国家自然科学基金(31271920)
- 作品数：7 被引量：9H指数：2
- 相关作者：王栋吴荣李鸣郭月更多>>
- 相关机构：江南大学上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划江苏省高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：生物学轻工技术与工程化学工程理学更多>>
- 华根霉蛋白质组双向电泳体系的建立及优化被引量：1
- 2015年
- 华根霉(Rhizopus chinensis CCTCC M201021)是从我国传统微生物载体——大曲中分离筛选得到的一株丝状真菌,具有重要的工业应用前景。为建立一种适于华根霉胞内蛋白质的双电泳体系以进行蛋白质组学研究,作者对华根霉胞内蛋白质的提取方法及双向电泳流程相关参数进行了考察和优化.确定采用液氮研磨与高速珠磨相结合的方法对华根霉进行细胞破碎,用TCA/丙酮对提取的蛋白质进行纯化,采用被动水化的上样方式上样,24 cm、pH 4～7的线性IPG胶条,上样量为1 200 μg蛋白质,考马斯亮蓝G-250股体染色法,最终得到了背景清晰、分辨率高的双向电泳图谱。
- 郑礼月王栋徐岩
- 关键词：华根霉双向电泳
- 华根霉脂肪酶有机相酯合成活性的重塑
- 2019年
- 研究了具有较高酯合成活性的华根霉膜相关脂肪酶及其沉淀酶蛋白的重折叠处理过程,发现膜成分及表面活性剂可能是影响其活性的关键因素.进一步考察了影响异源表达的可溶性华根霉脂肪酶r27RCL酯合成活性重塑的关键因子及作用阶段.研究结果表明,表面活性剂对脂肪酶的酯合成活性具有关键影响,直接添加表面活性剂可使酯合成活性显著提高.在7种不同表面活性剂中,两性离子表面活性剂LPC14将r27RCL的酯合成活性提高了5. 75倍.分子动力学模拟结果表明,在有机相反应中,表面活性剂的添加使脂肪酶催化三联体之间的氢键作用力得到加强,从而提高了脂肪酶的有机相酯合成能力.
- 张璋王栋王晓雷徐岩
- 关键词：表面活性剂脂肪酶分子动力学模拟
- 华根霉固态与液态培养产胞外蛋白的比较蛋白质组学分析被引量：2
- 2017年
- 【目的】考察固态和液态两种培养方式对丝状真菌华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021产胞外蛋白的影响,以加深对微生物固、液态培养特异性产酶的认识。【方法】利用成分相同的培养基对华根霉分别进行平板固态培养和液态培养,提取华根霉所产胞外蛋白,采用二维凝胶电泳(2-DE)结合质谱分析,分离鉴定差异蛋白。【结果】固态培养下华根霉所产胞外蛋白的蛋白酶活性是液态培养的9.2倍。胞外蛋白质组数据分析表明,华根霉固态和液态培养所产胞外蛋白存在显著差异,其中约70%是固态和液态培养下各自产生的特有蛋白。质谱鉴定进一步表明,固、液态培养对华根霉产胞外蛋白的种类和表达量都有显著影响,其中水解酶类所占比例较大,主要是与蛋白质降解相关的蛋白。【结论】固态和液态不同培养方式影响了华根霉产胞外蛋白的组成,有些基因只在特定培养方式下表达。固态培养下华根霉产胞外蛋白酶种类相对更多以及大部分蛋白酶的上调表达,可能是固态培养下胞外蛋白酶活性很高的原因。研究结果提示需要注意固液态不同培养方式下丝状真菌胞外酶的筛选和生产可能存在的不一致性。
- 蔡君王栋徐岩
- 关键词：华根霉
- 基于全基因组数据华根霉产真菌毒素分析被引量：3
- 2013年
- 【目的】在对中国传统优势浓香型白酒产业中重要功能微生物华根霉菌株CCTCCM201021全基因组测序的基础上,以生物信息学的方法和手段主要针对真菌毒素的合成代谢途径及关键基因进行分析,考察微生物在食品工业应用中的安全性。【方法】应用Illumina平台Solexa测序技术对华根霉进行基因组测序,运用SOAPdenovo组装软件进行拼接,并进行一系列生物信息分析,考察根霉素、小孢根霉素及典型丝状真菌毒素代谢的主要途径及相关基因,包括PKS、NRPS与PKS-NRPS混合代谢途径;萜类化合物代谢和其他代谢途径等,判断华根霉是否具有产真菌毒素的潜在危害性。【结果】测序结果表明华根霉全基因组大小为45.70 Mb左右,GC含量为36.99%。通过基因预测软件分析得到基因17 676个,共注释基因13 243个。通过进化树与同源基因比较分析,与目前基因组测序完成的仅有的3株接合菌基因组相比,序列相似性普遍偏低,与华根霉存在较为显著的差异,但同源基因的相似性在60%左右。代谢分析表明,华根霉中仅存在较少聚酮合成、萜类化合物合成途径代谢基因,存在大量异源物质降解途径基因。【结论】华根霉基本不具备产目前已知的真菌毒素的关键基因或合成能力,可以认为其发酵产品是相对安全的。在酿造过程中,不仅可作为糖化菌,在混菌发酵时,对部分具有抑菌能力的抗生物质具有降解功能,是发酵工业中应用的相对安全的重要生产菌。
- 吴荣王栋徐岩李鸣
- 关键词：华根霉基因组真菌毒素安全性
- 华根霉细胞总蛋白及膜蛋白双向电泳优化体系的建立被引量：1
- 2015年
- 分别针对丝状真菌华根霉细胞总蛋白和膜蛋白,比较了不同蛋白样品的提取方法及IPG胶条的p H梯度对2-DE结果的影响,获得了较优的双向电泳图谱,通过重复实验及蛋白点匹配分析,确定了不同方法的适用性。分别采用Ready PrepTMProtein Extraction Kit试剂盒和Triton X-100提取细胞总蛋白和膜蛋白,利用p H 3~10非线性IPG胶条,可获得相应蛋白点数较多、分辨度高、较清晰、重复性好的华根霉细胞总蛋白和膜蛋白2-DE图谱。利用PDQuest 8.0.1软件分析,细胞总蛋白重复样品间和膜蛋白重复样品间的蛋白斑点匹配度分别达到87%和94%。该研究为华根霉及其他相关微生物蛋白质组学研究奠定了技术基础。
- 郭月王栋徐岩
- 关键词：华根霉双向电泳总蛋白膜蛋白
- 表面活性剂对华根霉脂肪酶有机相酯合成活性的激活被引量：1
- 2018年
- 利用表面活性剂结合无机盐与华根霉(Rhizopus chinensis)脂肪酶(RCL)共冻干,以提高RCL在有机相中的酯合成活性.结果表明,n-十二烷基-β-D-麦芽糖苷(DDM)可以显著激活RCL的酯合成活性.DDM激活效果的关键影响因素是DDM与RCL的摩尔比,而非DDM浓度;当二者摩尔比大于30时,RCL酯合成活性随着该比值的增大而提高.此外,添加适量无机盐可以进一步强化DDM对脂肪酶酯合成活性的激活效果.利用激活的RCL分别在有机溶剂和无溶剂体系中催化生物香料己酸乙酯和生物柴油油酸乙酯的合成,酯合成效率得到明显提高,表明该方法的有效性和适用性.
- 杨一涵王栋张璋徐岩
- 关键词：表面活性剂脂肪酶无机盐
- 华根霉液态培养生产脂肪酶不同形态菌体的转录组差异分析被引量：4
- 2018年
- 【背景】作为发酵工业中一类重要的生产菌株,丝状真菌目的产物的形成与菌体形态有着紧密的联系。华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021是从我国传统酿造浓香型白酒大曲中筛选到的一株丝状真菌,其生成的包括脂肪酶在内的酶蛋白具有较高的工业应用价值。【目的】华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021在脂肪酶液态发酵中形成两种不同形态菌体,发酵表现差异明显。本研究考察华根霉不同菌体形态及其细胞代谢在转录组水平的内在差异。【方法】基于RNA-Seq高通量转录组测序,分别对液态培养获得的不同形态华根霉菌体高表达和显著差异表达的转录基因进行功能分析。【结果】两种形态菌体转录组存在明显的差异。利用RPKM值对表达量最高的前20个基因进行分析,聚集态菌体高表达基因主要为不同类别的核糖体蛋白,而分散态菌体中与细胞形态相关的几丁质酶及与信号传导相关的基因也是高表达基因。在两种形态菌体显著差异表达的20个基因中,除了涉及代谢的基因有明显不同外,分散态菌体中也有一些涉及"细胞过程与信号"的基因上调表达显著。两种形态菌体中独有表达基因总体表达量均较低,但聚集态菌体独有表达基因在基因种类和表达量上都要明显高于分散态菌体。同时,转录分析表明,华根霉脂肪酶在聚集菌体中较高的生产水平与脂肪酶基因的高水平转录有关。【结论】菌体形态的差异显著影响了华根霉的转录组,不仅不同形态菌体高表达基因和显著差异表达基因有明显不同,而且功能相同的蛋白在不同菌体形态下也多是由不同基因表达,它们可能承担着不同的作用。总体而言,华根霉聚集态菌体中存在更为复杂的生理过程,而分散菌体中受到信号的传导和调控似乎更多。菌体形态的改变可能是细胞分化的结果,伴随着菌体对细胞微环境改变的一种�
- 范凯王栋徐岩
- 关键词：华根霉菌体形态转录组脂肪酶
