广西省自然科学基金(2010GXNSFA013145)
- 作品数：2 被引量：16H指数：2
- 相关作者：唐银琳吴耀生蒋东刘镛胡艳玲更多>>
- 相关机构：广西医科大学广东医学院中国医学科学院北京协和医学院更多>>
- 发文基金：广西省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 陆生植物鲨烯合酶适应性进化正选择位点分析被引量：11
- 2013年
- 鲨烯合酶是三萜类皂苷生物合成途径中的关键酶,其活性的高低决定了三萜皂苷、植物甾醇等后续次生代谢物的含量.对鲨烯合酶进行正选择位点分析,可为识别重要的功能位点提供有意义的信息.本研究在克隆获得五加科三七、葫芦科绞股蓝鲨烯合酶cDNA的基础上,结合GenBank中所登载的植物鲨烯合酶cDNA序列信息,利用位点模型检测并分析了38种陆生植物鲨烯合酶的适应性进化.结果显示,进化上相对保守的鲨烯合酶受到正选择作用,检测到的21个正选择位点大部分集中于第2跨膜区及其两侧,其中189S、194S、196S、265I、389P、390T、408A、410R和414N等9个位点很可能与鲨烯合酶的活性有关.本研究从分子进化角度为调控三萜类化合物的生物合成提供了一个新的思路.
- 刘镛吴耀生胡艳玲晁耐霞唐银琳蒋东
- 关键词：鲨烯合酶适应性进化正选择陆生植物
- DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估被引量：5
- 2012年
- 探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、67.8%、90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、52.5%、66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。
- 唐银琳刘镛姚辉陈振东吴耀生徐鹏蒋东
- 关键词：葫芦科ITS2
