搜索到3846篇“ 线粒体全基因组“的相关文章
- 小杯杯冠线虫线粒体全基因组测序及分析
- 2024年
- 为探究小杯杯冠线虫(Cylicostephanus calicatus)的分类地位和进化关系,利用二代高通量技术进行测序,通过生物信息学进一步分析,结果发现,小杯杯冠线虫线粒体基因组全长为13877 bp,A+T含量为75.4%,对AT碱基有明显偏好性。与其他圆线虫相似,全基因组由12个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和2个非编码区构成。其中ND1、ND2和ND4以TTG为起始密码子,其他9个蛋白质编码基因均以ATT作为起始密码子;ND4L和COⅢ基因分别以TAG和“T”作为终止密码子,其他10个基因终止密码子为TAA。除了tRNA^(Lys)、tRNA^(Leu2)的结构是典型三叶草模型外,其余20个tRNA的二级结构均为非典型模型结构。系统发育分析结果显示,小杯杯冠线虫并未与杯冠属其他物种形成单系群,而是与长形杯环线虫(Cylicocyclus elongatus)亲缘关系更近。研究结果丰富了圆线虫线粒体基因组学数据,为进一步深化圆线科线虫物种鉴定和系统发育分析提供了依据。
- 马丽群贺敬颖李菁蒋田田郝彦卜艳珍
- 关键词:线粒体基因组系统发育分析
- 检测人类线粒体全基因组的试剂盒及其使用方法
- 本发明公开了检测人类线粒体全基因组的试剂盒及其使用方法,所述试剂盒包括143对扩增人类线粒体基因组全环的特异性扩增引物,143对引物序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.321所示。与现有技术相比...
- 朱卓英陈林丽张雷杨佳雯赵鹏
- 瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育
- 2024年
- 【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。
- 黄振郭琼霞
- 关键词:线粒体全基因组系统发育
- 一种用于扩增人类线粒体全基因组的引物组及其应用
- 本发明公开了一种用于扩增人类线粒体全基因组的引物组及其应用。所述引物组的核酸序列由SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.18所示的序列组成。本发明创造性地设计了用于扩增人类线粒体全基因组的引物组,采用小段扩增的方式...
- 汤雅男廖春根邹琼黄展鸿
- 人类线粒体全基因组短片段叠瓦式扩增检测试剂盒
- 本发明公开了一种引物组合物。本发明还公开了一种基于高通量测序技术的简单、经济、准确、自动的进行人类线粒体全基因组短片段叠瓦式扩增检测试剂盒,法医采用该试剂盒进行线粒体全基因组检测,可有效提高疑难陈旧检材和高度降解检材的鉴...
- 郭飞
- 花胸姬蜂线粒体全基因组测序及姬蜂总科系统发育关系分析
- 2024年
- 【目的】测定花胸姬蜂Gotra octocinctus线粒体全基因组序列,分析并探讨其基因组结构及姬蜂总科(Ichneumonoidea)的系统发育关系。【方法】采用Illumina NovaSeq测序平台,首次对花胸姬蜂线粒体全基因组进行测序,分析其基因组结构特点和碱基组成。基于13个蛋白编码基因序列,结合GenBank已有的姬蜂总科47个种的完整线粒体基因组序列,选取小蜂总科(Chalcidoidea)2个物种线粒体基因组序列作为外群,分别使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood method,ML)构建姬蜂总科系统发育树。【结果】花胸姬蜂线粒体基因组全长16003 bp(GenBank登录号:OP850580.1),由22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和1个控制区(control region,CR)组成。线粒体基因组碱基组成呈现明显的AT偏向性,AT偏斜和GC偏斜均小于0。花胸姬蜂线粒体基因组存在4处基因重排,基因组中有13处基因重叠区,共85 bp,以及17处基因间隔区,共1072 bp。基于13个PCG序列构建的系统发育树显示,优姬蜂亚科(Eucerotinae)为自然单系群,蚜茧蜂亚科(Aphidiinae)与茧蜂科(Braconidae)的“圆口类”构成姐妹群。【结论】本研究测定并分析了花胸姬蜂线粒体全基因组序列,发现姬蜂科(Ichneumonidae)昆虫线粒体基因组普遍存在trnI-trnQ-trnM区域的基因重排现象,为进一步系统的研究姬蜂总科线粒体基因组提供数据支持。
- 高成龙扈丽丽黄华毅陈刘生黄咏槐崔高峰赵丹阳
- 关键词:姬蜂总科线粒体基因组基因重排系统发育
- 红胸黑翅萤线粒体全基因组测定及熠萤亚科系统发育树分析
- 2024年
- 为明确红胸黑翅萤(Luciola kagiana Matsumura,1928)(Coleoptera:Lampyridae)的线粒体基因组结构及熠萤亚科的分子系统发育关系,本研究对红胸黑翅萤的线粒体基因进行了测序、组装、注释和特征分析。结果表明,红胸黑翅萤的线粒体基因组全长为16317 bp,包含了13个蛋白编码基因(proteincoding genes,PCGs)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个非编码控制区。对21种萤火虫(其中19种为熠萤亚科,2种为萤亚科)的线粒体基因组的组成和结构进行分析,分析结果表明,萤科(Lampyridae)昆虫线粒体基因组组成和结构的基本特征一致,但在线粒体全长、控制区长度、A+T含量偏向性以及基因间隔特征上在亚科间存在一定的差异性。利用最大似然法构建基于这21种萤火虫的13个PCGs的系统发育树,结果显示,红胸黑翅萤与熠萤属(Luciola)萤火虫聚类在一个分支上;熠萤亚科与萤亚科萤火虫各自聚成一个分支;熠萤亚科间同属的萤火虫种类都分别单独形成一个分支。本研究表明分子分类技术能极大地促进萤火虫分类学系统的完善,提升萤火虫分类的便利性和准确性。
- 陈泉刘勇刘全付新华
- 关键词:系统发育线粒体基因组
- 郏县红牛线粒体全基因组测序及结构特征分析
- 2024年
- 郏县红牛是我国八大优良黄牛品种之一,是当地一个役肉兼用的优良品种。利用高通量测序技术对郏县红牛全线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果显示:郏县红牛全线粒体基因组全长16 339 bp,共注释到37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA)和一个控制区域(D-loop),无内含子区域,但有重叠基因,A+T含量为60.6%,存在明显的AT偏向性。基因组序列中共存在13个基因间隔区域,最长为16 bp,位于NADH5与NADH6之间;同时存在4个基因重叠,最长为33 bp,位于tRNA-Gln与tRNA-Met之间。其中9个基因位于轻链,26个基因位于重链。郏县红牛线粒体基因组序列的解析有助于丰富其线粒体基因组资源,同时为郏县红牛的种质资源保护和遗传育种提供重要的基础。
- 陈艳艳郭婧郭银龙艾付镇高瑞阳李梦婷赵萌臻白钢锋叶延欣
- 关键词:郏县红牛高通量测序基因
- 一种基于线粒体全基因组对延庆腮扁叶蜂系统发育的分析方法
- 本发明公开了一种基于线粒体全基因组对延庆腮扁叶蜂系统发育的分析方法,涉及延庆腮扁叶蜂系统发育分析技术领域。提取延庆腮扁叶蜂的基因组DNA,使用高通量测序技术测定,将得到的原始数据进行质量控制、分析、评估和组装,将得到的组...
- 王梅庄佳亮王鸿斌李国宏刘梦飞
- 高黎贡牛樟芝线粒体全基因组特征及系统发育分析
- 2024年
- 为了解高黎贡牛樟芝线粒体基因组的特征及系统发育,本研究利用高通量测序技术对高黎贡牛樟芝线粒体基因组进行测序组装、注释并对其组成特征与其他多孔菌目真菌的线粒体基因组进行比较分析。结果显示:(1)获得完整的高黎贡牛樟芝线粒体基因组,其大小为110713 bp。共编码82个基因(53个蛋白编码基因、27个tRNA基因、2个rRNA基因),有较为显著的A-T偏好。(2)与11个近缘物种线粒体基因组共线性分析,发现高黎贡牛樟芝线粒体基因组与其他线粒体基因组有32个同源区域,同源区域的相对位置在多孔菌目种间变化很大,在进化过程中发生频繁的基因重排。(3)选择压力分析显示,15个核心编码基因的Ka/Ks<1,各物种在氨基酸水平上纯化选择起主导作用;系统发育分析表明,高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝关系最近,形成独立分支。结果表明:高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝线粒体基因组相比基因顺序没有发生变化,但存在一段4209 bp的片段缺失,该分析支持高黎贡牛樟芝成为一个独立新种。
- 尹以杭原晓龙陈自宏杨宇明郑元王毅
- 关键词:线粒体基因组比较基因组
相关作者
- 王春仁
- 作品数:298被引量:567H指数:11
- 供职机构:黑龙江八一农垦大学动物科技学院
- 研究主题:进化分析 吸虫 奶牛 寄生虫病 绵羊
- 张修月
- 作品数:129被引量:295H指数:10
- 供职机构:四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室
- 研究主题:微卫星 林麝 基因组 线粒体基因组 美洲大蠊
- 刘少英
- 作品数:170被引量:1,555H指数:17
- 供职机构:四川省林业科学研究院
- 研究主题:兽类 区系 鼠害 小型兽类 人工林
- 杨世勇
- 作品数:82被引量:102H指数:6
- 供职机构:四川农业大学
- 研究主题:鱼类 齐口裂腹鱼 施氏鲟 养殖 杂交
- 李超
- 作品数:69被引量:143H指数:7
- 供职机构:中国计量大学
- 研究主题:基因组总DNA 蜘蛛 种群多样性 导电 负极材料