国家林业局948项目(2001-205) 作品数:4 被引量:29 H指数:3 相关作者: 陆海峰 李有志 张洁 任振胜 焦岳宏 更多>> 相关机构: 广西大学 更多>> 发文基金: 引进国际先进农业科技计划 广西壮族自治区科技攻关计划 教育部科学技术研究重点项目 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 更多>>
玉米混合组织的EST文库的构建和部分EST序列的分析 被引量:6 2004年 以CLONTEECH的pDNR-LIB质粒为载体,构建了干旱和盐碱共胁迫48h和相应的无胁迫正常生长条件下耐旱玉米(ZeamaysL.)YQ7-96品系的雌雄分化期(12片叶龄)的混合组织(叶、茎和花器)EST文库。该文库容量>2×105个克隆,覆盖了预计的玉米基因组5万个基因的4倍以上。随机对3168个克隆中插入的cDNA进行测序,获得有效序列2098条,其中,2002个克隆中的cDNA进行了5'端测序,96个克隆中的cDNA的进行了5'和3'两端测序。结果表明,3'端测序的96个克隆的cDNA都含有polyA尾巴;进一步对这2098条组装分析,形成168个重叠群(Contig)和1693个单拷贝EST(Singlet),代表了共计1861条独立基因(Unigene);根据GenBank中的玉米EST数据库和BLASTn分析软件进行核苷酸同源性分析,1731条(93.01%)EST的score值大于或等于100,130条(6.99%)的EST的score值小于100,说明这130条属于新的表达基因的序列,有21条可以定位在玉米的不同染色体上;BLASTx分析表明,2098条EST中,1007条(48%)有功能注释信息,1091条(52%)无功能注释信息。该文库中的EST将会对公共数据库中现存的玉米EST数据起到补充作用。 张洁 焦岳宏 陆海峰 李有志关键词:玉米 干旱 盐碱 表达序列标签 电子PCR 被引量:17 2004年 电子PCR (ElectronicPCR ,e PCR)现已是一种常用的核苷酸序列电子分析工具 ,它在DNA片段的染色体定位、基因组测序、基因组辅助作图、PCR引物辅助设计和基因的克隆等方面发挥着重要作用。本文介绍了电子PCR技术的原理、方法和功能及其相关的数据库和应用发展趋势。 张洁 陆海峰 李有志关键词:PCR 核苷酸序列 生物信息数据库 基因组测序 基因组作图 电子克隆 一个基因序列及其注释数据库的管理系统 2006年 以微软公司的数据处理软件M icrosoft Exce l 2003为平台,利用其VBA语言,编写了能够从大量的基因及其注释结果中自动大规模地提取并处理关键信息项的宏程序系统——基因序列及其功能注释数据管理系统M DSA(m anagem en t system for database of sequences and functiona l annotation of genes)。由于具有多种文件输出格式,M DSA可与许多数据处理的操作系统兼容,如M icroG ridTA S(B ioR obotics L td,UK)微阵列制作仪中的基因信息上传软件系统。该管理系统是M icrosoft Exce l软件在专业数据库管理中二次开发的成功尝试,在前期的玉米EST和cDNA数据库管理工作中发挥了重要作用。 焦岳宏 陆海峰 任振胜 赖洪敏 周洁 张洁 李有志关键词:基因 缺水和缺铁胁迫对玉米光合作用特性和根生长的影响 被引量:6 2007年 研究了缺水胁迫和缺铁胁迫对三叶期玉米(Zea mays)的光合作用特性和根生长的影响。玉米叶部的光合作用均受缺水胁迫和缺铁胁迫影响;短时间(≤2 h)缺水胁迫对光合作用造成的不利影响不能被短时间(24 h)的复水完全消除,而较长时间的缺铁胁迫(168 h)对光合作用造成的抑制作用可以被短时间(24 h)的补铁措施消除。短时间缺水(≤2 h)或短时间(≤72 h)缺铁不影响根系生长。较长时间的缺铁(168 h)严重限制根的生长并导致根生长畸形,短时间(24 h)补铁不能消除较长时间的缺铁对根的生长带来的不利影响。 陆海峰 潘英华 卿冬进 任振胜 李有志关键词:玉米 缺水 缺铁 光合作用 根生长