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睡莲ISSR-PCR体系的优化及后续亲缘关系鉴定
2024年
采用正交实验对睡莲的ISSR体系进行优化,利用ISSR分子标记技术对延药睡莲(海南)、延药睡莲(印度)、延药睡莲(越南)以及其他从国内外引进的29份睡莲种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:总体积为25μL(模板DNA浓度15 ng/μL、2×ES Taq Master Mix用量14μL、引物浓度1.0μmol/L、ddH_(2)O补齐)的睡莲ISSR-PCR体系为最优。使用延药睡莲等8份睡莲种质为材料,从100条ISSR引物中筛选出了10条重复性强、多态性好的引物,并优化了退火温度。使用最优优化体系在32份睡莲种质资源中共扩增出154条带,平均每条引物扩增条带数为15.4条,多态性条带149条,多态性比例为96.9%;平均shannon信息指数(Ⅰ)为0.4582,平均等位基因数Na为2.0000,平均有效等位基因数Ne为1.5064,平均Nei’s基因多样性指数H为0.3001,遗传距离在0.0355~0.7908。基于遗传距离构建聚类分析图,对海南延药睡莲和其他31种睡莲的亲缘关系进行了说明,在进化距离为0.2时可将实验材料分为三类。研究结论阐明了不同种质间的亲缘关系,可为后续睡莲的群体遗传分析奠定实验基础,并为亲缘关系的鉴定和种质资源的保护与利用提供参考。
杨志娟李保豫王京华金奇江王彦杰徐迎春
关键词:亲缘关系
基于ISSR-PCR体系鉴别樟芝单核体交配型
2024年
通过原生质体单核化技术获得樟芝单核体,基于内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行鉴定,采用14个引物对简单重复序列区间(inter-simple sequence repeats,ISSR)进行多态性扩增,筛选条带清晰、重复性好的引物用于樟芝单核体的交配型鉴定。结果表明,通过原生质体单核化技术获得31个樟芝单核体,经ITS序列分析确定获得的单核体为樟芝。以单核体S2、S10、S14、S27的DNA为模板,对14条ISSR引物进行初步筛选,得到4个条带清晰、重复性好的引物P7、P9、P21、P25用于交配型鉴定。单核体S9和S25为同一交配型,两者与S2为不同交配型,通过镜检进一步验证S9、S25可以与S2形成具有锁状联合的双核菌株。该方法可明显缩短樟芝单核体交配型的鉴定时间。
李晓晖盖舒萍汪雯翰琚建伟张守兵丁保安李燕贾薇
关键词:樟芝单核体交配型ISSRITS
伏毛铁棒锤DNA分离及ISSR-PCR体系优化
2022年
为了获得伏毛铁棒锤稳定可靠的ISSR-PCR反应体系,本研究对总DNA提取的CTAB法进行改良,并采用正交试验设计方法,对影响伏毛铁棒锤ISSR-PCR扩增结果的Taq DNA聚合酶、Mg^(2+)、dNTP、引物、模板DNA五个因素进行优化。在此基础上筛选多态性好的ISSR引物,并用梯度法确定各个引物的最适退火温度。结果显示:改良CTAB法所提DNA的质量和纯度高;伏毛铁棒锤20μL ISSR-PCR最佳反应体系为:0.6 U Taq DNA聚合酶,1.5mmol/LMg^(2+),0.125mmol/LdNTP,0.5μmol/L引物,30 ng模板DNA;以最佳反应体系为基础,从ISSR引物(UBC801~UBC900)中筛选获得12条多态性好的ISSR扩增引物,并确定了各引物的最适退火温度。该最佳反应体系能在伏毛铁棒锤不同样品中扩增出清晰且重复性好的条带,可用于后续伏毛铁棒锤遗传多样性的研究。
张会轩李文靖王钧贺睿李毅李毅
关键词:ISSR-PCR正交试验设计引物筛选
半枫荷ISSR-PCR体系优化及引物筛选被引量:4
2021年
半枫荷(Semiliquidambar cathayensis Chang)是中国特有濒危保护植物。为了利用ISSR分子标记对其开展遗传多样性研究,本研究针对Mg^(2+)浓度、引物浓度、d NTPs浓度、DNA模板量、Taq DNA聚合酶总量这5个因素,通过单因素试验结合L_(16)(4^(5))正交试验对半枫荷ISSR-PCR反应体系进行优化。得到20μL最优体系为:Mg^(2+)2.5 mmol/L、引物0.3μmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、模板DNA 40 ng、Taq DNA聚合酶2 U、2μL 10×PCR Buffer。利用该体系筛选出7条扩增产物稳定、多态性好的引物(UBC811,UBC815,UBC817,UBC826,UBC827,UBC848,UBC849)作为ISSR-PCR扩增引物。在此基础上,对4份半枫荷材料进行扩增验证,共扩增出63个条带,其中多态性条带58个,多态性百分率为92.06%,平均Nei’s基因多样性指数为0.384 9,Shannon’s信息多样性指数为0.559 2,结果表明优化体系稳定性强,扩增效果较好,可用于半枫荷遗传多样性研究。
黄丽华陈秋婷肖雨沙缪绅裕宋莉英
关键词:半枫荷ISSR-PCR引物筛选
西番莲科龙珠果ISSR-PCR体系的建立和优化被引量:5
2021年
为了获得适于龙珠果ISSR-PCR的反应体系,本研究以龙珠果叶片为试验材料,提取基因组DNA,采用L16(45)正交设计试验,对影响龙珠果ISSR-PCR扩增结果的Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和模板DNA量进行优化,并筛选了最适退火温度。试验结果分析表明,各因素影响显著性为dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶用量>Mg^(2+)浓度>模板DNA量>引物浓度。在20μL反应体系中,dNTPs浓度0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg^(2+)浓度2.0 mmol/L、模板DNA 25 ng、引物浓度0.4μmol/L为最佳用量。实验从100条UBC引物中筛选得到22条多态性较好的引物。本研究为龙珠果ISSR标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供科学依据。
罗湘朱玉静彭滢枫杨丹谭勇赵立春
关键词:ISSR-PCR正交设计
椭圆叶花锚ISSR-PCR体系的建立与优化被引量:3
2019年
为建立椭圆叶花锚ISSR-PCR最佳反应体系,本研究采用正交设计和单因素试验的方法,对影响ISSR-PCR反应体系的5种关键因素(DNA,dNTPs,引物,Mg^2+,Taq DNA酶)进行最适浓度筛选,并采用甘肃省的3个居群进行验证。结果表明,各因素影响大小依次为:DNA浓度>Mg^2+>dNTPs>Taq DNA酶>引物浓度。椭圆叶花锚ISSR-PCR反应的最佳体系为(25μL):50 ng DNA模板,Mg^2+2.0 mmol/L,dNTPs 0.20 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物0.4μmol/L,2.5μL 10×Buffer。选取甘肃省3个居群进行验证,结果显示扩增条带清晰明亮且重复性好,表明该反应体系适用于椭圆叶花锚的ISSR分子标记。该反应体系的建立可为椭圆叶花锚ISSR标记开发、遗传多样性、遗传图谱构建等后续分析提供参考。
杜乐山谷思张盾任梦云臧春鑫关潇
关键词:ISSR-PCR正交试验单因素试验
凤仙花ISSR-PCR体系建立与优化被引量:5
2018年
建立最适的PCR反应体系是成功进行ISSR-PCR的关键,且反应的扩增效果易受多种因素的影响,本研究采用正交试验和单因素筛选试验两种方法,选用凤仙花叶片DNA为实验材料,针对影响凤仙花ISSR-PCR反应较大的 Mg^(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、模板DNA这5个因素进行优化并筛选,最终建立凤仙花ISSR-PCR最佳反应体系:25μL PCR反应体积中, Mg^(2+)浓度为2.0 mmol/L、引物浓度为0.4μmol/L、模板DNA浓度为150 ng、dNTPs浓度为0.15 mmol/L、Taq酶为0.5 U。利用该体系筛选出14条可用于凤仙花ISSR-PCR扩增的引物。通过建立凤仙花属最佳ISSR-PCR反应体系,为研究凤仙花属植物提供分子标记水平上的理论依据和技术方法。
巨秀婷贺宗萍
关键词:凤仙ISSR-PCR正交设计单因素试验
红芪ISSR-PCR体系的建立及优化被引量:1
2017年
通过单因素与中心复合设计相结合的方法建立优化红芪ISSR-PCR反应体系,并筛选引物,优化电泳时间及扩增循环数。建立的红芪ISSR-PCR反应体系为:25μL反应体系中10×PCR Buffer(Mg^(2+))3.5μL、模板DNA(30 ng/μL)2μL、PCR扩增引物2μL、Taq DNA聚合酶为1.25 U、d NTPs为2μL,dd H_2O 14.5μL,建立的扩增程序:94℃预变性5 min,开始34个循环;94℃变性30 s,后据不同退火温度的引物复性45 s,72℃延伸2 min,循环结束后72℃延伸7 min。本研究筛选出红芪扩增的引物17条;PCR反应产物电泳时间为120 min,最佳循环数为34,建立了稳定的体系,为进一步研究红芪的遗传多样性及遗传结构提供了帮助。
强正泽王燕李硕王明伟李成义
关键词:红芪ISSR-PCR体系单因素
正交设计优化绿竹ISSR-PCR体系和引物筛选被引量:8
2017年
旨在建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并筛选适于绿竹ISSR-PCR分析的高多态性引物。以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用正交试验方法,对d NTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA用量设计5因素4水平试验,采用极差分析法和方差分析法对试验结果进行分析。并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序。并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,d NTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg^(2+)浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为1.5 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA浓度为60 ng,10×PCR Buffer体积为2μL、剩下用灭菌ddH_2O补全。各因素影响大小依次是:Mg^(2+)>d NTPs>模板DNA>Taq DNA聚合酶>引物。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次,72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。
徐雯瞿印权韩笑何天友荣俊冬郑郁善
关键词:绿竹ISSR正交试验设计引物筛选
水葫芦苗ISSR-PCR体系的优化与引物筛选被引量:2
2017年
以改良CTAB法提取水葫芦苗基因组DNA为模板,利用正交设计试验对影响ISSR-PCR反应体系的5个因素(TaqDNA聚合酶,dNTP,引物,模板及Mg^(2+))进行了优化筛选。经极差分析和方差分析,最终建立了水葫芦苗ISSR-PCR的最佳反应体系。结果表明,总体积20μL的反应体系中各因素浓度分别为:TaqDNA聚合酶0.025 U/μL、Mg^(2+)1.5 mmol/L、dNTP 1.0 mmol/L、引物0.5μmol/L、模板DNA 1.5 ng/μL。通过筛选得到10条扩增条带清晰的ISSR引物,并通过梯度PCR确定了各引物的最适退火温度。在此基础上对循环次数进行优化,最终确定最佳循环次数为40次。
王建科李毅李毅胡延萍石琳王莉
关键词:ISSR-PCR正交设计

相关作者

石旭
作品数:13被引量:47H指数:4
供职机构:贵州大学生命科学学院
研究主题:粗毛淫羊藿 发育 淫羊藿 ISSR-PCR体系 正交试验
乙引
作品数:323被引量:1,641H指数:19
供职机构:贵州师范大学
研究主题:金钗石斛 马缨杜鹃 植物 辣椒 干旱胁迫
梁晨
作品数:110被引量:396H指数:11
供职机构:沈阳农业大学
研究主题:白粉寄生孢 重寄生菌 蓝莓 生物学特性 白粉菌
张玉晶
作品数:10被引量:31H指数:4
供职机构:贵州大学生命科学学院
研究主题:粗毛淫羊藿 ISSR-PCR体系 正交试验 ISSR-PCR ISSR
李牡丹
作品数:11被引量:46H指数:4
供职机构:贵州大学生命科学学院
研究主题:粗毛淫羊藿 淫羊藿 ISSR-PCR体系 正交试验 PCR