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蛋白序列分析方法、装置、设备、介质和产品: 本发明实施例公开了一种蛋白序列分析方法、装置、设备、介质和产品，其中，方法包括：将待分析蛋白序列集合中的每个蛋白序列对应的蛋白序列向量输入到经过预训练的物理场刺激响应功能预测模型中，得到每个蛋白序列是否具有响应预设物理刺...; 田裕涛焦玉华高志伟李健林

优质强筋春小麦种质筛选及高分子量谷蛋白序列分析: 2024年; 小麦是重要的口粮作物,加工品质的遗传改良是小麦育种的重要目标之一。为了丰富小麦加工品质育种的基因资源,本研究在收集的种质资源中筛选出农艺性状优良的SG-1、SG-2和SG-3,并对其进行加工品质分析和籽粒储藏蛋白组成分析,并评估它们在育种上的利用价值和方式,使用SDS-PAGE、A-PAGE、高分子量谷蛋白亚基编码基因测序、SDS沉降值分析等技术,对这些小麦品种的籽粒储藏蛋白亚基组成进行分析。研究发现,SG-1携带非优质的高分子量谷蛋白亚基Dx2+Dy12,而SG-2和SG-3携带优质的高分子量谷蛋白亚基Dx5+Dy10。在醇溶蛋白方面,3份资源都检测到了γ-1型醇溶蛋白,但只有SG-3检测到了γ-2型醇溶蛋白。加工品质分析显示,SG-1的加工品质优于天津推广的优质强筋春小麦品种津强6号。高分子量谷蛋白亚基序列分析发现,SG-1和SG-3在By8亚基存在序列变异,表明尽管它们在SDS-PAGE水平上亚基类型一致,但在DNA序列上仍然存在变异。本研究结果初步解释了携带优质亚基的小麦品种在加工品质上表现不佳的原因可能是DNA序列存在差异。同时,研究人员还发现携带非优质亚基但具有优良加工品质的SG-1,说明SG-1可能存在其他能够提升小麦加工品质的机制。本研究拓宽了小麦加工品质育种的基因资源,并为加工品质形成机制的解析提供了新的资源和理论依据。; 刘颖刘泮旭潘萍萍张家宁刘丹袁卉馥; 关键词：小麦高分子量谷蛋白醇溶蛋白

意大利蜜蜂防御素-2蛋白序列分析及表达特性研究: 2024年; 【目的】对意大利蜜蜂(Apis mellifera)防御素-2蛋白(Defensin-2,Def-2)进行蛋白序列分析和表达特性研究,以期为意大利蜜蜂防御素基因的免疫防御机制、发育和代谢途径研究提供理论基础。【方法】利用生物信息学在线网站及软件对Def-2蛋白进行预测分析,并采用实时荧光定量PCR对意大利蜜蜂不同发育时期(幼虫期、蛹期及1、5、10、15、20、25和30 d成年期工蜂)的基因相对表达量进行检测分析。【结果】意大利蜜蜂防御素-2基因(Def-2)编码104个氨基酸残基,相对分子量为11858.90 Da,理论等电点(pI)为8.54,为两性不稳定蛋白。该蛋白N-末端有一段含21个氨基酸的信号肽,存在1个跨膜结构域,亚细胞主要定位于内质网、液泡和高尔基体,无糖基化位点,存在15个磷酸化位点,其二级结构以无规卷曲(54.81%)为主、延伸链(28.85%)分布较多,α-螺旋(16.35%)分布较少,蛋白序列高度保守,与Def-1、GB44032-PA、Dl-2、Imd等蛋白存在基因互作关系,具有防御蛋白样结构域(DEFL),结构域采用以半胱氨酸稳定的α/β支架为特征的结构,亲缘关系与小蜜蜂极为相近。Def-2基因在意大利蜜蜂不同发育时期的表达水平存在差异且随日龄增大而升高,30 d的相对表达量显著高于其他日龄(P<0.05)。【结论】意大利蜜蜂Def-2蛋白属于两性不稳定蛋白,参与细胞间信号传输并维持细胞正常形态;蛋白序列高度保守,亲缘关系与小蜜蜂最近,且该基因在30 d成年期工蜂中高丰度表达,推测其可能调节免疫基因转运而影响蜜蜂的免疫识别过程。; 邓晓银于点点王珏张旭凤郭媛郭丽娜; 关键词：意大利蜜蜂实时荧光定量PCR

一株盐单胞菌属(Halomonas)细菌趋化因子受体基因挖掘及相关蛋白序列分析: 2024年; 为了解一株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性盐单胞菌(Halomonas sp.)7T的趋化性,采用毛细管法研究其趋化行为,并基于全基因组数据,利用KEGG Pathway分析其趋化信号通路,通过与同源物种比对分析趋化因子受体种类,进一步挖掘甲基受体趋化蛋白(methyl-accepting chemotaxis proteins,MCPs)序列,再结合MeMe数据库和TMHMM分析MCPs结构。结果表明:Halomonas sp.7T具备趋化行为,其全基因组含有完整趋化信号通路,共有22个基因编码MCPs,涵盖5种常见趋化因子受体;22个MCPs均含有信号转导结构域,其中,19个含有跨膜结构域,3个不含跨膜结构域;基于信号转导结构域内七肽单位保守序列和存在的对称插入缺失对这22个MCPs进行分类,发现17个为36H型,1个为40H型,其余4个与已知分类均不匹配;跨膜结构分布特征和疏水性分析发现,这22个MCPs中有20个符合拓扑结构,其中ClassⅠ型、ClassⅡ型、ClassⅢ型、ClassⅣ型分别为10、4、3、3个,另有2个MCPs不符合拓扑结构。研究表明,长牡蛎致病性盐单胞菌7T具备趋化性,其基因组存在完整趋化信号通路,有22个基因编码MCPs,这些MCPs具有独特的结构,可能参与介导与细菌生存和环境胁迫响应相关的趋化行为。; 徐爽李晨姜嘉琳谢晓晨王博霍忠明方蕾; 关键词：盐单胞菌趋化性长牡蛎

9株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113基因克隆及蛋白序列分析: 2022年; [目的]克隆绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113基因,比对、分析不同菌株P113蛋白序列,为研究绵羊肺炎支原体P113蛋白的生物学功能提供参考。[方法]设计绵羊肺炎支原体P113基因特异性引物,采用PCR方法扩增9株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株的P113基因片段;对获得的9株绵羊肺炎支原体P113基因片段进行测序分析,将DNA序列翻译为氨基酸序列,对不同菌株的P113氨基酸序列进行比对。[结果]不同分离株P113基因片段扩增产物大小不同。氨基酸序列分析显示,C末端序列重复区域长度存在差异,以KKAEGA(S)QNQG为主要重复序列单元。不同菌株重复序列单元数量不同,NM01-MO株和CK-MO株的重复序列单元数量最多,为16个;LK-MO株重复序列单元数量最少,为3个;多数菌株之间重复序列单元数量差异较大。[结论]绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113氨基酸序列的C末端重复序列单元数量不同,这些不同数量的重复序列影响P113蛋白结构,进而可能影响其生物学功能。; 戴伶俐王娜白帆张帆宋越张月梅达来宝力格李晓艳王根云赵世华; 关键词：绵羊肺炎支原体生物学功能

柔嫩艾美耳球虫微线4N端蛋白序列分析与真核表达被引量：1: 2021年; [目的]为了获得重组柔嫩艾美耳球虫微线4N端蛋白。[方法]根据Genebank设计柔嫩艾美耳球虫微线4N端基因特异引物,RT-PCR扩增该基因,经Blast与Genebank公布的该基因比对,而后构建该蛋白的真核表达载体pPICZαA/EtMIC4N,用毕赤酵母表达系统小规模表达该蛋白,利用SDS-PAGE和Western Blot对表达的蛋白鉴定,再以摇瓶的方式进行大规模表达。[结果]RT-PCR扩增获得柔嫩艾美耳球虫微线4N端基因序列,大小为773 bp,经比较,与目的基因开放阅读框相似度99.5%,其中有4个碱基发生突变,1个gap。PCR证实成功构建真核表达载体,电转后的毕赤酵母用甲醇诱导表达,SDS-PAGE和Western Blot发现在上清中有45 kD的条带,说明成功表达该蛋白,且该表达系统可持续获得较高纯度的目的蛋白,以摇瓶的方式进行大规模表达,每升能够纯化到约10 mg的目的蛋白。[结论]毕赤酵母成功表达重组柔嫩艾美耳球虫微线4N端蛋白,为该蛋白免疫原性的研究奠定基础。; 王黎霞张鹏张建军安健; 关键词：柔嫩艾美耳球虫毕赤酵母真核表达

两种荞麦脂质转运蛋白序列分析及功能比较研究: 脂质转运蛋白（lipid transfer proteins,LTPs）是植物界中大量存在的小分子碱性蛋白，占可溶性蛋白的4%，在大多数组织中都有表达。LTPs具有独特的一级和二级结构，包括八个半胱氨酸，四个稳定的二硫键...; 田文华; 关键词：抑菌活性; 文献传递

以色列急性麻痹病毒LN株VP2蛋白序列分析及B淋巴细胞抗原表位预测: 2021年; 为分析以色列急性麻痹病毒(Israeli acute paralysis virus, IAPV)LN株VP2蛋白的序列并预测B淋巴细胞抗原表位,试验以IAPV-LN株RNA为模板,采用RT-PCR扩增VP2基因,通过BLAST序列比对获得IAPV-LN株VP2基因的核苷酸序列,并推导氨基酸序列,建立VP2蛋白的3D模型;用DNAStar软件中的Protean模块综合分析VP2蛋白的亲水性、柔性区域、表面可能性和抗原表位等。结果表明:IAPV-LN株VP2基因序列长度为810 bp,编辑了270个氨基酸,其与GenBank中公布的IAPV-BJ株(GenBank登录号为KX421583.1)核苷酸序列同源性为99%,氨基酸序列同源性为99%;与IAPV-BJ2(GenBank登录号为MG599488.1)株核苷酸序列同源性为98%,氨基酸序列同源性为99%。该蛋白是亲水性蛋白质,柔性区域和表面可能性区域较多;IAPV-LN株VP2蛋白空间构象比较规则,其可能形成抗原表位的区域是14~22,167~175,239~246位氨基酸处。; 刘晓轩吴帆石骁霄田杰张吉吉包嘉泰王雪玲李明孙莉; 关键词：VP2蛋白

Ensifer alkalisoli YIC4027趋化受体基因的比较及相关蛋白序列分析被引量：1: 2021年; 【目的】田菁共生根瘤菌Ensifer alkalisoli YIC4027是从宿主植物田菁的根瘤中分离出来的一株新型高效的固氮菌。本研究对E.alkalisoli的趋化受体基因与其他研究透彻的物种进行比较以及相关蛋白分析。【方法】利用NCBI的BLAST对E.alkalisoli趋化受体基因进行序列相似性搜索。以Pfam数据库为基础,用HMMR3对甲基化趋化受体蛋白(MCP)进行比较分析。【结果】E.alkalisoli有2个趋化基因簇,共有13个MCP,含有不同的信号传感结构。此外,这些MCPs的胞质结构域除了一个是由40个七肽重复序列组成,其余都是由36个七肽重复序列组成。【结论】尽管E.alkalisoli的趋化受体与已被广泛研究的物种的趋化受体具有较高的相似性,但仍显示出其特性。通过基因的比对以及相关蛋白的分析,我们能够更好地理解E.alkalisoli是如何通过趋化系统来响应外界变化的。; 王艺璇党消消董小燕骆永明解志红; 关键词：趋化性 MCP

烟草甲对不同波长光源的趋性及视蛋白序列分析被引量：1: 2021年; 为明确烟草甲(Lasioderma serricorne)的趋光行为特性,通过室内和实仓诱捕试验比较了烟草甲对不同波长光源诱虫灯的趋性差异,并通过转录组测序鉴定了烟草甲视蛋白基因序列。结果表明,烟草甲对不同波长光源的趋性存在差异。烟草甲对400~405 nm波长光源的趋性最强,对600~605 nm波长的趋性次之。实仓诱捕试验结果表明,400 nm波长的诱虫灯对烟草甲的诱集数量显著高于380 nm的诱虫灯。烟草甲有两个与敏感光吸收相关的视蛋白,分别为UV和LW视蛋白,且烟草甲对400~405 nm和600~605 nm波长的趋光行为与UV和LW视蛋白对波长的敏感范围一致,烟草甲缺失BL视蛋白。因此,400 nm波长的诱虫灯可用于实仓中烟草甲的诱杀防治。; 臧云纪桂霞杨鹏徐蓬军王秀芳邓宁谭菲菲王新伟任广伟; 关键词：烟草甲趋光性诱虫灯

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