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水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析: 2024年; 【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中�; 黄丽清段安琴郑海英杨春艳尚江华; 关键词：水牛真核表达载体

青海草原毛虫IR基因的鉴定及组织表达分析: 2024年; 本研究利用生物信息学分析及qRT-PCR技术,对GqinIRs基因进行鉴定及表达谱分析。本研究共鉴定出12个GqinIRs基因,生物信息学分析发现青海草原毛虫IRs属于两性蛋白,除GqinIR7、GqinIR8a、GqinIR10a、GqinIR75a、GqinIR76b都具有信号肽,具有2~4个跨膜结构域,二三级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成;系统进化表明青海草原毛虫IR与东方黏虫和疆夜蛾亲缘关系较近。基因表达谱分析表明,鉴定的青海草原毛虫12个IR基因在雌雄不同组织体现不同的表达水平(P<0.05)。本研究为进一步研究青海草原毛虫离子型受体蛋白对外界气味分子的识别及反应机制提供重要依据,并且为深入研究青海草原毛虫嗅觉机制奠定基础。; 刘占玲寇桂香南彦斌王克鑫周渊涛; 关键词：生物信息学分析表达谱分析

绵羊MYL基因家族的鉴定与组织表达分析: 2024年; 为了解肌球蛋白轻链(myosin light chain,MYL)基因家族在绵羊中的分子进化关系及表达变化,本研究利用生物信息学方法对绵羊MYL基因家族进行鉴定和系统分析。各选取了3只军垦白肉羊、新疆细毛羊和湖羊成年公羊各组织样品,采用qRT-PCR方法验证家族成员MYL1、MYL6B和MYLPF基因的表达情况。结果显示,12个MYL基因分布在9条染色体上,编码由147~211氨基酸组成的亲水性蛋白质,无信号肽和跨膜结构域,二级结构以α-螺旋为主。根据基因结构、保守结构域和基序分布等特征,可以将这些基因家族成员分为3个组。共线性分析结果表明,MYL2和MYL10、MYL2和MYLPF存在片段复制,且这些片段受到较强的选择压力。蛋白互作网络显示MYH10与绵羊MYL家族成员均存在互作关系。MYLs的组织表达模式差异较大,其中MYL1、MYL2、MYL6B和MYLPF在骨骼肌组织中高水平表达。基因克隆测序结果显示,扩增得到目的基因的CDS全长,qRT-PCR结果表明,MYL1、MYL6B和MYLPF在军垦白肉羊肌肉组织中的表达水平显著高于其他组织(P<0.0001),并且在军垦白肉羊骨骼肌中的表达水平显著高于湖羊和细毛羊(P<0.0001)。以上结果为深入研究绵羊MYL基因家族的功能以及优化绵羊肉用性能提供了线索。; 杨杨余乾刘昱成杨华赵卓王立民周平杨庆勇代蓉; 关键词：绵羊基因家族生物信息学分析基因表达

茶树蔗糖转运蛋白(SUTs)基因家族鉴定及组织表达分析: 2024年; 蔗糖转运蛋白(SUTs)是蔗糖转运的主要载体,其运输、装载蔗糖需要消耗能量,在植物光合产物从源到库的转运过程中起关键作用。从茶树品种舒茶早中鉴定获得7个CsSUTs家族成员,对其理化性质、基因结构、亚细胞定位、进化关系、顺式作用元件等展开生物信息学分析。CsSUTs家族蛋白含有一个保守MFS-2结构域,且与拟南芥AtSUCs蛋白的亲缘关系较近,茶树CsSUTs蛋白被聚类在SUTⅠ、Ⅱ和Ⅳ;在STRING在线网站中以拟南芥AtSUCs为模型,推测茶树CsSUTs蛋白与SWEET、SUS、STP蛋白可能存在直接的相互作用关系。对茶树CsSUTs家族基因的启动子区域进行分析,发现其中存在大量与激素响应、非生物胁迫,以及植物生长发育相关的顺式作用元件,推测这些启动子可能受到植物激素、逆境等多种因素的调控,从而影响茶树的生长和发育过程。CsSUTs家族基因在龙井43和舒茶早中的表达模式存在差异,CsSUT6在茶树花中特异性高表达,推测其可能在花器官蔗糖供给、贮藏和分配中发挥重要作用;CsSUT1和CsSUT5在茶树各个器官中均有表达,表明其可能协同参与蔗糖在“源”叶的装载和“库”器官卸载等过程。; 罗微张佳琪杨妮胡志航郝建楠刘慧谭杉杉庄静; 关键词：茶树蔗糖转运蛋白启动子分析组织特异性

陆川猪MyoD1基因克隆及组织表达分析被引量：1: 2024年; 为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用,对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆,展开生物信息学分析,对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析,以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板,进行特异性引物设计,克隆陆川猪MyoD1基因CDS区,并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对,由此构建系统进化树,通过在线软件开展生物信息学分析,而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸,碱基突变共存在5处,与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高,表明二者亲缘关系最为接近;陆川猪MyoD1基因原子总数为4680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C_(1457)H_(2296)N_(442)O_(471)S_(14);不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性;等电点为5.63,属于酸性蛋白;不存在跨膜结构,存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点;蛋白二级结构以无规则卷曲为主,占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高,且显著高于其他组织,表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达,且主要在背最长肌中表达,由此推测,MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。; 高泽仁潘鹏丞徐文文陈宝剑刘明君关志惠谢炳坤覃兆鲜; 关键词：陆川猪生物信息学分析基因克隆

藏绵羊PFKM基因克隆、生物信息学及组织表达分析: 2024年; 本研究旨在分析藏绵羊PFKM的序列特征、生物信息学及其在不同发育阶段(1日龄、3月龄、1岁龄和3岁龄)肌肉组织中的表达模式。以成年(3岁龄)藏绵羊的背最长肌cDNA为模板,克隆PFKM基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量(RT-qPCR)技术检测PFKM基因在背最长肌、心肌、冈上肌、肱二头肌、肺脏、肝脏、脾脏和肾脏中的表达情况,并检测不同发育阶段上述组织中PFKM mRNA表达水平的变化。同时,用Western Blot检测不同年龄阶段藏绵羊背最长肌中PFKM蛋白的表达水平。结果表明,藏绵羊PFKM基因的CDS区全长2 556 bp,共编码851个氨基酸,与绵羊参考序列相比存在19个突变位点,与绵羊(98.82%)和山羊(98.59%)具有较近的亲缘关系;预测PFKM蛋白为亲水性蛋白,不存在信号肽,主要分布在细胞质中,蛋白的二级结构以α-螺旋为主,PFKM蛋白与10个糖酵解相关蛋白质分子间存在潜在的相互作用;RT-qPCR结果显示,随着年龄的增加,PFKM mRNA在藏绵羊各组织中基本呈现先上升后下降(1日龄<3月龄<1岁龄>3岁龄)的表达趋势,背最长肌中PFKM蛋白的表达也先上调后下调。本研究获得了藏绵羊PFKM基因完整的CDS区,发现其在物种间的保守性较高,并在藏绵羊肌肉生长发育过程中发挥重要的作用。; 雒瑞瑞齐兴财刘子龙李讨讨王彩莲郎侠宋淑珍; 关键词：藏绵羊克隆生物信息学分析

西瓜ClKNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析: 2024年; KNOX基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要的调控作用。为进一步挖掘西瓜KNOX转录因子家族成员信息,探究分析其表达模式及基因功能,通过生物信息学方法对西瓜KNOX基因家族成员进行了鉴定,并对其理化性质、基因结构、系统进化及表达模式进行了分析。结果表明,西瓜基因组中共有12个KNOX基因,均定位于细胞核中,符合转录因子属性特征;KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox_KN这4类典型结构域均存在于大多数西瓜KNOX基因中,表明这4类结构域在KNOX基因功能中具有重要作用;系统发育分析将ClKNOX基因家族成员分为ClassⅠA、ClassⅠB、ClassⅡA和ClassⅡB 4个亚组,启动子元件分析表明,ClKNOX基因家族含有较多与生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件;组织表达分析结果表明,ClKNOX基因具有明显的组织特异表达特性,ClKNOX6和ClKNOX11在根和茎中高表达,而ClKNOX3和ClKNOX10在所有器官中表达量都相对较高,但所有ClKNOX基因在果肉中的相对表达量都较低。研究结果为进一步深入探究ClKNOX基因在生长发育中的功能和组织表达特性奠定了基础。; 陈雅心户奥锋张力铭刘权权杨路明朱华玉刘东明; 关键词：西瓜生物信息学分析

鸡SLMO2基因CDS区克隆、生物信息学及组织表达分析: 2024年; 为了探究类果蝇慢移基因的氨基酸序列特征,探索其在不同肤色鸡不同组织中mRNA表达变化规律,实验采集不同肤色鸡各组织,PCR克隆获得SLMO2完整CDS区,进行生物信息学分析及组织表达分析。实验得到SLMO2的CDS区序列全长560 bp,其中可编码氨基酸174个。生物信息学研究结果表明,鸡SLMO2蛋白并不具有信号肽和跨膜结构,蛋白主要结构以无规性卷曲的α-螺旋结构结合为主,且蛋白分布在线粒体内膜间隙。通过氨基酸序列对比发现,鸡与爪蟾的亲缘关系较近。qRT-PCR结果表明,SLMO2在背肤组织中相对表达量极显著高于其他组织,且该基因在丝羽乌骨鸡背肤组织中表达量极显著高于“豫粉1号”H系鸡。以上结果为进一步探究鸡SLMO2对黑色素沉积的调控机制提供了理论依据。; 朱慧媛张朋威徐硕辉李瑞婷高超群李文婷蒋瑞瑞孙桂荣孙桂荣康相涛韩瑞丽; 关键词：生物信息学分析

牛Bta-miR-494序列特征及其组织表达分析: 2024年; 为探究牛Bta-miR-494的序列特征及其组织表达情况,运用生物信息学方法分析其上游序列的CpG岛、启动子及转录因子特征及其在不同物种间的保守性;之后对牛Bta-miR-494的靶基因进行预测及功能富集分析;最后通过qRT-PCR方法检测其在牛不同组织及不同时期同一组织间的时空表达特征。结果表明,Bta-miR-494在不同物种间高度保守且与山羊亲缘关系最近,其上游不含CpG岛、存在2个转录起始位点;预测靶基因富集分析表明,Bta-miR-494的靶基因显著富集在PI3K-Akt、p53及MAPK等与肌肉生长发育及代谢相关的信号通路;qRT-PCR结果显示,Bta-miR-494在成年牛肝脏中的表达量最高,睾丸中表达量最低;且Bta-miR-494在成年牛股二头肌中的表达量显著高于初生犊牛,而心肌和背最长肌中的表达量显著低于初生犊牛。这种组织间差异性表达提示,Bta-miR-494可能在牛不同生长阶段的肌肉组织发育过程中主导不同的生肌表达模式。; 徐俊杰丁燕玲李承隆周小南苏总华曲畅史远刚康晓龙; 关键词：骨骼肌

瓠瓜KNOX基因家族全基因组鉴定及组织表达分析被引量：1: 2024年; 【目的】探明瓠瓜KNOX基因家族特征,在瓠瓜全基因组水平上对KNOX基因家族成员进行鉴定和分析,研究其组织表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对瓠瓜KNOX家族基因成员进行鉴定、编码蛋白理化性质分析及家族成员结构域和保守基序分析,利用MEGA 5.05软件构建系统进化树,采用实时荧光定量PCR技术,分析KNOX基因在瓠瓜不同组织(根、茎、叶、花、果实)中的表达情况。【结果】鉴定到12个瓠瓜KNOX家族基因,这些基因分布在6条染色体上,且均定位于细胞核。大多数瓠瓜KNOX家族蛋白含有同源异型盒蛋白特有的4种结构域KNOX1、KNOX2、ELK和Homeobox_KN。系统进化分析将瓠瓜KNOX基因分为KNOX ClassⅠ和KNOX ClassⅡ2大类群,2个类群又可进一步分为5个分支,其中ClassⅠ-C为瓠瓜特有的进化分支。KNOX基因启动子区有多个激素响应元件和植物生长相关元件。组织表达分析发现,瓠瓜KNOX基因具有不同的表达模式,KNOX ClassⅠ类基因表达具有组织特异性,在根、茎和果实中表达量较高,在其余组织中表达量较低或不表达,其中Lsi04G014450在根和茎中表达量最高,Lsi11G006380在果实中表达量最高;KNOX ClassⅡ类基因在所有组织中均有较高表达。【结论】瓠瓜KNOX基因家族有12个成员,分布于6条染色体上,在进化关系上可分为5组,具有瓠瓜特有的进化分支,在不同组织中的表达具有特异性。; 徐晓燕黄小忠刘万仙张曼; 关键词：瓠瓜 KNOX 生物信息学

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