国家自然科学基金(31271302)
- 作品数：10 被引量：17H指数：2
- 相关作者：王万军周嘉裕廖海朱乾坤朱梦丽更多>>
- 相关机构：西南交通大学中国科学院成都生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金国家级大学生创新创业训练计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 植物磷酸乙醇胺甲基转移酶的生物信息学分析被引量：2
- 2013年
- 运用生物信息学的方法,对已在Genbank数据库中注册的菠菜、甜菜、拟南芥、陆地棉和辽宁碱蓬等中磷酸胆碱合成的关键酶磷酸乙醇胺甲基转移酶(PEAMT)的氨基酸序列进行分析。结果显示:植物PEAMT属于稳定蛋白质,含有较丰富的赖氨酸和亮氨酸;不同植物PEAMT的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与SAM结合的保守结合域及Tyr-His氨基酸对;植物PEAMT属于胞质酶,不与膜结合;分子进化研究表明PEAMT可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶C的磷酸化;无规则卷曲是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含两个AdoMet-MTase区域,属于典型的SAM依赖性甲基转移酶功能结构域。本研究还初步构建了菠菜PEAMT的三维模型,能够认识植物中PEAMT的特异性及催化分子机制,并为通过分子改造创造出具有更强抗逆效能的PEAMT提供理论参考。
- 冯斌俞继华张宝宋志磊陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：生物信息学磷酸胆碱S-腺苷甲硫氨酸
- 决明查尔酮合成酶的同源模建和分子模拟对接被引量：1
- 2013年
- 查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)是植物中类黄酮生物合成途径的关键酶,其催化对-香豆酰辅酶A和丙二酸单酰辅酶A发生缩合反应。本研究以苜蓿CHS的晶体为模板,利用同源建模构建决明CHS的三维模型。经过动力学优化后,决明CHS的三维模型与苜蓿CHS的结构极为相似,主要由α-螺旋和β-折叠构成,其中有13个α螺旋,占32.82%,15个β折叠,占19.23%,无规则卷曲占47.95%。模型验证结果表明决明CHS的三维模型具有合理的立体化学性质与氨基酸相容性。决明CHS含有两个重要的结构域:对-香豆酰辅酶A结合域与丙二酸单酰辅酶A结合域。决明CHS与对-香豆酰辅酶A、丙二酸单酰辅酶A的结合主要通过氢键与范德华力。决明CHS中Cys164、His303与活性中心的H_2O能够形成电子传递体系,参与对-香豆酰辅酶A形成CHS-对-香豆酰基中间产物。本研究结果为利用此类CHS三维模型研究其催化机理和分子工程改造奠定基础。
- 李云双周虹钟德馨方袁梦梦王万军廖海周嘉裕
- 关键词：查尔酮合成酶同源模建分子对接决明类黄酮
- 铁皮石斛甘露糖结合凝聚素的分子建模与对接研究
- 2013年
- 本文通过序列分析获得了铁皮石斛甘露糖结合凝聚素(Dendrobium officinale mannose-binding lectin,DOL)成熟肽和甘露糖结合位点(50-58AA,81-89AA,116-124AA)。通过同源建模建立了DOL三维结构模型,DOL呈中空的三棱柱结构,三棱柱的三个侧面主要由β折叠构成,三个侧面各有一个甘露糖结合部位。甘露糖与DOL的分子对接和动力学分析表明,结合位点50-58AA和81-89AA对甘露糖的结合要强于116-124AA,在与甘露糖结合的过程中发挥关键作用的氨基酸残基为Gln81,Asp83,Asn85和Tyr89。研究结果有助于进一步开展凝集素抗病机理及凝集素相关药物研究。
- 朱梦丽朱乾坤邹嘉欣冯沛春范高韬王万军
- 关键词：甘露糖结合凝集素铁皮石斛同源建模分子对接
- 通过RACE技术构建铁皮石斛叶mRNA的cDNA PCR文库
- 2014年
- 基于RACE技术,以铁皮石斛叶片总RNA为起始材料,通过逆转录和末端转移构建出两端含有特定序列的cDNA。然后以连接有特定序列的引物进行cDNA的PCR扩增,从而构建出mRNA的cDNA PCR文库。结果表明:cDNA PCR文库的PCR效果明显高于逆转录产物的PCR效果,该方法构建的cDNA PCR文库能使cDNA放大100倍以上;以5pg的总RNA为起始材料构建cDNA PCR文库仍可得到良好的PCR扩增效果;该研究的cDNA PCR文库构建方法费用较低,操作简单,为克隆微量表达的基因提供了技术基础。
- 冯沛春崔毅慧张子凤朱乾坤王万军
- 关键词：CDNARACE逆转录PCR
- 黑节草再生植株壮苗培养条件的优化
- 2013年
- 以黑节草种子为外植体,研究比较了基本培养基、蔗糖、激素及激素组合对黑节草试管苗生长的影响。结果表明:以1/2MS大量元素、MS全量微量元素及有机物为基本培养基,附加2%蔗糖、1.0mg/L NAA和1.0mg/L IAA,组成壮苗培养基,能有效地诱导再生植株的新根萌发并能促进茎和根的发育。
- 石彩娟范高韬朱梦丽王万军
- 关键词：黑节草再生植株壮苗培养
- 棉铃虫类胰蛋白酶的生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 对棉铃虫(Helicoverpa armigera L.)肠道内7种类胰蛋白酶的氨基酸序列进行了生物信息学分析。结果表明,棉铃虫7种类胰蛋白酶理化性质相近,含有丰富的Ala、Cys、Gly与Thr,均为可溶性蛋白酶,不稳定性较高。类胰蛋白酶分子中不存在跨膜结构域,含有特定的磷酸化位点,主要分布在细胞外基质与内质网中。棉铃虫类胰蛋白酶属于胰蛋白酶超家族成员,具有较高的氨基酸序列同源性,分子中含有保守的必需氨基酸残基,参与维持蛋白酶的空间结构及行使催化功能。分子进化研究表明类胰蛋白酶Ⅲ与类胰蛋白酶Ⅵ进化关系较近,而类胰蛋白酶Ⅰ和类胰蛋白酶Ⅱ在进化关系上更为接近。无规卷曲结构是类胰蛋白酶二级结构中的主要结构元件。
- 龙婷雷洁萍宋涛和丽然周嘉裕廖海
- 关键词：ARMIGERA类胰蛋白酶生物信息学
- 铁皮石斛泛素结合酶DoUBC9的克隆鉴定与表达分析被引量：1
- 2019年
- 目的:本研究旨在探讨泛素结合酶UBC9在铁皮石斛原球茎发育过程中的分子机制,方法:利用生物信息学手段,从已获得的铁皮石斛基因组中鉴定出UBC9基因,命名为DoUBC9,并利用RACE技术,克隆出DoUBC9 3’端,通过与基因组序列拼接,获得完整序列。结果:本研究首次从铁皮石斛基因组中运用生物信息学的方法,鉴定出DoUBC9,并通过RACE技术克隆后拼接,得到完整的DoUBC9,基因全长为7176bp,CDS长为447bp,共编码148个氨基酸。亚细胞定位预测结果表明,DoUBC9大概率分布于分泌囊泡和质膜上。序列比对和进化树分析表明,铁皮石斛Do UBC9和其他物种中的UBC9拥有高度保守的UBCc结构域,进化关系高度保守。qRT-PCR分析表明,在不同组织部位中,DoUBC9在愈伤组织中的表达量最高、叶中表达量最小;在原球茎发育过程中,在P1时期具有最高表达量,其他各时期表达量较小,表明该基因可能促进了植物体的细胞快速分裂与生长。结论:通过分子建模方式,首次构建出DoUBC9蛋白的基本模型,并通过不同的评价方式确定了以人泛素结合酶E2 H结构(2Z5D)为模板的为最优模型。
- 马凌晖欧景丹刘荣荣胡睿王万军郭建秀
- 关键词：铁皮石斛基因克隆
- 决明查尔酮合成酶全长基因序列的克隆与分析被引量：7
- 2013年
- 从决明(Cassia tora)的新鲜子叶中提取基因组DNA作为模板,利用一对特异引物进行PCR扩增,然后克隆测序得到决明查尔酮合成酶(CHS)的基因全长。测序结果表明,决明CHS基因全长为1 766 bp,含有2个外显子和1个内含子。将其提交GenBank,登录号为(JX676773)。决明CHS基因的内含子位于188-765 bp之间,长度为578 bp,内含子的剪切符合GU-AG规律,含有多个酶切位点和顺式调控元件,可能与决明CHS基因的表达调控有关。CHS基因内含子具有多态性,可能是由不同植物存在多样性的生活史与生活环境导致的。决明CHS基因外显子2较为保守,编码几乎所有CHS的功能位点。构建外显子2编码氨基酸序列的NJ系统发育进化树,能够正确反映不同植物的亲缘关系,可用于不同植物的遗传分化和分子进化研究。
- 钟德馨方袁梦梦郭壮浩安红强董银松丁若凡王万军廖海周嘉裕
- 关键词：决明查尔酮合成酶内含子基因克隆
- NAC家族生物信息学分析被引量：5
- 2015年
- 目的:探讨NAC基因结构和分布特点,了解NAC基因之间的进化关系。方法:从NCBI下载获得目标序列,通过染色体定位、比对、拼接得到新的mRNA,翻译为蛋白质,得到保守基序,再比对,绘制系统发育树进行分析。结果:生物信息学分析发现NAC家族基因在5个物种的基因组中都有分布;大多数NAC基因都有3个以上的外显子,绝大多数NAC基因仅1个NAM结构域,大多数NAM结构域都具有两端的保守基序,大多数NAM结构域位于2个相邻外显子上;NAC蛋白在单、双子叶植物分化上已有功能上的分歧。结论:NAC家族基因分布广,结构多为3个外显子,1个拥有两端保守基序的NAM结构域位于2个相邻外显子上。该研究为鉴定并获得NAC全长序列奠定了基础。
- 邹嘉欣吕楠朱梦丽朱乾坤王万军
- 关键词：NAC生物信息学
- 川芎甜菜碱醛脱氢酶cDNA的克隆及其植物表达载体的构建
- 2013年
- 以川芎为试材,从叶片中提取总RNA,经过RT-PCR获得甜菜碱醛脱氢酶(Betaine aldehyde dehydrogenase)基因的cDNA,纯化后与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌Top10,获得甜菜碱醛脱氢酶全长基因序列,以期构建植物表达载体。结果表明:甜菜碱醛脱氢酶全长核苷酸长度为1 527bp,编码508个氨基酸。与GenBank中已发表序列HM35276进行比较,核苷酸同源性为100%。将该基因片段克隆到植物表达载体pBI121中,构建重组质粒pBI121/Betaine alde-hyde dehydrogenase,并将所获重组质粒经过双酶切和PCR处理后进行序列测定,证实表达载体上含有目的片段,且连接、构建正确,为BADH的进一步表达奠定了基础。
- 毛莹张艳军王万军陈劲松廖海周嘉裕
- 关键词：川芎甜菜碱醛脱氢酶克隆植物表达载体
