国家自然科学基金(30471951)
- 作品数：2 被引量：14H指数：2
- 相关作者：钱耕荪屠红许丽金晏郭霞更多>>
- 相关机构：复旦大学上海交通大学东南大学更多>>
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- 相关领域：医药卫生更多>>
- 启东肝癌高发区乙肝病毒流行株全基因分析被引量：8
- 2007年
- 目的:通过对江苏启东地区乙型肝炎病毒(HBV)全基因序列的分析,探讨该地区肝癌高发的分子病毒学病因。方法:以蛋白酶K消化后,酚/氯仿抽提7例肝炎和7例肝癌患者血清中DNA。应用聚合酶链反应(PCR),扩增血清中HBV基因全长,克隆至T载体后行全自动测序。以PHYLIP软件构建的系统进化树判断HBV的基因型;以Clastal W软件对序列进行突变分析。结果:14例标本中有12例为C基因型,2例为B基因型。肝癌和肝炎组中HBV基因型类别分布无差异。有5例HBV发生了PreS2的缺失突变,其中肝癌标本4例(57.1%),肝炎标本仅1例(14.3%)。HBV基因组中常见的点突变为PreS1区的nt.3116及核心启动子区的nt.1762/1764,发生率高达78.6%(11/14)。与肝炎组相比,肝癌中点突变发生率显著增高的位点为前C区nt.1899 G→A的突变(P=0.01)及核心启动子区nt.1653 C→T的突变(P=0.05)。结论:启东地区HBV以C基因型为主;启东HBV基因组中可能存在着与肝癌相关的点突变和缺失突变。
- 郭霞金晏钱耕荪许丽屠红
- 关键词：肝肿瘤点突变
- 乙型肝炎病毒X基因区序列的系统发育树分析被引量：6
- 2005年
- 目的:研究利用乙型肝炎病毒X基因区序列构建系统发育树进行基因型分析的可靠性。方法:从美国NCBI基因库中下载HBV全基因序列共2 49条,其中166条为已知基因型的序列,83条为未知型序列。利用ClustalX 1.8软件和TreeView软件对已知基因型的X区序列构建进化树图,分析由该方法获得的基因型是否与原来的吻合,并对未知型序列进行基因型分析,再用S区的进化树分析加以验证。结果:已明确基因型的166条序列利用X基因区序列分析得到的基因型与原先的基因型完全吻合。用X区和S区序列分析方法对83条未知型序列分析的结果是一致的,分别获得A型16条、B型17条、C型2 7条、D型2 1条及F型2条,未发现E、G和H型。结论:利用乙型肝炎病毒X基因区序列进行基因型分析是完全可靠的,有助于HBV的致病机制研究。
- 张豪孙桂菊钱耕荪屠红
- 关键词：乙型肝炎病毒X基因型分析全基因序列NCBI进化树基因库
