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基于转录组测序分析家蚕中肠、脂肪体和血淋巴组织可变剪接事件
2024年
可变剪接(alternative splicing, AS)在家蚕基因组中普遍存在,在基因转录后调控和蛋白质多样性方面发挥重要作用。为揭示家蚕物质吸收、循环、合成和代谢相关组织AS事件的特征,分析家蚕品种间抗氧化水平差异的形成机制,本研究采集预蛹期的东肥和彩4这两个家蚕品种的中肠、脂肪体和血淋巴组织样品进行转录组测序(RNA sequencing, RNA-seq),将测序数据比对到参考基因组后,采用rMAT软件进行AS事件分析和发生AS事件的基因(AS基因)鉴定,进一步解析AS基因发生AS事件的数量、类型和组织分布的特征,并对全部AS基因和品种间差异表达AS基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明,家蚕中肠、脂肪体和血淋巴中分别检测到13 525、7 419、6 965个AS事件,对应发生在4 118、3 109和2 975个AS基因中。3′端可变剪接位点(alternative 3′splice sites, A3SS)、5′端可变剪接位点(alternative 5′splice sites, A5SS)、互斥外显子(mutually exclusive exons, MXE)、内含子保留(retained introns, RI)、外显子跳跃(skipping exon, SE)5种类型AS事件中,SE数量占比最高,在每个组织中的发生比例均不低于64.95%,RI数量占比最低,均不高于1.79%。每个组织中发生1种类型AS事件≤3个的AS基因数量占基因总数的81.14%~100%,单个AS基因发生1种类型AS事件的数量最高为66个。发生A3SS、A5SS、RI事件的AS基因有高达53.19%~61.75%和16.56%~20.57%的3组织和2组织重叠比例,发生SE、MXE事件的AS基因组织特异性高,单一组织独有的比例为43.99%和70.96%。每个组织AS基因总数量里,发生1个单独类型AS事件的基因约占63.40%~69.96%,同时发生3、4、5个类型AS事件的基因合计占比低于7.00%。GO功能注释、KEGG通路富集分析全部AS基因的功能主要为物质的合成、代谢和转运,能量代谢,细胞对刺激的反应和信号转导,基因表达和翻译的调控,蛋白质的加工、修饰和水解,磷酸转移酶和激�
谢岩王晖孙志超高妍夏周玲刘麟菲李季生
关键词:RNA-SEQ可变剪接功能基因
心周总脂肪体积与高血脂患者冠心病发生风险、冠脉狭窄程度及心功能的相关性研究被引量:1
2024年
目的:探讨心周总脂肪体积(PATV)与高血脂患者冠心病(CAD)发生风险、冠脉狭窄程度及心功能的相关性。方法:根据患者是否合并CAD将2021年1月—2022年12月在我院就诊的104例高血脂患者,分为A组(n=44例,单纯高血脂患者)和B组(n=60例,合并CAD患者)。比较两组患者PATV水平;使用二分类Logistic回归法分析PATV水平对高血脂患者CAD发生的影响;使用受试者工作特征(ROC)曲线分析PATV水平对高血脂患者CAD发生的诊断效能;使用Spearman相关性分析法分析高血脂并CAD患者PATV水平与冠脉狭窄程度(Gensini评分)和心功能[左室射血分数(LVEF)、心排血指数(CI)、每搏量(SV)]的相关性。结果:B组PATV水平高于A组(P<0.001);经二分类Logistic回归法分析,PATV水平是影响高血脂患者CAD发生的独立危险因素(P<0.001)。PATV水平预测高血脂患者CAD发生的ROC曲线下面积为0.863(95%CI:0.790~0.935),PATV水平的最佳临界值为177.80mL,此时约登指数为0.642,敏感性为73.33%,特异性为90.91%;Spearman相关性分析结果显示高血脂并CAD患者PATV水平与Gensini评分呈正相关(r=0.692,P<0.001),与LVEF、CI、SV水平均呈负相关(r=-0.702、-0.685、-0.704,P均<0.001)。结论:PATV水平与高血脂患者CAD发生和病情严重程度存在密切联系,应密切关注高血脂患者PATV水平,降低PATV水平可成为临床治疗高血脂伴CAD的新靶点。
郭洪伟
关键词:高血脂冠心病冠脉狭窄程度心功能
CT血管成像在评估冠状动脉斑块周围脂肪体积与冠状动脉血流动力学异常关系中的价值
2024年
目的:探索冠状动脉CT血管成像(CCTA)在评估冠状动脉斑块周围脂肪体积与冠状动脉血流动力学异常关系中的价值。方法:回顾性选取2022年6月至2023年9月沧州市人民医院收治的218例住院患者资料,将其中108例非冠心病患者纳入对照组,110例冠心病患者纳入观察组,所有患者均进行CCTA检查,比较两组心周脂肪体积、血流储备分数CT成像(FFRCT)值,经受试者工作特征(ROC)曲线分析,心周脂肪体积、FFRCT值预测冠状动脉斑块效能,经Pearson法分析心周脂肪体积与FFRCT的相关性。结果:观察组心周脂肪体积(168.70±38.16)cm^(3),高于对照组的(98.75±21.19)cm^(3),FFRCT值(0.78±0.11)低于对照组的(0.89±0.10),差异有统计学意义(t=16.688、8.041,P<0.05)。观察组有斑块患者89例,无斑块患者21例,有斑块患者心周脂肪体积(176.63±34.15)cm^(3),高于无斑块患者的(133.52±36.85)cm^(3),FFRCT值为0.76±0.10,低于无斑块患者的0.85±0.11,差异有统计学意义(t=4.945、3.815,P<0.05)。经Pearson法分析,心周脂肪体积与FFRCT呈负相关性。经Spearman法分析,冠心病患者有无斑块与心周脂肪体积呈正相关性,与FFRCT呈负相关性。经ROC曲线分析,心周脂肪体积、FFRCT及联合预测冠心病患者斑块的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.777、0.726和0.930。结论:CCTA测量的血流动力学、心周脂肪体积可预测冠状动脉斑块情况,且冠状动脉血流动力学与冠状动脉斑块周围脂肪体积存在一定关系。
刘昊磊寇介丽刘超杨立洲陈德强
关键词:冠状动脉斑块血流动力学
不同品系椰扁甲啮小蜂寄生对2种寄主脂肪体组织的影响
2024年
【目的】探究不同品系椰扁甲啮小蜂(水椰八角铁甲繁育的Tb-On品系,椰心叶甲繁育的Tb-Bl品系)寄生对水椰八角铁甲和椰心叶甲蛹脂滴形态的影响,为解析该蜂调控靶标寄主脂肪体代谢过程提供科学依据。【方法】利用油红O染色观察椰扁甲啮小蜂幼内脂滴以及被寄生的水椰八角铁甲和椰心叶甲蛹脂肪体组织结构的动态变化。【结果】在相同发育时段(在寄主内分别发育至48、72和96 h)内,Tb-On品系与Tb-Bl品系幼脂滴的形态及分布无明显区别,在发育早期仅头部及表皮可见少量脂滴,随着发育时间的延长,脂滴逐渐充满整个幼腔。不同品系椰扁甲啮小蜂分别寄生同一种类寄主时,不同处理寄主间的脂肪体组织结构变化无明显差异;但同一品系椰扁甲啮小蜂寄生不同寄主时,不同处理寄主间的脂肪体组织结构变化存在明显差异,水椰八角铁甲蛹被寄生后24 h脂滴逐步裂解,脂滴的染色面积上升而光密度值下降,而椰心叶甲蛹在被寄生后48 h其内的脂滴才逐步裂解。随着寄生蜂幼的不断发育,2种寄主蛹内脂滴染色面积和光密度值均呈持续下降趋势,脂滴着色逐渐变浅甚至消失。【结论】不同品系椰扁甲啮小蜂幼脂滴的形态及分布在相同发育时段内无明显区别;被同一品系椰扁甲啮小蜂寄生后,水椰八角铁甲蛹脂肪体组织的裂解早于椰心叶甲,裂解出的脂滴可为椰扁甲啮小蜂幼的生长发育提供脂类营养物质来源。
付浪孟娥付婷婷乔婷吴江林林亚平汤宝珍侯有明
关键词:椰心叶甲脂滴寄生幼蜂
腹部脂肪体积预测肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的临床价值
2024年
目的探讨腹部脂肪体积预测肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的临床价值。方法采用回顾性病例对照研究方法。收集2017年12月至2019年10月陆军军医大学第一附属医院收治的132例肿瘤长径≤5 cm肝细胞癌患者的临床病理资料;男110例,女22例;年龄为(51±4)岁。患者均行肝细胞癌切除术;术前均行CT检查,并运用Mimics Research 21.0软件对患者内脏脂肪及皮下脂肪进行定量分析。根据患者术后肿瘤复发时间分为早期复发和非早期复发。观察指标:(1)一致性分析。(2)肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的影响因素分析及预测模型构建。正态分布的计量资料以xˉ±s表示,组间比较采用t检验;偏态分布的计量资料以M(Q_(1),Q_(3))或M(范围)表示,组间比较采用非参数Mann-WhitneyU检验。计数资料以绝对数表示,组间比较采用χ2检验或Fisher确切概率法。一致性采用组内相关系数(ICC)检验。多因素分析采用二元Logistic回归模型前进法。筛查影响肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的独立危险因素,运用受试者工作特征曲线下面积,选择最佳截断值划分复发高风险和低风险。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线并计算生存时间,Log-Rank检验进行生存分析。结果 (1)一致性分析。2名放射科医师测量腹部脂肪参数内脏脂肪体积(VFV)、皮下脂肪体积、内脏脂肪面积、皮下脂肪面积,一致性ICC分别为0.84、1.00、0.86、0.94。(2)肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的影响因素分析及预测模型构建。132例患者术后均获得随访,随访时间为662(292~1 111)d,随访期间非早期复发52例,早期复发80例。多因素分析结果显示:VFV是肝细胞癌切除术后肿瘤早期复发的独立影响因素(优势比=4.07,95%可信区间为2.27~7.27,P<0.05)。以VFV计算受试者工作特征曲线下面积为0.78(95%可信区间为0.70~0.85),灵敏度、特异度分别为72.2%、77.4%。VFV最佳截断值为1.255 dm3,13
左国娇裴咪吴宗乾陈凤喜成杰李依蔓刘晨王兴田孔雪娟陈林尹晓勤饶宏昀陈伟蔡萍李晓明
关键词:肝肿瘤早期复发内脏脂肪
左房心外膜脂肪体积及密度对心房颤动冷冻球囊消融术后复发的影响
2024年
目的探讨左房(LA)心外膜脂肪组织(EAT)积及密度对心房颤动(简称房颤)冷冻球囊消融(CBA)术后复发的影响。方法随访59例房颤CBA术前接受心脏CT血管造影(CCTA)的患者,房颤复发为随访终点,最终纳入52例患者(复发16例,无复发36例)。通过CCTA定量测量LA积、EAT积、LA-EAT积及LA-EAT密度,比较两组患者的差异。结果16例(30.77%)患者CBA术后出现房颤复发。与无复发组相比,复发组重指数(BMI)更大[(25.74±2.97)kg/m~2 vs(23.99±2.38)kg/m~2,P=0.044],LA积更大[(163.00±47.70)cm~3 vs(122.70±30.96)cm~3,P=0.001],LA-EAT积更大[(22.18±6.67)cm~3 vs(17.70±3.37)cm~3,P=0.025],LA-EAT密度更高[(-74.73±5.67)HU vs(-79.80±5.78)HU,P=0.005]。Pearson相关分析显示,BMI与EAT积、BMI与LA-EAT积之间存在弱但显著的相关性(r=0.343,P=0.013;r=0.338,P=0.014)。Kaplan-Meier分析显示,LA-EAT积较大(>17.73 cm~3)及LA-EAT密度较高(>-80.81 HU)的患者有着更高的术后房颤复发率(Log-rank,P=0.020;P=0.022)。结论CBA术后复发组与无复发组相比,LA积及LA-EAT积更大,LA-EAT密度更高。
任心畅林伟陈芳木炳武易琥珀
关键词:心房颤动心外膜脂肪组织
心外膜脂肪体积与急性心肌梗死血运重建术后左心房时相功能的相关性研究
目的:急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)患者在接受经皮冠状动脉介入术(Percutaneous coronary intervention,PCI)后仍会有左心室舒张和收缩功能...
郑恒
关键词:心外膜脂肪急性心肌梗死
黑腹果蝇肠道富集脂肪体的机制解析
脂肪体(Fat body)是动物储能以及供能的组织,在维持和满足各种生命活动中发挥重要作用。脂肪体相当于人类肝脏,是贮存脂肪的重要场所。在人类中,脂肪过度堆积会引起肥胖、增加健康风险,表现在与肥胖相关的代谢疾病的发病率增...
付艺杰
关键词:肥胖症脂肪体肠道组织细胞谱系
果蝇脂肪体中Piwi影响生长发育的新功能鉴定
2023年
Piwi(P-element induced wimpy testis)是一类与生殖相关的蛋白,主要在生殖系统中表达,对生殖细胞的形成和维持DNA的完整性及稳定性十分重要,但其在其他器官和组织中的功能尚不清楚。文章利用模式生物果蝇进行研究,发现降低Piwi在脂肪体中的表达导致果蝇的羽化率、生长周期和寿命出现问题,并且脂肪体的功能受到严重影响,说明脂肪体内表达的Piwi蛋白对于果蝇生长发育是必须的。进一步的研究表明,在脂肪体细胞内敲低Piwi基因引起活性氧(reactive oxygen species,ROS)的大量产生,干扰脂肪体细胞的储存功能,进而影响果蝇的生长发育。该研究为鉴定Piwi在脂肪体的新功能提供了新思路,并且对相关疾病的治疗具有重要价值。
李广莹肖桂然吴磊闫永平纪晓雯金礼
关键词:果蝇脂肪体
一种脂肪体及其在检测ATGL酶活性中的应用
本发明公开了一种脂肪体及其在检测ATGL酶活性中的应用。通过涡旋混合甘油三酯和磷脂,使用两步法纯化,制备出由甘油三酯核心和单层磷脂膜构成的脂肪体;磷脂由DOPC、PI和DOPE组成。同时发现脂肪体如下用途:检测ATG...
刘平生马学婧支泽仑周畅

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夏庆友
作品数:543被引量:1,217H指数:19
供职机构:西南大学
研究主题:家蚕 基因 丝胶 转基因家蚕 蚕丝
刘平生
作品数:28被引量:77H指数:4
供职机构:中国科学院生物物理研究所
研究主题:脂滴 脂肪体 磷脂膜 MLD 氨基酸残基
秦启联
作品数:132被引量:438H指数:13
供职机构:中国科学院动物研究所
研究主题:杆状病毒 中红侧沟茧蜂 昆虫 冬虫夏草菌 寄生蜂
张寰
作品数:72被引量:128H指数:7
供职机构:中国科学院动物研究所
研究主题:杆状病毒 冬虫夏草菌 细胞系 杆状病毒杀虫剂 脂肪体
李瑄
作品数:58被引量:172H指数:8
供职机构:中国科学院动物研究所
研究主题:杆状病毒 昆虫 冬虫夏草菌 杆状病毒杀虫剂 细胞系