基因组分析及系统进化树构建: 2021年; 研究对目前发现的典型A型塞内卡病毒(SVA)毒株进行遗传进化分析,旨在了解该病毒的进化路线,为相关疫苗开发和疾病防控提供参考。研究从NCBI网站中选取220株SVA全基因组序列作为分析对象,使用RDP5软件剔除重组病毒,利用MEGA7和MrBayes软件将符合要求的184条全基因组序列构建进化树。结果显示,SVA遗传进化历程以时间跨度分为3个进化支。随着时间推移,每个进化分支中的毒株数量逐渐增加,流行扩大化。研究表明,SVA的进化树体现了地域上的屏障,每个国家的SVA分离株大多聚类在一起;该病毒由美国始发,向加拿大、巴西、哥伦比亚、中国、泰国等地扩散,并有向其他国家流行的趋势。; 崔慧绮赵司淼冉旭华闻晓波; 关键词：全基因组遗传进化分析

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