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高原肺水肿大鼠肺组织基因表达谱分析: 2024年; 目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组、脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)组、低压低氧(Hypoxia)组和低压低氧复合低剂量LPS(HL)组。LPS组和HL组按照每100 g体质量尾静脉注射0.1 mL浓度为0.05%的LPS溶液,NC组和Hypoxia组给予等量生理盐水;Hypoxia组和HL组进行模拟海拔5000 m低压低氧处理6 h,NC组和LPS组于舱外同时饲养。检测肺组织的湿/干质量比(wet/dry mass ratio,WDR)、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)蛋白含量,HE染色观察肺组织病理改变。提取肺组织总RNA,采用Affymetrix基因芯片检测mRNA表达谱,采用Metascape在线基因注释和分析系统(http://metascape.org)对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路聚类分析。结果HL组大鼠肺组织表现出明显的充血、水肿、肺泡间隔增宽。与NC组比较,HL组大鼠肺WDR显著增加(P<0.01),BALF蛋白含量显著升高(P<0.05)。基因表达检测发现,相对NC组,Hypoxia组有79个基因表达上调,59个基因表达下调,LPS组473个基因表达上调,695个基因表达下调,HL组669个基因表达上调,1253个基因表达下调。GO和KEGG信号通路聚类分析显示:HL组差异表达上调基因主要富集于细胞因子介导的信号通路、对IL-1的反应、炎症反应调节等生物学过程,以及细胞因子-细胞因子受体相互作用、TNF、NF-κB、IL-17、补体和凝血级联反应等信号通路;表达下调的基因主要富集到细胞外基质组织、内皮细胞迁移调控、细胞-基质黏附等生物学过程,以及黏着斑、Wnt、cGMP-PKG、PI3K-Akt、Rap1等信号通路。HL组大鼠肺组织中NF-κB、TNF-α、IL-1β以及IL-6的mRNA; 徐刚吴刚孙滨达刘宝高志奇陈建高钰琪高文祥陈德伟; 关键词：高原肺水肿低氧基因表达谱基因芯片

甘蓝型油菜盐胁迫响应基因表达谱分析及共表达网络的构建: 2024年; 甘蓝型油菜是重要的油料作物,而盐胁迫是影响油菜生长发育的主要环境条件之一,可能会造成油菜减产、品质下降甚至死亡。本研究利用半冬性油菜ZS11作为试验材料,对盐胁迫处理0、0.25、0.5、1、3、6、12和24h的叶片和根系组织进行转录组测序,通过测得的90份RNA-seq数据,获得了油菜响应盐胁迫的高分辨率时间动态转录表达谱。相关性分析发现,样本在盐胁迫处理1 h前后具有明显的早期响应与后期响应的聚类差异。利用DESeq2进行差异基因分析,鉴定出根系以及叶片组织响应差异基因分别为20,462个和29,334个,表明油菜叶片组织的响应程度整体上比根系更剧烈。进一步利用WGCNA分别构建根系以及叶片组织响应盐胁迫的基因共表达网络,从中筛选出与盐胁迫早期响应阶段显著相关的tan和yellow模块,以及与盐胁迫后期响应阶段显著相关的green和red模块,对其进行GO富集分析,并从中分别筛选出早期以及后期响应盐胁迫的核心转录因子41个和26个。功能注释显示4个模块中均存在已知的拟南芥同源基因参与不同阶段的盐胁迫响应,还发现BnWRKY46和BnWRKY57等核心基因在505份盐胁迫处理的油菜群体变异数据中具有丰富的SNPs变异和单倍体类型,表明这些核心转录因子可能是油菜响应盐胁迫的关键候选基因。本研究可为甘蓝型油菜耐盐性改良提供可靠的数据参考和候选基因资源。; 杨闯王玲全成滔余良倩戴成郭亮傅廷栋马朝芝; 关键词：甘蓝型油菜 RNA-SEQ 盐胁迫

用于肠源exo-miRNA表达谱分析的组合物和方法: 本发明涉及结直肠癌血浆肠源外泌体中微小RNA(miRNA)表达谱分析的组合物和方法。特别地，本发明涉及用于诊断结直肠癌、监测癌症治疗和/或治疗结直肠癌的血液分子标记物诊断试剂盒，该试剂盒包括多核酸分子，每种核酸分子编码一...; 王漱阳杨乐梅项建斌娄加陶

小鼠视网膜神经节细胞在视神经损伤后的基因表达谱分析: 2024年; 目的:揭示小鼠视神经损伤后视网膜神经节细胞(RGCs)凋亡的分子机制和潜在的治疗靶点。方法:构建视神经损伤(ONC)小鼠模型,对视网膜组织进行HE染色观察组织病理学改变,并使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测RGCs标志物—具有多重剪接的RNA结合蛋白(Rbpms)的mRNA表达水平;透射电镜(TEM)观察RGCs线粒体损伤情况;采用转录组测序分析ONC 7 d组小鼠的视网膜差异表达基因,并对差异表达基因进行Gene Ontology(GO)功能、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集和韦恩分析,RT-qPCR检测差异基因mRNA表达水平。结果:与正常组相比,ONC 7 d组RGCs数量显著减少,细胞排列疏松不规则,RGCs标志物Rbpms的mRNA表达水平显著降低(P<0.001),ONC小鼠模型构建成功。透射电镜结果表明,ONC 7 d组RGCs的线粒体出现肿胀,嵴消失;转录组测序结果表明,ONC 7 d组与正常组比,存在562个差异表达基因,其中152个基因表达下调和410个基因表达上调。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析表明ONC后差异表达基因主要富集于神经元损伤修复的多个重要信号通路;RT-qPCR结果显示,与正常组相比,与神经元损伤修复相关的基因Ecel1、Atf3、Sprr1a的表达均在损伤后第4天显著上调(均P<0.05),与测序结果一致。结论:ONC小鼠RGCs凋亡与线粒体损伤有关,而神经元损伤修复相关基因Atf3、Ecel1、Sprr1a在视神经损伤的早期参与了小鼠视神经损伤后RGCs的保护。; 彭碧燕梁嘉敏韩可伊王兵玉甘子晖罗丹妮何丽婷朱易黄诗颖郭晓萍施维张俊孙俊铭薛康宁方茜欧阳轶强王春苗张名媛; 关键词：视神经损伤视网膜神经节细胞青光眼

共培养体系中内皮细胞外泌体调控平滑肌细胞表型转化的基因表达谱分析: 2024年; 目的通过建立细胞共培养模型,对其外泌体进行高通量基因测序,初步证实内皮细胞(ECs)外泌体通过差异表达的LncRNA影响平滑肌细胞(SMCs)表型转换。方法原代培养大鼠主动脉ECs,进行形态学观察、免疫荧光鉴定,大鼠主动脉SMCs体外培养扩增,采用Transwell建立两种细胞体外共培养模型,分别为单独培养SMCs组、ECs-SMCs共培养组、ECs-SMCs+GW4869外泌体抑制组。通过Western-Blot比较单独培养SMCs组和ECs-SMCs+GW4B69外泌体抑制组中收缩表型标志蛋白(α-SM actin)、合成表型标志蛋白(Vimentin)的表达,使用外泌体试剂盒分离提取其外泌体,通过透射电镜、纳米粒径分析、Western-Blot进行鉴定。并对外泌体进行高通量基因测序,差异基因表达谱进行生物信息学分析。结果成功分离培养并鉴定出原代主动脉ECs,在Transwell共培养细胞模型中SMCs向收缩表型转化,表现为α-SM actin收缩表型蛋白表达显著升高,Vimentin合成表型标志蛋白逐渐降低。采用试剂盒法成功提取纯化外泌体,鉴定出形态、直径、浓度及标志蛋白CD9、CD63、CD81表达均满意的外泌体,通过对外泌体高通量基因测序及生物信息学分析,筛选出4276个差异表达基因,其中3303个基因呈现上调,973个基因呈现下调。这些差异基因主要分布于细胞核、胞浆、细胞连接结构、囊泡及细胞外基质等区域,在细胞蛋白质的修饰、大分子代谢及氮化合物代谢等多个关键生物学过程中扮演着至关重要的作用。结论采用Transwell法构建ECs-SMCs共培养细胞模型可显著提高SMCs收缩表型蛋白的表达,促进平滑肌细胞向收缩表型转化,其外泌体差异表达基因对SMCs的增殖分化及表型转化产生调控作用。; 康涛李晓强陆耀良韩松; 关键词：内皮细胞平滑肌细胞外泌体表型转化

枯草芽胞杆菌GXHZ16抑制烟草疫霉病菌的表达谱分析: 2024年; 烟草黑胫病由烟草疫霉菌Phytophthora nicotianae侵染引起,是烟草生产上一种分布广泛、为害严重的土传病害。本实验室前期从广西贺州富川烟区健康烟株根际土壤中分离筛选获得一株枯草芽胞杆菌Bacillus subtilis GXHZ16,对峙培养发现该菌株对烟草疫霉菌具有良好的拮抗活性(抑制率65.79%)。为探究菌株GXHZ16对烟草疫霉菌的可能抑制分子机理,本研究分别针对枯草芽胞杆菌GXHZ16与烟草疫霉菌对峙培养36h(处理组)和0h(对照组)的混合样品,采用高通量转录组测序(RNA-Seq)技术结合生物信息学分析对峙培养36 h后枯草芽胞杆菌的基因差异表达谱及所涉及的信号通路变化。结果发现:对峙培养36 h后枯草芽胞杆菌GXHZ16有1607个基因发生了显著差异表达,包括810个上调表达基因和797个下调表达基因;其中筛选获得的显著表达基因特别是上调表达的基因(包括鞭毛装配、细菌趋化性相关基因以及与表面活性素、丰原素和制磷脂菌素合成相关的10个相关基因)可能均涉及枯草芽胞杆菌对烟草疫霉菌的抑制作用。进一步的GO富集分析显示,共有1343个差异表达基因被注释到不同的功能亚类中,涉及差异基因最多的为细胞组分类别中的细胞解剖实体。特别地,KEGG富集分析显示,共有551个差异表达基因归到数百个Pathway中,其中涉及差异表达基因最多的是微生物在不同环境中的代谢途径;其他主要代谢途径有鞭毛装配和淀粉蔗糖代谢等;此外,细菌趋化性通路和单环菌素生物合成通路也高度富集。总之,本研究从转录组水平分析获得了枯草芽胞杆菌(与烟草疫霉对峙培养后)的基因差异表达图谱及相关调控代谢途径;为进一步阐明芽胞杆菌抑制植物病原真菌的生防机制并提高枯草芽胞杆菌的生防效果奠定了基础。; 胡亚杰范啟铃李群岭周效峰丁婷汪章勋吴峰; 关键词：枯草芽胞杆菌差异表达基因

基于抗体的特发性炎性肌病患者外周血基因表达谱分析: 2024年; 目的通过对抗黑色素瘤分化相关基因5(MDA5)抗体阳性和抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者外周血单个核细胞(PBMCs)进行基因表达谱的分析,以阐明特发性炎性肌病亚型的病理生理学机制。方法①用Illumina HT-12 v4表达谱芯片对12例抗MDA5抗体阳性和16例抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者及43名健康对照者的PBMCs进行基因表达谱筛查和分析。应用非配对t检验,经Benjamini-Hochberg校正,选取基因表达信号倍数变化的绝对值≥2且校正P<0.05为差异表达基因。将差异基因集进行基因本体论数据库(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以P<0.05作为显著性富集的阈值。②用实时荧光聚合酶链反应(real time-PCR)对差异表达基因进行验证,采用Kolmogorov-Smirnov检验对连续型变量进行正态性检验,符合正态分布且方差齐性,采用单因素方差分析,不符合正态分布则用Kruskal-Wallis检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果①分析抗MDA5抗体和抗Jo-1抗体阳性患者PBMCs的基因表达谱,发现2种肌炎亚型患者PBMCs的基因表达存在明显差异。抗MDA5抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因为407个,GO功能富集分析主要富集于固有免疫应答(P<0.001)、病毒应答(P<0.001)和干扰素应答(P<0.001)等生物过程,KEGG通路富集分析主要富集于病毒感染相关通路(P<0.001)、视黄酸诱导基因Ⅰ(RIG-Ⅰ)样受体通路(P<0.001)和Toll样受体通路(P=0.002)等。抗MDA5抗体阳性组中特异性下调的259个差异基因,GO功能富集分析主要富集于免疫应答(P=0.006)、TGF-β受体信号通路(P=0.010)和自然杀伤细胞介导的免疫(P=0.015)等生物过程。抗Jo-1抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因有162个,GO功能富集分析主要富集于核小体组装(P<0.001)、细胞增长的负调控(P=0.001)、凋亡负调控(P=0.004)和黏膜固有免疫(P=0.012)等生物过程,KEGG通路富集分析主要富集于代谢�; 李牧原王莉李全贞罗卉张华莉; 关键词：肌炎自身抗体基因表达谱芯片分析技术

不同归经芳香药对流行性感冒小鼠气道黏膜影响及差异基因表达谱分析: 2024年; 目的:研究不同归经的芳香药对流行性感冒(以下简称流感)小鼠的气道黏膜和基因表达谱的差异。方法:40只BALB/c小鼠随机分为空白组、模型组、藿香组及苍术组,每组10只。除空白组外,滴鼻接种FM1病毒制造流感模型,治疗组小鼠分别雾化吸入藿香或苍术,干预5d后处死,留取标本检测。采用HE染色观察肺及气管组织病理形态,ELISA法检测小鼠肺泡灌洗液中分泌型免疫球蛋白A(sIgA)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、干扰素-γ(IFN-γ)和白介素-1β(IL-1β)表达,流式细胞术检测T淋巴细胞亚群,转录组测序分析小鼠肺组织差异基因,生物信息学技术进行可视化展示。结果:藿香组和苍术组均可减轻流感小鼠肺组织炎症病理损伤,与模型组比较,两给药组均可显著升高sIgA表达(P<0.05),显著降低TNF-α、IFN-γ和IL-1β表达(苍术组IL-1β除外)(P<0.01,P<0.05),显著升高CD4^(+)T淋巴细胞及CD4^(+)/CD8^(+)比值和降低CD8^(+)T淋巴细胞水平(P<0.01,P<0.05)。与苍术组比较,藿香组TNF-α、IFN-γ显著降低(P<0.01),气管黏膜CD4^(+)T、CD8^(+)T淋巴细胞均显著升高(P<0.01)。转录组测序得到模型组、藿香组、苍术组的差异基因分别有1103、311、315个。藿香组、苍术组与模型组共同作用的通路不同。对于白介素10通路,藿香组表现出激活作用,模型组表现出抑制作用,MHC、CREB、BMP2为其共同作用于该条通路的分子,且调节趋势相反。对巨噬细胞选择性激活信号通路,苍术组表现出一定的抑制作用,模型组表现出激活作用,IGG、CREB为其作用于该通路的共同分子,且调节趋势相反。结论:归肺经芳香药藿香较其他归经芳香药苍术对流感呼吸道黏膜免疫调节及炎症控制有一定优势,可为中药归经理论提供参考。; 王雪飞张燕韦丽妮王瑞琪鲁瑶施长琪李立; 关键词：归经黏膜免疫基因表达谱

粘虫生物胺受体基因的鉴定及组织表达谱分析: 2024年; 【目的】基于粘虫Mythimna separata成虫脑转录组数据,明确粘虫体内生物胺受体基因的分子特征及组织表达特性,为粘虫生物胺受体基因的功能研究提供基础。【方法】从粘虫成虫脑转录组数据库中筛选生物胺受体基因序列;基于粘虫基因组数据库,对筛选到的生物胺受体进行基因定位;利用最大似然法对鉴定到的生物胺受体进行系统发育分析;利用qRT-PCR检测鉴定到的生物胺受体基因在粘虫雌雄成虫脑、触角、下唇须、翅、足、胸和腹中的表达量。【结果】从粘虫成虫脑转录组数据库中鉴定出17个生物胺受体基因,包括5个多巴胺受体基因、 5个5-羟色胺受体基因、 5个章鱼胺受体基因和2个酪胺受体基因。这17个生物胺受体基因分布于8条染色体上,其中7个受体基因共定位于22号染色体上。鉴定到的粘虫生物胺受体与斜纹夜蛾Spodoptera litura、家蚕Bombyx mori和烟草天蛾Manduca sexta生物胺受体具有较高的同源性。粘虫多巴胺受体基因均在雌雄成虫脑和触角中高表达,其中MsepDop2,MsepDop3-1,MsepDop3-2和MsepDopEcR在雌成虫脑中的表达量显著高于在雄成虫脑中的表达量;章鱼胺受体基因MsepOA1和MsepOA2B2在胸部高表达,且在雌成虫胸部中的表达量显著高于雄成虫胸部中的,MsepOA3和MsepOA2B1-3在嗅觉组织触角和下唇须中也具有较高的表达量,并且表达量具有性别差异;酪胺受体基因在脑和触角中具有较高的表达量,其中MsepTA2在雌成虫腹部中的表达量显著高于雄成虫腹部中的;Msep5-HT1基因在脑部中的表达量显著高于在其他组织中的,Msep5-HT2基因在脑、触角和下唇须中都具有较高的表达量。【结论】本研究获得了粘虫17个生物胺受体基因,明确了其在雌雄成虫不同组织中的表达模式,并发现部分生物胺受体基因在粘虫嗅觉和生殖组织中的表达具有性别差异,这为进一步研究粘虫生物胺受体的生�; 陈淑婷王凯王惠鑫谢桂英赵新成陈文波; 关键词：粘虫系统发育表达谱

绵羊TMEM182基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析: 2024年; 【目的】本试验旨在克隆绵羊TMEM182基因编码区(CDS)全长序列,并通过在线软件分析TMEM182基因结构和表达蛋白序列,以探究其在绵羊各部位组织中表达水平的变化。【方法】从绵羊尾部脂肪组织中克隆获得TMEM182基因,利用在线生物学信息软件对TMEM182蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、糖基化位点、信号肽、二级结构、三级结构和蛋白互作等进行预测分析。同时,采用实时荧光定量PCR方法检测TMEM182基因在绵羊13个组织中的相对表达量,这些组织包括大脑、小脑、心、肾、脾、肝、肺、皮肤、卵巢、尾部脂肪、皮下脂肪、肾周脂肪和肌肉。【结果】绵羊TMEM182基因CDS区全长序列为690bp,编码229个氨基酸,TMEM182基因序列在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学预测分析显示,TMEM182属于稳定的疏水性蛋白,具有跨膜结构,无信号肽,具有3个N-糖基化位点,其蛋白二级结构主要由无规则卷曲(38.43%)和2α螺旋(30.57%)组成,而延伸链(24.89%)和β转角(6.11%)的占比相对较少,三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。实时荧光定量PCR结果显示,TMEM182基因在肌肉、心和脂肪中表达量显著高于肝、肾、大脑、小脑、皮肤等其它部位组织(P<0.05)。【结论】成功克隆了绵羊TMEM182基因的CDS区片段,分析了该基因在绵羊肌肉组织和脂肪组织中特异性表达。这些研究结果为进一步探究TMEM182基因在绵羊肌肉生长发育和脂肪沉积过程中的分子作用机制提供了理论依据。; 刘璇李婧平马海叶张倩雯王嘉俊李忠慧李文蓉; 关键词：基因克隆组织表达分析生物信息学分析

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