河北省自然科学基金(C2011204001)
- 作品数：14 被引量：12H指数：2
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- 牛ASCL2基因生物信息学分析
- 2013年
- 在人与小鼠中，ASCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536，且牛与猪遗传距离最小，为0．106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子，有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。
- 王梦楠吴茜红赵姝君王敬姣李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学启动子CPG岛
- 牛体细胞核移植中Meg8基因DNA甲基化及印迹状态分析
- 2014年
- 为了确定Meg8基因内部CpG岛的甲基化在调控Meg8基因印记中的可能作用,本研究应用亚硫酸盐测序法分析Meg8基因内含子3上的17个CpGs位点等位基因特异的DNA甲基化状态。结果发现,2条亲本链的甲基化程度都比较高(>80%),但T链甲基化水平显著高于C链(P<0.05),并且C链只有1种甲基化模式。分析Meg8基因在出生后48h死亡的体细胞核移植牛肺中的甲基化和印迹状态,发现Meg8基因甲基化水平在核移植牛和自然繁殖牛中都比较高,但核移植牛的甲基化程度显著高于正常繁殖牛(P<0.05),并且只有1种完全甲基化的模式,而Meg8基因在核移植个体中的印记表达没有紊乱,仍表现为单等位基因表达,初步推测Meg8内含子3CpGs岛的甲基化可能没有参与调控Meg8基因的印记表达。
- 赵姝君胡嘉祺张明月李冬杰戴蕴平李宁李世杰
- 关键词：DNA甲基化印迹
- 牛Ascl2基因印记及DNA甲基化状态分析被引量：2
- 2014年
- 为探讨Ascl2基因在成年牛不同组织中的印记状态,并揭示DNA甲基化在调控Ascl2基因印记中的可能作用。本研究首先应用基于核苷酸多态的RT-PCR产物直接测序法对Ascl2基因在牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)中的表达及印记状态进行了分析,进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析牛肺、肝和肾组织中Ascl2基因启动子区的等位基因特异的甲基化状态。RT-PCR产物测序结果显示,Ascl2基因印记表现出组织特异性,在肺和肝中为单等位基因表达,而在心、脾、肾、肌肉和脂肪5个组织中为双等位基因表达。亚硫酸氢盐测序发现,在Ascl2单等位基因表达的肺和肝中,2条亲本链的甲基化水平存在极显著差异(P<0.01),A链的甲基化水平(61.21%、87.28%)显著高于G链(24.70%、25.61%);而在Ascl2双等位基因表达的肾组织中,A链(54.70%)与G链(49.55%)的平均甲基化水平差异不显著(P>0.05)。以上结果表明,Ascl2基因启动子区DNA的甲基化修饰调控Ascl2基因的印记表达。
- 王梦楠崔亚丽吴国江李冬杰李世杰
- 关键词：DNA甲基化
- 牛PEG11基因生物信息学分析
- 2013年
- 采用生物信息学方法对牛PEG11基因进行分析,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。选取6种哺乳动物PEG11基因的CDS序列作为研究对象,进化分析表明:包括牛、羊、小鼠、熊猫、猪和人在内的6种哺乳动物间的遗传距离小于0.109,且牛与猪遗传距离最小,为0.036,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中该基因上游5kb内没有CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子可能位于该基因5′端上游2 181～2 131bp处,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在2 173bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,PEG11基因编码一种螺旋形跨膜蛋白质,有α-螺旋、β-转角和自由卷曲3种二级结构。
- 石运娇苏红张坤李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学
- ASCL2基因在体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中的甲基化分析
- 2014年
- 为探讨ASCL2基因在体细胞克隆牛中的重编程状态,本研究通过亚硫酸氢盐测序法(BSP)对体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中ASCL2基因启动子区CpG岛上的CpG位点进行了甲基化状态分析。结果显示,体细胞克隆牛的甲基化水平(28.41%)显著高于正常对照组(7.62%)(P<0.05)。推测ASCL2基因的异常甲基化可能是造成体细胞克隆牛新生死亡及肺脏发育异常的原因之一。
- 王梦楠张明月李宁李世杰
- 关键词：体细胞克隆牛BSP
- 牛Meg8基因5′末端的克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2011年
- 利用RACE方法从奶牛中克隆得到了Meg8基因的5′端cDNA序列（GenBank登录号：HQ407410~HQ407413）,序列比对发现该基因存在4种可变剪接体。选取牛Meg8基因的5′侧翼区作为研究对象,生物信息学在线分析发现：在人、绵羊、鼠、猪、狗和马这几个物种中,牛Meg8基因5′侧翼区与绵羊相似性最高,为80.45%;该区域内存在2个SINEs、1个Si mple repeat,未发现CpG岛;可能存在2个启动子位点,位于牛Meg8基因的Exon1前3 402~4 118 bp和1 200~1 367 bp处,并富含Sp1、SRY、CdxA、GATA-1、MZF1等多个潜在的转录因子位点。Meg8基因5′侧翼区密集存在的转录因子可能与基因的转录起始有关。可变剪接体及侧翼区域的诸多转录因子可能是Meg8基因行使调控功能的原因,本研究结果将为阐明该基因的功能及其调控机理提供分子基础。
- 侯晓慧苏红李世杰
- 关键词：可变剪接启动子转录因子结合位点
- 牛Meg9基因序列及结构的预测与分析
- 2012年
- 应用生物信息学方法对牛Meg9基因的序列进行预测及分析,发现牛Meg9基因共含有3个外显子,存在3种可变剪切体。与鼠、人和羊序列进行相似性分析,发现牛Meg9基因与绵羊相似性最高,为92%。应用在线软件对牛Meg9基因启动子区及转录因子结合位点进行预测,发现启动子可能位于5′侧翼区1 903～1 953bp处,有16种转录因子结合位点。CpG Island在线软件分析发现牛Meg9基因5′侧翼区和内含子1处共有3个CpG岛。以上研究结果将为研究牛Meg9基因的功能及印记的分子机理奠定基础。
- 张坤苏红石运娇李冬杰李世杰
- 关键词：启动子CPG岛
- 牛Phlda2基因的组织表达及生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 在人、鼠和猪中,Phlda2基因是一个母源表达的印记基因,编码一种胞浆蛋白,具有与血小板同源的结构域。在牛中,Phlda2基因的结构和功能还不清楚。本研究首先利用RT-PCR方法对Phlda2基因在牛组织中的表达进行了分析,进而采用生物信息学方法对牛Phlda2基因的分子进化、启动子及蛋白的高级结构进行了分析和预测。结果表明,Phlda2基因在牛的心、肝、脾、肺、肾、大脑、骨骼肌、皮下脂肪、卵巢和胎盘10个组织中均有表达。对包括人、小鼠、牛、猪、原鸡、非洲爪蝉、斑马鱼和袋鼠在内的8种动物Phlda2基因mRNA序列进化进行分析,发现这8种动物的遗传距离小于0.435,且牛和猪遗传距离最近,为0.148,与基因系统进化树分析的结果一致。牛Phlda2基因的启动子最可能位于该基因起始密码子上游487-737bp区域,包括20种转录因子结合位点。牛Phlda2基因编码亲水性蛋白,其二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;蛋白三级结构包括一个由β片层和α-螺旋构成的血小板同源结构域（PH）。以上研究结果将为进一步研究Phlda2基因的功能和分析基因表达调控的分子机理奠定基础。
- 赵姝君王敬姣王梦楠吴茜红李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学
- 牛Wif1基因印记及甲基化调控印记的分子机制研究
- 2015年
- 为了研究Wif1基因在牛中的印记状态和调控印记的分子机制,本研究首先应用基于单核苷酸多态(SNP)的测序方法,分析了Wif1基因在牛组织中的印记状态,结果发现,Wif1基因在牛中的印记表现出组织特异性,在肺中为单等位基因表达,而在心、肝、脾、肾、肌肉和脂肪6个组织中为双等位基因表达。进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析Wif1基因启动子区29个CpG位点在牛肺(单等位基因表达)和肝(双等位基因表达)组织中等位基因特异的甲基化状态,结果发现,在肺和肝中,两条亲本链间的甲基化水平无显著差异(P>0.05)。进一步分析每个CpG位点在肺和肝中亲本链间甲基化率差异,发现与双等位基因表达的肝相比,肺中存在8个亲本链间甲基化率差异显著的CpG位点,其中3个(第1、2和6)位于转录因子的结合位点上。由于单个CpG位点的甲基化变化会影响转录因子的结合,推测这3个CpG位点的甲基化可能参与调控Wif1基因的组织特异性印记。
- 吴茜红张明月杨文志吴国江李世杰
- 牛DLK1基因的生物信息学分析
- 2015年
- DLK1基因是位于DLK1-DIO3印记区域内一个父源表达的印记基因。本研究利用生物信息学方法对牛DLK1基因进行了分子进化分析、基因和蛋白质结构分析并预测了其启动子和CpG岛区域。对7种动物DLK1基因mR NA序列的分子进化分析结果显示,牛与羊的遗传距离最小,亲缘关系最近。蛋白质在线分析软件表明,DLK1蛋白由信号肽、EGF结构域以及跨膜区组成。牛DLK1基因包含5个外显子,且存在多种可变剪切体。启动子在线软件预测,牛DLK1核心启动子可能位于该基因起始密码子上游1 790~1 840 bp处。预测结果表明,人、小鼠和牛三个物种DLK1潜在的核心启动子区所处的位置具有一致性,并且三个物种的启动子区DNA序列具有高度保守性。以上研究结果为进一步阐明牛DLK1基因的生物学功能及其印记调控机理提供了参考依据。
- 苏红蒙淑翠李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学
