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基于线粒体控制区的苗岭山区斑鳜遗传结构及其多样性研究: 2024年; 为探讨苗岭作为地理屏障对斑鳜(Siniperca scherzeri)遗传结构及其多样性的影响,本研究运用mtDNA D-Loop测序技术,检测其两侧柳江、沅江和乌江3水系7个野生斑鳜种群的遗传多样性,并分析其遗传变异及种群动态。结果显示,365条序列共有57个多态位点和56个单倍型,高频hap3是3水系共享的祖先单倍型,苗岭斑鳜可划分为南北2个不同地理种群,南部柳江种群遗传变异程度低,遗传多样性匮乏,北部沅江和乌江的种群变异程度高,拥有丰富的遗传多样性,2个地理群体间存在显著的遗传分化和基因交流障碍。研究表明,南部斑鳜属封闭的小群体,因近交衰退效应,始终保持祖先的原始种群结构;北部种群规模庞大,生境理想,进化潜力大。推测苗岭斑鳜在中更新世间冰期种群扩张后,因苗岭阻隔和生境差异,沿不同方向发展进化,塑造出南北两个遗传分化明显的地理种群。柳江种群面临生存危机,可视为1个独立的ESU单元,沅江上游适宜建立斑鳜种质资源保护区。本研究从分子水平揭示了地理屏障对苗岭山区野生斑鳜种群遗传结构及其多样性的影响,丰富了我国斑鳜遗传背景资料,可为斑鳜种质保护和挖掘利用提供理论依据。; 李珊陈敦学马秀慧安苗; 关键词：斑鳜线粒体控制区遗传分化种群动态

基于线粒体控制区和微卫星标记探讨秦岭细鳞鲑物种有效性被引量：3: 2023年; 文章基于线粒体控制区基因序列和微卫星标记比较秦岭细鳞鲑(Brachymystax tsinlingensis Li)、黑龙江流域的尖吻细鳞鲑(Brachymystax lenok Pallas)和钝吻细鳞鲑(Brachymystax tumensis Mori)的分子遗传差异,为澄清其分类地位争议提供分子证据。结果表明:(1)扩增217个样本的mtDNA D-loop区序列,共获得45个单倍型,类群间无共享单倍型;基于单倍型构建的系统进化树显示三个细鳞鲑类群呈独立的支系;(2)基于14个呈多态性位点的遗传分化结果表明,秦岭细鳞鲑与尖吻或钝吻细鳞鲑之间的遗传距离均大于尖吻细鳞鲑和钝吻细鳞鲑之间的遗传距离;(3)基于线粒体D-loop和多态性微卫星位点计算出的遗传分化系数(FST)都远高于0.25表明三个类群间的遗传分化程度极高。这些结果表明,秦岭细鳞鲑与黑龙江流域细鳞鲑之间遗传分化程度高,结合前期发现秦岭细鳞鲑与黑龙江细鳞鲑类群有明显形态分化的研究结果及它们之间地理隔离已久的现状,研究初步判定秦岭细鳞鲑为独立物种,并建议以Brachymystax tsinlingensis Li为拉丁名。同时,建议将秦岭细鳞鲑作为独立单元进行保护,避免人为引种或杂交等因素造成种质资源破坏。; 熊冬梅蒙彦晓张鑫淼王继隆冯广朋邵俭王立新; 关键词：线粒体控制区微卫星标记秦岭细鳞鲑

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析被引量：1: 2023年; 为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况,采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌,采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示,翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp~936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%).243条D-loop序列检出23个变异位点,其中有9个单一信息位点,14个简约信息位点.6个群体发现22个单倍型,全部群体的单倍型多样性(H_(d))和核苷酸多样性(P_(i))分别为(0.794±0.019)和(0.00251±0.00014),呈现出高H_(d)和低P_(i)的遗传多样性模式.6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(Hd:0.873±0.038,Pi:0.00295±0.00035),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_(d):0.709±0.064,P_(i):0.00203±0.00031).分子方差分析表明,群体间的分子变异占比0.43%,群体内的分子变异占比99.57%,分子变异主要发生在群体内.群体间遗传分化指数F_(st)为-0.01912~0.02801(P>0.05),表明群体间没有出现遗传分化.单倍型系统进化树和单倍型网络结构图显示,群体间拥有多个共享单倍型,单倍型聚为一个进化分支,没有形成特定的地理遗传结构.中性检验结果表明洪泽湖翘嘴鲌群体没有经历显著种群扩张事件.研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性较低,6个群体间基因交流频繁,遗传分化不显著,可将6个群体作为一个管理单元进行保护,需采取措施提高翘嘴鲌遗传多样性及恢复其种群数量.; 杨子萍李大命刘燕山谷先坤杨家新; 关键词：翘嘴鲌控制区序列洪泽湖

基于线粒体控制区的海南岛3种弹涂鱼的遗传多样性被引量：2: 2023年; 采集中国海南岛3种弹涂鱼群体并进行遗传多样性研究,通过使用线粒体控制区基因部分序列作为遗传标记,获得3种弹涂鱼共195个长度为836 bp的D-loop基因片段序列,分析其群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态。结果表明:(1)弹涂鱼多样性最为丰富,大鳍弹涂鱼次之,大弹涂鱼较为缺乏。(2)遗传分化指数(Fst)表明海南岛弹涂鱼群体中三亚的与临高、东方、乐东的存在中等程度分化,分子方差分析(AMOVA)结果表明总体不存在遗传分化;大弹涂鱼群体Fst表明文昌和东方的群体存在分化,AMOVA分析结果表明总体存在中等程度分化;弹涂鱼与大鳍弹涂鱼亲缘关系较近,通过线粒体控制区基因标记可将它们较好地区分。(3)中性检验和不配对分布结果表明大弹涂鱼文昌群体经历过扩张。综合分析结果表明,大弹涂鱼应该作为优先保护的种类。; 柯宏基陈傅晓李向民樊佳伟王永波符书源谭围; 关键词：弹涂鱼大弹涂鱼控制区

基于线粒体控制区分析固始鸡遗传多样性和起源进化被引量：3: 2022年; 为探究固始鸡遗传多样性和母系起源,以73只固始鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,获得固始鸡线粒体DNA控制区全序列,并与19条红色原鸡序列构建系统发育树。结果表明:固始鸡mtDNA控制区全长为1231或1232bp,1231bp个体在859bp处存在C缺失。73只个体共发现15处单核苷酸多态位点,为6种单倍型。遗传多样性分析表明,固始鸡平均核苷酸差异数(K)为5.287,核苷酸多样度(Pi)为0.00429±0.00013,单倍型多样度(Hd)为0.600±0.034。系统发育分析显示,6种单倍型可分为A和C 2个分支,A分支与原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)、原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)、原鸡指名亚种(Gallus gallus gallus)以及原鸡印尼亚种(Gallus gallus bankiva)聚为一类,推测固始鸡可能有多个母系起源。这一研究为从分子水平探究固始鸡遗传资源保护和开发利用提供参考。; 顾荣唐修君樊艳凤贾晓旭葛庆联陆俊贤王珏高玉时; 关键词：固始鸡线粒体DNA 控制区系统进化

基于线粒体控制区的中国东南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性和遗传分化被引量：2: 2022年; 本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德(ND)、厦门(XM)、漳浦(ZP)、南澳岛(NAD)、湛江(ZJ)、海口(HK)与北海(BH)的7个野生黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明:中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.996和0.01730。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.01028~0.02987。群体间的遗传分化系数(F_(ST))为-0.06841~0.54586,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。; 叶幼玲黄张帆徐安乐汪睛黎中宝; 关键词：海洋生物学线粒体控制区遗传分化

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究被引量：5: 2021年; 旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区(mtDNA D-loop区)的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为 48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度( Hd )在0.496~0.729之间,核苷酸多样度( Pi )在0.003 40 ~0.005 41之间, Hd 值和 Pi 值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。; 唐修君樊艳凤樊艳凤葛庆联贾晓旭马丽娜葛庆联高玉时; 关键词：线粒体控制区

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析被引量：4: 2021年; 为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_(st))为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_(st)显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。; 李大命唐晟凯刘燕山谷先坤殷稼雯蒋琦辰朱凛李春宁张彤晴潘建林; 关键词：线粒体控制区

一种白顶溪鸲线粒体控制区扩增嵌套引物及扩增、克隆和测序方法: 本发明公开了一种白顶溪鸲线粒体控制区扩增嵌套引物及扩增、克隆和测序方法，属于生物技术领域，本发明采用6组扩增嵌套引物对白顶溪鸲线粒体控制区进行2次PCR扩增，第一轮PCR的产物可直接进行测序，第二轮PCR扩增出的片段结合...; 阚显照丁恒武董锦绣蒋澜王青青吴璇; 文献传递

基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析被引量：1: 2021年; 竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一,在海洋食物网中扮演了重要角色,然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局,文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明,中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_(d)=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系,利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化,遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构,可以作为一个单一的种群加以管理,人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。; 任慧敏张衡许莎莎李圣法李建生李治洪何利军; 关键词：竹荚鱼遗传多态性种群遗传结构线粒体控制区

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