江苏省博士后科研资助计划项目(1101123C)
- 作品数：4 被引量：23H指数：2
- 相关作者：梅娟陈建慧梅娟纪志成赵吉更多>>
- 相关机构：江南大学无锡职业技术学院无锡城市职业技术学院更多>>
- 发文基金：江苏省博士后科研资助计划项目江苏省“青蓝工程”基金资助项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学电气工程更多>>
- 图聚类算法的评价模型
- 2012年
- 关系数据可抽象为网络,在通常情况下,缺乏对这些现实网络背景知识的了解。为了评价图聚类算法在现实网络上的性能表现,构建了一种接近现实的网络模型,通过算法在模型网络上的性能表现来推断其分析现实网络的能力。为了确保此推断的合理性,构建的模型网络具有与所研究网络完全相同的一阶统计特征。同时,构建的模型网络可具有任意设定的集团结构,这就相当于给定了背景知识,即真实的分类信息是已知的。实例说明,构建的模型为客观评价图聚类算法提供了一条途径。
- 梅娟徐明亮胡旻管芳景
- 关键词：数据挖掘
- 基于模块度优化的蛋白质网络集团探测与分析被引量：2
- 2012年
- 探测蛋白质相互作用网络中的功能模块对于理解生物系统的组织和功能具有重要的意义。目前,普遍的做法是将蛋白质相互作用网络表示成一个图,利用各种图聚类算法来挖掘功能模块。本文采用了基于模块度优化的图聚类算法来探测蛋白质相互作用网络中的集团,从具有2617个节点11855个相互作用的酵母蛋白相互作用网络中探测出68个集团。对于得到的集团,首先从拓扑结构的角度验证其的确是内部连接稠密的子图,然后分析了MIPS数据库中ComplexCat提供的已知的蛋白质复合体与这些集团的重叠情况,发现很多蛋白质复合体完全包含在某些集团中,最后使用超几何聚集分布的P值来分析一个集团对某个特定功能的富集程度,并根据最小的P值对应的功能来注释该集团的主要功能,发现集团中大部分的蛋白质具有相同的功能。研究结果表明,该方法探测的集团具有重要的生物学功能意义。
- 梅娟纪志成
- 关键词：蛋白质相互作用网络复合体功能模块模块度
- 粒子群算法在PID控制器参数整定中的研究与应用被引量：20
- 2012年
- 针对自动化控制系统中PID控制器参数整定困难的问题,提出了基于粒子群算法的PID控制器的设计方法,给出了具体的实验架构。采用系统参数鉴定的方式得到直流伺服发电机的传递函数,并利用粒子群算法搜寻PID参数。实验采用MATLAB仿真证明了该方法的可行性和优越性。所得到模拟结果跟遗传算法搜索PID参数的结果做比较,结果显示用粒子群算法调整PID参数所得到的运算时间比用遗传算法的运算时间要短。
- 唐玉兰徐明亮梅娟陈建慧
- 关键词：遗传算法PID控制参数整定粒子群算法
- 基于图聚类和序列信息的蛋白质远同源性探测被引量：1
- 2015年
- 远同源蛋白间的序列相似性很低,处于随机涨落区域边缘,很难区分通过比对获得的序列特征是进化过程中功能约束还是随机突变导致的结果。为了从具有高度噪音的比对分数中提取关于同源性的微弱信号,本文将基于模块度优化的图聚类算法应用于蛋白质相似性网络来探测远同源性,并与已有的性能表现较好的方法进行比较,实验结果表明,该方法能较好地探测到蛋白质远同源性,输出的集团在很大程度上对应着蛋白质超家族,输出的集团数目接近数据集中超家族的个数,得到的结果明显优于其他方法。
- 梅娟赵吉傅毅
- 关键词：模块度
