公共文化服务平台

搜索到7091篇“ 进化分析“的相关文章

药用植物两面针叶绿体基因组特征及系统进化分析: 2025年; 为明确两面针叶绿体基因组的结构组成及其系统进化关系,研究花椒属物种遗传多样性、分子育种及野生种质资源开发利用,以两面针叶片为材料,利用改良CTAB法提取两面针叶片总DNA,基于BGISeq-500平台进行高通量测序,采用SPAdes v3.13.0软件及GeSeq软件进行叶绿体基因组组装和注释,并对叶绿体基因组结构特征、重复序列、边界收缩与扩张、序列变异进行分析,ML和BI法构建系统发育关系。结果发现,两面针叶绿体基因组全长157304 bp,包括1个大单拷贝区(Large single copy,LSC)84368 bp,1个小单拷贝区(Small single copy,SSC)17634 bp以及2个反向重复区(Inverted repeat region,IR)27651 bp;两面针叶绿体基因组总GC含量为38.5%,共编码132个基因,包括87个蛋白质编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因;两面针的叶绿体基因组RSCU>1的密码子共32个,其中以A/U结尾的密码子占总数的90.6%,有较强的A/U碱基偏好性;基因组比较分析表明,花椒属植物的IR边界高度保守,核苷酸多样性较高区域有8个;共检测到188个简单重复序列(SSR),其中绝大多数为单核苷酸重复序列。系统发育分析结果表明,花椒属为单系类群,两面针与胡椒木亲缘关系最近。叶绿体基因组数据是花椒属系统进化分析的理想标记,丰富了花椒属物种的遗传信息。; 刘涵孙冲肖佳林黄勤琴刘华敏黄威黄姗刘霞; 关键词：叶绿体基因组系统进化两面针

1株多毒株重组PRRSV的分离鉴定与遗传进化分析: 2025年; 为了分析猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)遗传变异特性,本试验对来自山西省某猪场疑似感染PRRSV的母猪血清和仔猪肺脏组织样品进行PRRSV实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)检测,阳性肺脏组织样品研磨液接种于猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释法纯化后用间接免疫荧光(IFA)鉴定,利用逆转录PCR(RT-PCR)分段扩增分离毒株全基因组序列,并用分子生物学软件进行开放阅读框5(ORF5)基因和全基因组的同源性和遗传进化分析、非结构蛋白2(Nsp2)氨基酸特征及全基因组序列的重组分析。结果显示,qRT-PCR检测样品总阳性率为80%(16/20),从PRRSV阳性仔猪肺脏组织中分离获得1株PRRSV,命名为SXZY202301;分离毒株基因组全长15 021 bp,与NADC30毒株的核苷酸同源性达到90.4%,在遗传进化树中处于同一分支,属于Sublineage 1.8;ORF5基因与IA/2014/NADC34毒株的ORF5基因高度相似,同源性达到了95.1%,在遗传进化树中处于同一分支,属于Sublineage 1.5;分离毒株与类NADC30毒株Nsp2氨基酸序列具有相同的131个氨基酸缺失的典型特征;重组分析结果显示,SXZY202301存在6个重组位点,是以类NADC30毒株为主要亲本,以JXA1毒株和类NADC34毒株为次要亲本的多毒株重组类毒株。本试验为进一步研究PRRSV的重组和演化提供参考。; 元娜邵明珠吕凤霞窦丽娜李向清赵宝凯董世山; 关键词：测序分析遗传进化

湖北省3例婴幼儿病例中人肠道致细胞病变孤儿病毒30型的遗传进化分析: 2025年; 湖北省3例婴幼儿病例的咽拭子样本经鉴定均为肠道病毒;年龄均为1月龄;发病时间均为6月龄,均为散发型病例,无明确流行病学关联。VP1基因扩增分析结果显示,3例婴幼儿病例均感染了埃可病毒30型(ECHO30),3例样本分离得到的ECHO30湖北株均归类于H基因亚型的ClusterⅢ簇。全基因组扩增分析结果显示,ECHO30湖北株与GenBank中的ECHO30/MW586892/Ashburton/17WQ2027G/USA/2017-08-20同源性最高,核苷酸与氨基酸同源性分别为97.6%和99.3%。重组分析结果显示,ECHO30湖北株在非结构蛋白区存在重组,重组片段可能来自ECHO30/KY888274/14-397/Germany/2013和ECHO18株Echo18/MN815811/BJ2018-S6363/Beijing/2018。本研究对湖北省流行的ECHO30毒株遗传进化进行了深入分析,能够为预防ECHO30感染提供基础数据。; 周康平胡兵潘锴蔡昆; 关键词：埃可病毒30型全基因组

鸡传染性喉气管炎病毒分离鉴定及遗传进化分析: 2025年; 荆州某鸡场出现了疑似鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)感染,为确定该病病因,用PCR初步检测鸡传染性喉气管炎病毒为阳性;将阳性病料经处理后接种于SPF鸡胚绒毛尿囊膜,传至5代,收集出现痘斑和增厚的绒毛尿囊膜及尿囊液,对其进行PCR检测、病毒滴度测定及动物回归试验。确定分离到1株ILTV毒株,命名为JZCD202302株。参照GenBank公布的鸡传染性喉气管炎病毒WG株设计了gB、gC、gD、gE、gK、TK基因特异性引物,用MEGA6.0软件绘制了遗传进化树。gB-gC-gD-gE-gK-TK串联进化树分析结果显示,该毒株与澳大利亚疫苗相关野外重组流行毒株7b、ACC78、CL9和实验室疫苗重组株ILTV.157/19亲缘关系最近。; 袁辉刘丹刘敏吴琼李凌丹宾晨李伟李国攀陈红心周启立熊涛; 关键词：鸡传染性喉气管炎病毒

云南省西双版纳地区茶花鸡后口吸虫的鉴定与遗传进化分析: 2025年; 为确定云南省西双版纳地区茶花鸡盲肠分离到的吸虫种类及遗传进化关系,对高校实践课程中发现的茶花鸡盲肠吸虫进行形态学鉴定、PCR扩增测序、序列同源性分析及遗传进化分析。结果显示:吸虫虫体和虫卵形态结构均符合鸡后口吸虫特征;虫体ITS2序列与鸡后口吸虫(MH915391.1)相似性为99.26%,虫体COX1序列与鸡后口吸虫(NC_044643.1)相似性为98.99%;分离的吸虫与鸡后口吸虫聚于同一个分支。结果表明,西双版纳地区传入了鸡后口吸虫。提示未来应加强本地区禽群中的鸡后口吸虫监测和定期驱虫。; 唐玲朱劼垚侯明鹏张绍云李书宁闫晓霞魏炜李布宾刘孝刚; 关键词：分子鉴定遗传进化分析

鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析: 2025年; 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。; 安乐乐刘倩芸蓝秋菊罗迅赵永清; 关键词：遗传进化分析

青海海北地区牦牛病毒性腹泻病毒流行病学调查及5′-UTR遗传进化分析: 2025年; 【目的】了解青海省海北地区牦牛群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及遗传学分子特征。【方法】对采集自青海海北地区的148份腹泻牦牛粪便样品提取病毒RNA并反转录合成cDNA,以其为模板扩增BVDV 5′-UTR保守区域,建立特异性检测牦牛BVDV的实时荧光定量PCR方法,并以该方法对青海海北地区牦牛养殖场BVDV感染情况进行检测。选取4份BVDV阳性样品,对BVDV 5′-UTR区域序列进行PCR扩增和测序,与NCBI中不同亚型BVDV以及同属病毒毒株进行相似性比对,并基于BVDV 5′-UTR区域进行遗传进化分析。【结果】本研究基于BVDV 5′-UTR成功建立实时荧光定量PCR检测方法,标准曲线相关系数(R^(2))为0.997,标准品浓度为2.69×10^(2)~2.69×10^(9)拷贝/μL时具有良好的线性关系,最小检出限为2.69×10^(2)拷贝/μL。重复性试验结果显示,变异系数均<1.7%,具有良好的重复性和稳定性。采用建立的实时荧光定量PCR方法对青海省海北地区门源县、祁连县、海晏县和湟源县的腹泻牦牛粪便样品进行检测,结果显示,BVDV阳性率分别为45.00%、36.00%、30.77%和29.00%。BVDV 5′-UTR序列比对结果显示,分离获得的4株牦牛源BVDV与伊朗、美国的BVDV-1a亚型毒株聚集在同一个独立分支,核苷酸序列相似性为76.6%~99.7%。【结论】本研究明确了BVDV-1a型是导致青海省海北地区牦牛腹泻的重要病原之一,为该地区牦牛养殖场及时、有效地采取防控措施提供了科学依据,同时丰富了当地BVDV的分子流行病学调查数据,为该地区牛病毒性腹泻病的防控及疫苗研发提供了理论基础。; 林伟山马豆豆雷萌桐魏斌李国才王光华王光华简莹娜李秀萍; 关键词：牦牛实时荧光定量PCR 遗传进化分析

谱系1和8重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定与遗传进化分析: 2025年; 2023年从广西疑似发生猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪场的病猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,将其命名为GXWZ20230831。采用RT-PCR扩增其全基因组序列并测序,分析遗传进化特点。结果显示,GXWZ20230831能够在Marc-145细胞上增殖,且产生明显的细胞病变;该毒株全基因组长度为15019个核苷酸(nt),与基因2型PRRSV谱系1 NADC30-like毒株的同源性最高,为94.0%,与基因1型PRRSV代表毒株Lelystad virus同源性最低,仅为60.0%;通过Nsp2氨基酸序列比对,结果发现GXWZ20230831存在NADC30-like典型的131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失模式;与美洲型代表株VR2332相比,GXWZ20230831的GP5蛋白在非中和抗原表位发生了V27A、V185A以及R191K 3处突变,同时在GP5蛋白中存在4个潜在的N-糖基化位点;构建的全基因组序列、nsp2基因、ORF5基因遗传进化树均显示该毒株处于谱系1的分支;重组分析表明,GXWZ20230831是1株以谱系1经典毒株NADC30为骨架,谱系8毒株提供重组片段的重组毒株,重组断点位于基因组的nsp1(458-1821 nt)和Nsp4(5405-8179 nt)中。研究结果可为掌握广西地区的PRRSV遗传变异规律提供参考,为制定防控措施提供科学依据。; 邹舟黎颖韦莹莹刘惠僮韦祖樟; 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化分析

吉林省PCV3野毒株遗传进化分析及其Cap蛋白对巨噬细胞自噬的影响: 2025年; 为了探究吉林省PCV3野毒株的起源及其衣壳蛋白(Cap蛋白)是否可以引起巨噬细胞自噬,对10株吉林省PCV3野毒株(JL-1~10)全基因组序列进行遗传进化分析,并通过Western blot和qPCR检测Cap蛋白转染巨噬细胞后其自噬相关基因和蛋白表达量的变化。结果显示:所有PCV3参考毒株与2018年在日本发现的蝙蝠圆环病毒株LC456718均在524~598 nt位置发生重组,但在JL-1~10中并未观察到该重组现象;JL-1~10与其他宿主来源圆环病毒在不同的分支中聚集;ORF1与其他圆环病毒基因组表现出明显的保守性,但ORF2没有表现出明显的保守性;JL-10和JL-5最近的共同祖先株起源时间为1978年,其他8株的共同祖先株起源时间为1979年;Cap蛋白转染巨噬细胞后,LC3-II表达量增加,p62表达量减少;Beclin-1和LC3蛋白基因转录水平极显著升高(P<0.01),Atg7的转录水平显著升高(P<0.05)。结果表明:10株吉林省PCV3野毒株大约起源于40年前(依据参考毒株年份推断),与其他宿主来源圆环病毒的起源不同;Cap蛋白可以促进巨噬细胞自噬,引起自噬相关基因转录水平的升高。; 闫佳慧韩建男孙浩李文龙苗丽娟刘东旭; 关键词：进化分析自噬 CAP蛋白

河北省部分地区太行鸡禽白血病病毒(ALV)的流行病学调查及其遗传进化分析: 2025年; 为了解河北省部分地区太行鸡群中流行的禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)亚群及其遗传进化特征,试验于2022年7月份—2023年3月份采集河北省保定市、石家庄市10个养殖场太行鸡肝脏和脾脏组织的混合样本97份,采用RT-PCR方法分别检测样本中ALV-A、ALV-B、ALV-J、ALV-K,并采用DNASTAR、MegAlign等分子生物学软件对检出的部分毒株(随机选取)的env基因测序结果进行遗传进化分析。结果表明:组织病料样本中,ALV总检出率为60.8%(59/97);其中ALV-A、ALV-B检出率均为0(0/97),ALV-J检出率为19.6%(19/97),ALV-K检出率为55.7%(54/97),ALV-J与ALV-K的混合检出率为14.4%(14/97)。选取的9株ALV-J env基因之间的核苷酸和氨基酸相似性分别为92.5%~100%和88.1%~100%。选取的9株ALV-J与15株ALV参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸相似性分别为59.7%~97.6%和51.0%~97.4%;其中与ALV-J参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸的相似性较高,分别为84.0%~97.6%和84.9%~97.4%;与ALV-J原型株HPRS103的核苷酸和氨基酸相似性分别为93.0%~95.4%和88.8%~94.7%;与ALV-A、ALV-B、ALV-C、ALV-D、ALV-E、ALV-K参考毒株的核苷酸和氨基酸相似性较低。与ALV-J原型株HPRS103相比,选取的9株ALV-J存在28处突变位点和1处缺失位点。选取的20株ALV-K env基因之间的核苷酸和氨基酸相似性分别为96.0%~99.7%和94.0%~99.2%;选取的20株ALV-K与11株ALV参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸相似性分别为51.7%~99.7%和38.8%~99.2%;其中与ALV-K参考毒株env基因的核苷酸和氨基酸的相似性较高,分别为93.0%~99.7%和91.9%~99.2%;与ALV-K原型株JS11C1的核苷酸和氨基酸相似性分别为94.9%~97.7%和94.2%~98.5%;与ALV-A、ALV-B、ALV-C、ALV-D、ALV-E、ALV-J参考毒株的核苷酸和氨基酸相似性较低。与ALV-K原型株JS11C1相比,选取的20株ALV-K存在61处突变位点。说明河北省部分地区太行鸡群存在ALV的感染,ALV-J和ALV-K为主要流行的ALV亚群,其env基因变异较大�; 鲍佳茵杨柳潘保革潘保革王珏王学静王学静刘华格陈立功; 关键词：禽白血病禽白血病病毒流行病学调查遗传进化分析

加载更多 ∨

相关作者

用户反馈

相关作者

用户登录

用户反馈