浙江省医药卫生科学研究基金(2009B112)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：张林柴惠沃立科袁小凤黄燕芬更多>>
- 相关机构：浙江中医药大学更多>>
- 发文基金：浙江省医药卫生科学研究基金浙江省教育厅科研计划浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究被引量：1
- 2011年
- 生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速。通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。
- 张林柴惠沃立科袁小凤黄燕芬
- 关键词：动态规划算法图形硬件
- 生物序列比对算法与图形硬件加速研究被引量：1
- 2011年
- 探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性最高的动态规划算法在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上,以实现算法加速;通过数据库比对搜索实例,进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测。结果表明,该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。与目前最快的启发式算法相比,比对平均加速为18倍,最高加速可达28倍。
- 张林柴惠沃立科沃兴德
- 关键词：生物分子动态规划算法图形硬件
