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5′UTR在植物基因表达调控中的功能研究进展
2024年
植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻译效率。本文对植物5′UTR中涉及的各种调控元件及二级结构的作用机制进行了总结归纳,期望较为全面展示植物5′UTR的结构和功能,并为研究植物5′UTR的调控机制提供参考。
徐志民鄢梦雨兰海燕
关键词:内含子基因表达调控
在大肠杆菌体内外调控一致的5′-UTR序列挖掘
2024年
基因元件的标准化和模块化为日益复杂的遗传系统改造设计提供了参考。目的:通过探究5′-非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)在大肠杆菌体内外对翻译起始调控的一致性,挖掘通用型5′-UTR序列为模块化工程增添具有良好特征的遗传元件。方法:构建包含25 nt的5′-UTR随机文库化转至大肠杆菌中,通过测量样品荧光值(Flu)和OD600来量化其体内的相对活性值;利用大肠杆菌BL21 Star(DE3)细胞抽提物进行体外蛋白质表达,通过测定样品Flu来量化体外的相对活性值;依据5′-UTR的碱基分布、最小自由能等对文库序列特征进行分析;将得到的体内外真实活性值进行相关性分析并计算皮尔逊相关系数。结果:成功构建的554个5′-UTR变体文库在体内外蛋白质表达系统中表现出中等相关性(Pearson’r=0.64);其中,相对活性值高的5′-UTR序列富含AG,并且其在体内外均呈现自身最小自由能较大,而与16S rRNA杂交的自由能较小;文库数据量大小使体内外相关性分析产生一定的波动性但较为微弱;最后,发现高活性区间内的5′-UTR序列在体内外相关性较高,并从文库中优选出3条作为通用型5′-UTR应用于代谢工程与合成生物学领域。结论:体内外蛋白质表达的中等相关性推动了体外快速表征在研究体内生物合成中的拓展与应用,筛选出的通用型5′-UTR为基因线路的遗传设计提供了选择。
李佩贤李娇娇李娇娇刘倩刘倩
关键词:大肠杆菌基因表达调控合成生物学
ZEB1-3′UTR促进乳腺癌细胞MCF-7迁移机制的研究
2024年
对与ZEB1-3′UTR结合的microR-NAs进行生物信息学分析。结果表明,与对照组相比,过表达ZEB1-3′UTR后MCF-7细胞迁移能力显著增强。采用RNA22、Microrna、Targetscan数据库筛选出与ZEB1-3′UTR结合的microRNAs,三个数据库公共预测的microRNAs有9个,分别是miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-494、miR-873、miR-381、miR-300、miR-431和miR-342,其中miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-342在乳腺癌中高表达。以上研究表明,ZEB1-3′UTR能够竞争性结合肿瘤细胞表达的内源性microRNAs,促进了MCF-7细胞迁移。
邓英姿孙煜曦李一菲张美玲张运峰许可胡芬
关键词:MICRORNA生物信息学
狭缝引导配体13′UTR通过miR-34a-5p/SIRT1轴调节内皮细胞表型
2024年
在高等生物的进化过程中,mRNA的3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)序列显著增加,提示3′UTR在生物功能调节中可能发挥重要作用。我们发现狭缝引导配体1(slit guidance ligand 1,SLIT1)3′UTR在肥厚型心肌病(HCM)患者心肌中水平降低,但其对肥厚心肌中血管功能调节的作用机制不清楚。利用腺病毒介导在主动脉内皮细胞(human aortic endothelial cells,HAECs)中过表达SLIT13′UTR,检测HAECs中一氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthases,eNOS)和血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor,VEGFA)表达。分别采用划痕实验和基于Matrigel胶的管腔形成实验检测HAECs的迁移和成管腔能力。结果发现,过表达SLIT13′UTR会升高HAECs中p-eNOS、eNOS和VEGFA水平(P<0.01),并促进HAECs迁移和成管腔能力(P<0.01)。生物信息学预测提示,SLIT13′UTR上有多个微RNA(miRNA)的潜在结合位点,反义RNA纯化技术(RNA antisense purification,RAP)筛选和利用Ago2抗体进行RNA结合蛋白质免疫沉淀(RNA binding protein immunoprecipitation,RIP)结果显示,SLIT13′UTR与miR-34a-5p存在结合作用,而过表达SLIT13′UTR的HAECs中miR-34a-5p水平显著降低(P<0.05)。Western印迹结果证实,miR-34a-5p可逆转过表达SLIT13′UTR对去乙酰化酶SIRT1的上调作用(P<0.05)。在HAECs中转染miR-34a-5p和si-SIRT1,可一致地抑制过表达SLIT13′UTR引起的p-eNOS、eNOS和VEGFA增加(P<0.05,P<0.01),及促进HAECs迁移和成管腔的能力(P<0.01,P<0.001)。因此,SLIT13′UTR可以特异性吸附miR-34a-5p,通过miR-34a-5p/SIRT1轴发挥促进内皮细胞迁移和管腔生成的作用。
欧涛胡志琴高原伍华燕陈凯茵徐金东方咸宏单志新
关键词:微RNA
HSV-1即刻早期基因的5′UTR对报告基因mRNA翻译的影响
2024年
mRNA疫苗的5′非翻译区(5’untranslated regions,5′UTR)对其表达起着重要作用,报告基因增强绿色荧光蛋白基因(enhanced green fluorescent protein,EGFP)用于检测5′UTR调控mRNA表达已经是一个较为成熟的实验方法.为研究单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus 1,HSV-1)即刻早期基因的5′UTR作为报告基因EGFP mRNA的5′UTR对其翻译的影响,本研究将4个即刻早期基因的5’UTR以及表达能力较强的人β珠蛋白基因(humanβGlobin,hBg)5′UTR插入报告基因EGFP 5’端,通过观察绿色荧光强度研究不同即刻早期基因5′UTR对mRNA翻译的影响.结果表明:经mRNA转染试剂和纳米脂质体颗粒分别递送进293T细胞和小鼠体内;RL2的5′UTR作为报告基因EGFP 5′UTR的表达水平与hBg 5′UTR相近,RS1、US1、US12表达水平明显弱于hBg 5′UTR.因此,RL2基因的5′UTR有潜力作为mRNA疫苗的5′UTR.
徐朗希李丹丹李恒郑惠文彭沙沙彭沙沙张莹廖芸廖芸刘龙丁
关键词:单纯疱疹病毒1型蛋白表达水平
ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性
2024年
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。
洪超向旭东李盈甫曹杨陈雪雅李帅邢安灏林牧马千里
关键词:非小细胞肺癌ERK1/2信号通路单核苷酸多态性
牛FMR1基因5'UTR克隆及生物信息学分析
2024年
为了探讨西门塔尔牛脆性X智力低下基因1(fragile X mental retardation 1,FMR1)的生物学功能,并为研究FMR1在西门塔尔牛屡配不孕中发挥的作用提供数据支持。实验以西门塔尔牛血液DNA为模板,通过PCR方法克隆FMR1基因完整的5′UTR序列;与NCBI提供的牛FMR1基因mRNA全序列进行比对;利用在线软件进行遗传分析并构建系统进化树,分析FMR1基因5′UTR端脆性;分析该基因编码蛋白的理化性质、亲疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。结果表明:西门塔尔牛FMR1基因5′UTR序列与NCBI提供的牛FMR1基因序列基本一致,生物信息学分析得到牛FMR1基因最长开放阅读框1 710 bp,基因共编码569个氨基酸,分子量64 221.90 u,其编码蛋白是不稳定的亲水蛋白,没有明显的信号肽切割位点,并且不包括跨膜螺旋,二级结构预测表示其主要以α螺旋和无规卷曲形式为主。说明西门塔尔牛FMR1基因编码序列长度为40 254 bp,编码569个氨基酸,编码的蛋白质为亲水不稳定蛋白,与绵羊遗传距离最近。
王选艺孙亚伟王俪颖龙雨薇叶彤周瑜新马雪连李娜赵红琼姚刚
关键词:FMR1基因克隆生物信息学分析系统进化树
趋化因子CCL193′UTR rs2227302单核苷酸多态性与急性心肌梗死发生相关性
2024年
目的分析趋化因子CCL193′UTR rs2227302单核苷酸多态性与急性心肌梗死发生的相关性。方法将北部战区总医院自2009年3月至2011年9月收治的135例急性心肌梗死患者纳入梗死组;另将同期经冠状动脉造影检测显示阴性的113例对照者纳入正常组。比较两组研究对象的一般临床资料、基因型分布频率及CCL19表达水平,并采用Logistic回归分析急性心肌梗死发生的危险因素。结果梗死组男性、合并高血压、吸烟比例,以及体质量指数、总胆固醇、甘油三酯、低密度脂蛋白胆固醇水平均高于正常组,差异有统计学意义(P<0.05)。正常组和梗死组C和T等位基因分布频率比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。CCL193′UTR rs2227302位点的T等位基因为急性心肌梗死发生的独立危险因素(P<0.05)。梗死组CCL19表达水平高于正常组,差异有统计学意义(P<0.05)。在正常组和梗死组中,携带TT+CT型基因者的CCL19表达水平均高于携带CC+CT型基因者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论急性心肌梗死患者血浆中CCL19表达水平升高,CCL193′UTR rs2227302单核苷酸多态位点T等位基因可能是急性心肌梗死发生的危险因素。
常艳程茗慧齐艳萍张效林
关键词:急性心肌梗死单核苷酸多态性趋化因子
HLA-G 3′UTR基因多态性及血清可溶性HLA-G水平与儿童诺如病毒感染的相关性研究
2024年
目的探讨人类白细胞抗原-G(HLA-G)3′非翻译区(3′UTR)基因多态性(SNP)及血清可溶性HLA-G(sHLA-G)水平与儿童诺如病毒感染的相关性。方法选取2021年1月至2022年12月新乡医学院第一附属医院收治的346例诺如病毒感染患儿作为病例组,另选取同期320例健康体检儿童作为对照组,留取所有研究对象全血标本并提取DNA。采用聚合酶链反应扩增HLA-G 3′UTR基因,产物外送测序。使用SNPstats在线分析软件计算两组间SNP位点基因型和等位基因分布频率。采用酶联免疫吸附试验检测病例组和对照组血清sHLA-G水平。结果病例组和对照组HLA-G 3′UTR 14 bp+/-和+3142 C/G基因型和等位基因分布频率比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。病例组血清sHLA-G水平明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);诺如病毒不同程度感染组血清sHLA-G水平比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。病例组和对照组14 bp+/-基因型和+3142 C/G基因型对应的血清sHLA-G水平比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论HLA-G 3′UTR SNP与诺如病毒感染的易感性无关。血清sHLA-G水平对诺如病毒感染早期诊断有较好的预测价值,可能是一种新的血清生物标志物,与患者病情严重程度及预后的关联尚需进一步验证。
朱明武李多多刘向群王亚南
关键词:诺如病毒人类白细胞抗原-G基因多态性
KRAS基因3'UTR多态性与云南汉族人群宫颈癌及宫颈上皮内瘤变的相关性
2024年
目的探究KRAS基因中3′U TR区域的rs712和rs7973450位点与云南汉族人群宫颈癌(cervical cancer,CC)和宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN)的相关性。方法共纳入CIN患者461例、CC患者961例及其健康对照983例,采用TaqMan探针法进行基因分型检测,并分析2个SNP位点与CIN及CC的相关性。结果rs7973450位点的A等位基因可能是CIN(P=0.004,OR=0.651,95%CI 0.487~0.871)与CC(P=7.00×10-4,OR=0.667,95%CI 0.529~0.844)发生的保护性因素。rs712位点在CIN组、CC组和对照组间等位基因和基因型分布频率的差异无统计学意义(P>0.017);单倍型分析的结果显示,单倍型rs712Ars7973450G与更高的CIN(P=4.00×10^(-4),OR=1.714,95%CI1.269~2.314)和CC(P=3.84×10^(-5),OR=1.667,95%CI 1.305~2.131)发生风险相关;单倍型rs712A-rs7973450A则与更低的CC发生风险相关(P=0.012,OR=0.790,95%CI 0.658~0.950)。结论位于KRAS基因3U′TR区域的SNP位点rs7973450的A等位基因可能是云南汉族人群CIN和CC发生的保护性因素。
郭妮张承洪超刘伟鹏姚宇峰严志凌
关键词:KRAS基因宫颈癌宫颈上皮内瘤变

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周玲玲
作品数:19被引量:3H指数:1
供职机构:暨南大学
研究主题:UTR 基因3 T-ALL 非编码区 B-ALL
陆帅
作品数:13被引量:5H指数:1
供职机构:暨南大学生命科学技术学院再生医学教育部重点实验室
研究主题:UTR 基因3 T-ALL 非编码区 单核苷酸多态性
欧阳康
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供职机构:广西大学动物科学技术学院
研究主题:病毒 猪流行性腹泻病毒 原核表达 多克隆抗体 猪繁殖与呼吸综合征病毒
方苏
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供职机构:暨南大学
研究主题:-UTR 再生障碍性贫血患者 T细胞 CML UTR
杨力建
作品数:347被引量:434H指数:10
供职机构:暨南大学
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