国家自然科学基金(31201505)
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
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- 相关机构：江苏省农业科学院南京农业大学溧阳市植保植检站更多>>
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- 不同地理种群二化螟Ty3/gypsy反转座子天冬氨酰蛋白酶(AP)基因序列的克隆与分析
- 2014年
- 【目的】Ty3/gypsy反转座子是广泛存在于生物体内的一类反转座子。反转座子上的天冬氨酰蛋白酶(aspartic protease,AP)基因是反转座子发生转座所需的一个重要基因。但由于该基因家族成员间变异较大,较难利用简并引物克隆得到该基因,所以对该基因家族成员的研究很少。【方法】本研究采用PCR方法克隆了二化螟Ty3/gypsy反转座子的AP基因序列,并对其序列特征和地理种群变异进行了分析。【结果】克隆获得的二化螟Chilo suppressalis(Walker)Ty3/gypsy反转座子中的AP基因具有独立的开放阅读框(open reading frame,ORF),长528 bp,编码的蛋白含175个氨基酸残基(GenBank登录号:KF886014)。Conserved Domain Search在线工具分析显示,该蛋白中含有一个特异的Asp_protease_2保守功能域。从7个二化螟不同地理种群中共克隆获得70份AP基因拷贝。对同一基因座位上的AP序列多重比对分析,发现共存在46处碱基替换,其中碱基转换(transition)有31处,碱基颠换(transversion)有15处,70份拷贝中有69份拷贝是完整的ORF,能编码完整的蛋白。从碱基替换形式看,A→G的变异形式出现最多,有15处;其次是T→C的变异形式,有11处;其余的变异形式都很少。对比这7个不同地理种群,没有发现碱基的替换存在明显的地理区划差异。【结论】碱基的替换形式与二化螟所处的地理区域无明显相关性。本研究对于认识反转座子序列的变异特点有所帮助。
- 李晓欢罗光华韩召军方继朝
- 关键词：二化螟反转座子GYPSY
- 二化螟Ty3/gypsy反转座子的克隆与序列分析被引量：1
- 2014年
- 转座子是宿主基因组的重要组成部分。Ty3/gypsy反转座子是广泛存在于生物体内的一类反转座子。通过反向PCR(inverse PCR)和基因组步移方法成功地从二化螟体内获得一个具有完整结构的Ty3/gypsy反转座子拷贝,命名为Csu-Ty3(GenBank登录号:KJ191261)。该反转座子拷贝全长4 934bp,在基因组上插入的靶位点(target sit duplications,TSDs)是"AACGT",两端的长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)不完全相同,5′端LTR长161bp,3′端LTR长168bp,两者的一致度为93.5%;在靠近3′端LTR处有一段长15bp的嘌呤尾(polypurine tract,PPT)序列。经ORF Finder分析,Csu-Ty3中包含三个独立的ORF,从左至右第一个ORF编码类似病毒的结构蛋白,称为GAG蛋白;第二个ORF编码天冬氨酰蛋白酶(aspartic protease,AP)蛋白;第三个ORF编码一个多聚蛋白,包含反转录酶(reverse transcriptase,RT)、RNA酶H(RNase H,RH)以及整合酶(integrase,IN)。Southern杂交显示二化螟不同地理种群中均有较多的Csu-Ty3拷贝。在特定基因座位上,对Csu-Ty3拷贝插入与否的检测结果显示,二化螟不同地理种群中在该位点上均含有Csu-Ty3拷贝的插入,但在德阳和江津种群中有些个体在该位点上没有检测到Csu-Ty3拷贝的插入。
- 李晓欢罗光华张志春刘宝生方继朝
- 关键词：二化螟反转座子克隆
- 三化螟两个乙酰胆碱酯酶基因克隆及序列分析被引量：1
- 2016年
- 乙酰胆碱酯酶(ACh E)是有机磷(Organophosphate,OP)和氨基甲酸酯(Carbamate,CB)类杀虫剂的作用靶标。昆虫乙酰胆碱酯酶基因(ace)表达量的上升或基因突变导致其对杀虫剂的敏感性下降是昆虫产生抗药性的重要原因。本研究利用RT-PCR技术和c DNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆到三化螟(Scirpophaga incertulas Walker)的两个乙酰胆碱酯酶基因,分别命名为Siace1和Siace2。Siace1的完整开放阅读框(Open reading frame,ORF)长2 085 bp,编码含694个氨基酸的乙酰胆碱酯酶1(Si ACh E1)。Siace2的ORF长1 917 bp,编码含638个氨基酸的乙酰胆碱酯酶2(Si ACh E2)。将三化螟的两个乙酰胆碱酯酶与已报道的各物种的乙酰胆碱酯酶进行相似性比较,结果显示在蛋白水平上,Si ACh E1与台湾稻螟的ACh E1有最高的相似性,达到94%;Si ACh E2与二化螟的ACh E2具有最高的相似性,为98%。本研究为水稻上重要螟虫的乙酰胆碱酯酶基因对比研究提供了基础。
- 罗光华宋俊贤姚静郑少秋方继朝
- 关键词：三化螟乙酰胆碱酯酶基因克隆
