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一种评估四指马鲅群体遗传多样性的SSR标记引物、方法及应用: 本发明公开了一种评估四指马鲅种群遗传多样性的SSR标记引物，所述引物分别为引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物对5、引物对6、引物对7、引物对8、引物对9和引物对10，所述引物对1~10的核苷酸序列分别如SEQ ...; 张晋卢丹琪黄舜梅赖文杰汤胜亮李水生张勇

基于GBS测序的3个野生单环刺螠群体遗传多样性和群体结构分析: 2024年; 【目的】旨在评估我国野生单环刺螠群体的遗传多样性和群体结构。【方法】采集大连、唐山、烟台3个群体样本,利用GBS测序技术获取SNP标记位点信息,分别对其期望杂合度、观测杂合度、核苷酸多样性、分子方差、聚类及群体结构等进行分析。【结果】3个野生单环刺螠群体观测杂合度为0.212~0.223,期望杂合度为0.239~0.257;核苷酸多样性在0.252~0.271之间。遗传变异主要来源于单环刺螠群体内部。3个自然群体可分成2个遗传群体,样本未根据地理位置表现出明显的群体结构。【结论】我国野生单环刺螠具有中等遗传多样性。; 尤宏争孟睦涵马林郑艳坤王永辉孙阳毕相东孙学亮; 关键词：单环刺螠野生群体

基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构: 2024年; 旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP),以群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性标记比例(P_(N))、核苷酸多态性(Pi)、次等位基因频率(Maf)以及连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减情况分析群体遗传多样性;使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构;以群体分化指数(Fst)评估品种间的分化程度,以状态同源(identity by state,IBS)、G矩阵和群体近交系数(F ROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示,宁蒗高原鸡群体的观测杂合度(Ho)为0.212,小于其0.221的期望杂合度(He),而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He,表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富;LD衰减分析表明,4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡,说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高,基因组受选择程度最低;主成分分析和系统发育树结果表明,宁蒗高原鸡分为3个支系,大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大;群体结构分析显示,当K=2时为最优分群数,宁蒗高原鸡血统较为复杂,独龙鸡和尼西鸡血统较为相似;群体遗传分化结果发现,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化,而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小;IBS矩阵和G矩阵分析发现,宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。以上结果表明,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化,宁蒗高原鸡保种群体的遗传�; 徐扩卫李卓辉冷堂健熊宝周杰珑郭盘江王禹陈粉粉; 关键词：全基因组群体遗传多样性群体遗传结构

微卫星分析广西沙塘鳢群体遗传多样性: 2024年; 利用10对微卫星分析广西钦州市(QZ)、河池市(HC)及柳州市(LZ)沙塘鳢群体遗传多样性,结果表明:3个沙塘鳢群体样本均能获得清晰稳定的扩增条带,显示出不同程度的多态性。10个位点有效等位基因数量为0.9266~4.2130,平均为2.1621,期望杂合度为0.1068~0.8431,平均为0.4751,观测杂合度在0.1491~0.8034,平均为0.4868,多态性信息含量在0.0811~0.5984,平均为0.3310。3个群体的有效等位基因数量表现为HC>LZ>QZ,观测杂合度表现为HC>LZ>QZ,群体期望杂合度表现为HC>LZ>QZ,群体多态信息含量表现为HC>LZ>QZ。HC、LZ、QZ 3个不同群体存在中等遗传分化,平均基因分化系数为0.1003,表明有10.03%的遗传分化来自3个不同地理群体之间,89.97%的遗传分化来自沙塘鳢内部个体之间。; 陈子桂李华周大颜卢飞麟潘江旺卢维英刘羚; 关键词：沙塘鳢微卫星遗传多样性分析遗传分化

西藏牦牛群体遗传多样性及遗传结构分析被引量：1: 2024年; 采集西藏地区5个牦牛类群(西藏高山牦牛,类乌齐牦牛,帕里牦牛,斯布牦牛,娘亚牦牛)共49头牦牛的血样,利用全基因组重测序技术对其遗传多样性及遗传结构进行了分析,以期为西藏牦牛遗传资源的保护、开发和利用提供参考。SNP变异检测结果表明,经过滤后得到7655923个SNP位点;群体遗传多样性分析发现,西藏地区不同牦牛群体之间的基因杂合度差异并不显著,且均存在不同程度的杂合度下降现象,类乌齐牦牛的观测杂合度最高,为0.3364;群体结构分析发现,5个牦牛类群之间存在基因交流现象。说明目前西藏牦牛各群体整体存在遗传多样性下降的潜在风险,需要进一步加强群体保种工作,以确保不同品种资源的多样性得到有效保护。; 余道宁王佟马晓明张德荣欧杰次仁洛桑顿珠梁春年; 关键词：西藏牦牛

基于线粒体D-loop区的4个团头鲂养殖群体遗传多样性分析: 2024年; 为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样性指数为0.20~0.47,核苷酸多样性指数为0.00022~0.00224。群体结构分析显示,群体间发生了不同程度的分化,遗传分化系数为-0.0138~0.2190。分子变异分析(AMOVA)表明,变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者效应,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化,4个团头鲂群体的遗传背景可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。; 严燕刘帆刘鑫鑫胡桂飞苏时萍; 关键词：团头鲂线粒体DNA D-LOOP区

基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析: 2024年; 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。; 刘士力陈大伟朱鹏灿郑建波夏冯博程顺蒋文枰迟美丽杭小英李飞; 关键词：养殖群体

四川不同寄主禾谷镰孢菌复合种的群体遗传多样性及相互侵染关系: 2024年; 【目的】探明四川地区小麦、玉米和大豆3种寄主禾谷镰孢菌复合种(Fusarium graminearum species complex,FGSC)的群体遗传多样性及相互侵染关系。【方法】采用多重PCR和PCR-VNTR分子标记技术分析不同寄主来源菌株的毒素类型和群体遗传多样性,并通过高粱粒接种法检测菌株在不同寄主间的相互侵染作用。【结果】来源于3种寄主的禾谷镰孢菌复合种菌株被鉴定为禾谷镰孢菌(F. graminearum)和亚洲镰孢菌(F. asiaticum),其中禾谷镰孢菌的毒素化学型为3-乙酰基脱氧雪腐镰刀菌烯醇(3-ADON)和15-乙酰脱氧雪腐镰刀菌烯醇(15-ADON),而亚洲镰孢菌的毒素化学型为雪腐镰刀菌烯醇(NIV);各寄主菌株的群体遗传多样性存在差异,以小麦菌株群体遗传多样性最高,且与大豆菌株遗传距离较远;同时,各寄主菌株间能够相互侵染,但致病力存在差异。【结论】来源于四川小麦、玉米和大豆3种寄主的禾谷镰孢菌复合种遗传多样性存在差异,但可相互侵染致病,具有加重其所致病害在该地区发生的风险。; 李晓迪陈思怡陈国亮刘林文陈华保杨春平常小丽; 关键词：群体遗传多样性

基于SSR标记的钱塘江中下游三角鲂4个放流苗种群体遗传多样性和遗传结构检测: 2024年; 为检测钱塘江中下游三角鲂放流苗种群体遗传多样性和遗传结构,采用毛细管电泳基因分型技术,基于9对荧光标记SSR引物对来自4个放流苗种群体的192尾样本进行扩增和基因分型测序。结果表明,各群体单个位点检测到的等位基因数Na均值为(20±2)~(24±2),有效等位基因数Ne均值为(10.76±1.51)~(13.66±1.33),其中余杭群体等位基因数Na和有效等位基因数Ne最大,建德和桐庐群体的这2项指标大体相当;4个群体Shannon’s信息指数I均值为(2.55±0.13)~(2.83±0.09);4个群体观测杂合度Ho均值为(0.83±0.08)~(0.94±0.03),期望杂合度He均值为(0.88±0.02)~(0.92±0.01),绝大多数位点表现出杂合子过剩;余杭、建德、桐庐、富阳各群体的私有等位基因数依次为54、9、15、17个;4个放流三角鲂苗种群体遗传多样性处于较高水平,部分群体出现了杂合子过剩和等位基因丢失现象。分子方差分析显示,98.7%的遗传变异来自群体内的个体间,1.3%遗传变异来自群体间,4个放流群体间遗传分化指数为0.013~0.017,遗传分化很小(0群体遗传结构分析结果具有一致性,所有个体被分成2个理论类群,但每个类群都包含4个群体的个体,各类群的个体来源没有明显的差异。本研究检测了三角鲂4个放流苗种群体种质遗传现状,以期将来更好地指导三角鲂的增殖放流。; 张敏莹方弟安周彦锋匡箴任泷郑宇辰徐东坡; 关键词：三角鲂微卫星

镇坪乌鸡群体遗传多样性及遗传结构分析: 2024年; 为了解镇坪乌鸡的群体遗传多样性和遗传结构差异,试验对镇坪乌鸡及国内外9个品种鸡(略阳乌鸡、红色原鸡、白来航鸡、BRB肉鸡、赤水乌骨鸡、乌蒙乌骨鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡和藏黑鸡)的基因组测序数据进行分析,利用基因组核苷酸多态性信息计算观测杂合度和连锁不平衡衰减距离等评价群体遗传多样性的指标,并通过构建系统发育树,进行群体遗传分化指数(Fst)、主成分和Admixture分析解析这些品种的群体结构特征。结果显示:镇坪乌鸡遗传多样性丰富、杂合度较低,连锁不平衡(LD)衰减距离短,衰减速度快;Fst分析结果表明,不同乌鸡品种之间呈现较低水平的遗传分化,而镇坪乌鸡与非乌鸡品种之间呈现中高水平的遗传分化;Admixture分析显示,国外品种遗传结构单一,国内地方品种则遗传结构相对复杂,且可能与国外品种发生过杂交;此外,略阳乌鸡与镇坪乌鸡的遗传结构相似,表明两个品种可能具有较高的同源性。综上所述,镇坪乌鸡遗传多样性丰富,遗传资源具有巨大的挖掘潜力,但杂合度较低,存在与其他品种杂交的现象,应及时建立和实施遗传资源保护策略。; 任远明梁小军敖显配张睿昕邓必俊杨丽煜朱瑞魏泽辉; 关键词：遗传资源保护

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