国家自然科学基金(31260029)
- 作品数：9 被引量：30H指数：4
- 相关作者：康颖倩王颜颜刘涛华明春艳吕倩更多>>
- 相关机构：贵州医科大学贵阳医学院贵阳市公共卫生救治中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金贵州省国际科技合作计划贵州省社会发展科技攻关计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学轻工技术与工程更多>>
- 16SrRNA和secA1基因构建临床诺卡菌的系统发育树比较被引量：5
- 2017年
- 目的:比较16S rRNA和secA1基因构建诺卡菌分属Nocardia wallacei、Nocardia farcinica、Nocardia cyriacigeorgica及Nocardia otitidiscaviarum4个种系统发育树的多样性。方法:将8株临床分离的诺卡菌菌株分别接种于脑心浸出液琼脂培养基分离培养,观察其生长情况;提取细菌DNA,采用聚合酶链式反应扩增其16S rRNA和secA1基因序列并测序,所获序列与NCBI数据库进行BLAST比对,鉴定其菌种名;选取本研究鉴定的4个属共有的40个有效发表种及本研究分离的8株诺卡菌菌株的种,通过邻接法、最大似然法分别构建16S rRNA和secA1基因序列的系统发育树并比较。结果:本研究所收集的诺卡菌分属Nocardia wallacei、Nocardia farcinica、Nocardia cyriacigeorgica及Nocardia otitidiscaviarum 4个种,且Nocardia wallacei、Nocardia farcinica及Nocardia cyriacigeorgica基于secA1基因构建的系统发育树较16S rRNA在种内菌株亲缘关系的分化差异程度高及分类多样性多(P<0.05),而Nocardia otitidiscaviarum的分化程度和分类多样性在16S rRNA和secA1基因构建的系统发育树间差异无统计学意义(P>0.05)。结论:secA1基因用于诺卡菌种群的系统发育分析和分子进化的研究,较16S rRNA具有高度分辨率的优势。
- 王颜颜夏茂宁欧维正黄劲明春艳刘涛华吕倩周兵康颖倩
- 关键词：放线菌属发育生物学诺卡菌RRNA基因A1基因
- 粪肠球菌导致两例新生儿肠炎的病原学分析
- 目的通过形态学及分子生物学方法分离及鉴定贵阳某医院新生儿科病房新生儿便血中的病原菌,结合医院诊断,分析新生儿便血原因,辅助临床诊断与治疗:方法1.直接标本涂片镜检观察鉴定;2.采用营养肉汤培养基富集培养,通过形态学观察结...
- 牟丽丽王颜颜刘涛华吕倩金方康颖倩
- 关键词：粪肠球菌耐药
- 文献传递
- 云贵地区淡水湖中类蛭弧菌的多样性分析
- 目的对云贵地区阿哈湖、百花湖及云南滇池不同深度的湖水中分离的类蛭弧菌进行分类鉴定,深入了解云贵地区淡水中类蛭弧菌多样性,发掘研究云贵地区的淡水类蛭弧菌资源。方法①利用筛选出的2株宿主菌株分离培养类蛭弧菌;②对分离出的类蛭...
- 刘涛华曾佳金方陈玉如牟丽丽吕倩王颜颜康颖倩
- 关键词：系统发育树多样性
- 文献传递
- 新生隐球菌毒力差异菌株的全基因组测序及毒力相关基因的筛选被引量：1
- 2016年
- 目的了解及分析新生隐球菌格鲁比变种（Cryptococcus neoformans var grubii）两组毒力差异明显的多位点微卫星型（multilocus microsatellite typing，MLMT）菌株的全基因组序列，筛选出引起其毒力差异的相关基因。方法选取毒力差异最为明显的不同基因型菌株各1株进行全基因组重测序，运用比较基因组学方法全面分析测序结果，使用非同义SNPs（non-synonymous SNPs，nsSNPs）、无义突变SNPs、产生移码突变InDels的策略广泛筛选差异基因。对筛选出的基因在所有实验菌株中进行DNA测序验证，并提取总RNA，采用快速扩增5’和3’cDNA末端（rapidamplificationof5’and3’cDNAends，RACE）技术，克隆后测序获得对应基因的完整cDNA全长序列信息。结果通过全基因组重测序，环境株IFM56731和临床株IFM56800均分别获得127倍和111倍覆盖率的有效数据。分别对SNPs和InDels数据进行统计分析，应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDel分别筛选出3个差异基因。对筛选出的6个基因在所有实验菌株中进行扩增测序，并对其中3个基因进行cDNA的测序分析，最终确定基因CNAG_01032的转录序列位置和结构，并验证了预测的无义突变位点存在于实际的mRNA中。结论本研究通过全基因重测序数据分析证明，应用无义突变SNPs和产生移码突变的InDels进行差异基因筛选的策略具有较好针对性，并筛选出6个潜在与毒力相关的基因，通过对所有实验菌株的测序和对全长cDNA的测序验证，最终筛选出基因CNAG一01032为可能引起菌株毒力差异的基因。
- 刘涛华王颜颜陈玉如赵亮吕倩牟丽丽康颖倩
- 关键词：全基因序列分析毒力
- 贵阳市某医院非结核分枝杆菌流行状况分析被引量：5
- 2017年
- 目的:了解2012-2013年贵阳市非结核分枝杆菌(NTM)的流行情况。方法:对贵阳市某医院2012-2013年就诊的可疑结核病患者进行分枝杆菌的培养鉴定,采用PCR-荧光探针及基因芯片法进行鉴定,并对相关结果进行分析。结果:1 500例患者经分离培养和PCR-荧光探针及基因芯片法鉴定为结核分枝杆菌感染的1 469例,鉴定为NTM感染的31例,占2.06%,其中8株为鸟分枝杆菌,10株为胞内分枝杆菌,9株为龟或脓肿分枝杆菌,偶然分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌及蟾蜍分枝杆菌各1株,分别占NTM 25.80%、32.25%、29.03%、3.23%、3.23%、3.23%、3.23%;NTM感染的阳性患者中,男女比例为1.21∶1,30~59岁年龄段占61.29%;不同性别的感染高峰年龄段不同,男性以75~89岁、女性则以45~59岁年龄段。结论:贵阳市存在一定比例的NTM菌感染,以鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、龟/脓肿分枝杆菌为主。
- 王颜颜欧维正夏茂宁黄劲秦万蒙俊王明栋明春艳康颖倩
- 关键词：菌种鉴定基因芯片
- 贵州地区感染外阴阴道念珠菌病的白念珠菌微卫星多态性研究被引量：1
- 2014年
- 目的：调查贵州地区感染外阴阴道念珠菌病（ vulvovaginal candidiasis ， VVC）的白念珠菌CAI区微卫星基因型分布及其与当地VVC流行病学之间的关系。方法收集贵州地区90株引起VVC的白念珠菌菌株，对其进行CAI区单链构象多态性（ single strand conformation polymorphism ， SS-CP）及GeneScan分析，对贵州地区VVC患者白念珠菌进行了基于CAI区微卫星分型，运用SPSS19．0软件对分离的白念珠菌进行基因多态性及聚类分析，并采用logistic 回归模型分析白念珠菌CAI区微卫星基因型分布与VVC的关系。结果90株VVC来源的白念珠菌中共有27种CAI-SSCP 图谱，结合GeneScan 分析结果证实为27种基因型，3种主要优势基因型30-45、32-46、30-46以及其他7种与其非常接近的基因型共63株，占70．0％；聚类分析将贵州地区白念珠菌分为3个群系（ ClusterⅠ～ClusterⅢ），其中优势基因型全部聚类为Cluster Ⅱ；logistic 回归分析显示，白念珠菌优势基因型对VVC具有高危险度比值比（OR＝4．3）。结论贵州地区感染VVC的白念珠菌的CAI基因型呈明显的优势分布，这些优势基因型与贵州地区VVC的发生高度相关。
- 王梅竹曹煜徐小珊张佩芳牟丽丽白逢彦康颖倩
- 关键词：单链构象多态性分析白念珠菌基因分型
- 中国东海海水中弧菌的分离鉴定及耐药性分析被引量：5
- 2018年
- 目的:对中国东海海水进行细菌分离,为东海海水中微生物的鉴定及抗生素的合理使用提供理论依据。方法:对取自中国东海海岸线(约北纬30°、东经118°)水域海水样品进行分离纯化,扩增分离菌株,将分离得到的菌株采用Chelex法提取DNA,并进行16S rRNA基因序列测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,确认分离得到弧菌菌株的分类地位,同时分离的弧菌属菌株和弧菌属常见致病菌株进行耐药性比对分析。结果:从中国东海海岸线水域的海水样品中分离得到2株弧菌属菌株DH-1和DH-2,分子学分析鉴定DH-1为Vibrio marisflavi,DH-2为Vibrio hangzhouensis;经抗生素试验比对,海水分离的弧菌属菌株与副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌等常见的临床致病菌株对某些抗生素具有相同程度的耐药性。结论:分离的弧菌菌株具有较强的耐药性。
- 孟俞辰牛雪可邱文王颜颜兰咏哲张笑娟明春艳明春艳廖万清康颖倩
- 关键词：弧菌耐药性抗生素系统发育树RRNA基因
- 猪圈发酵床中细菌的分离鉴定及其特征研究
- 2018年
- 目的:研究猪圈发酵床分离细菌的系统发育树及生理生化特征。方法:采用R2A培养基对猪发酵床上层垫料进行分离菌株培养,将培养得到的单个菌落培养于固体培养基中,获得纯培养菌株;肉眼观察培养基中细菌的生长情况,电镜下观察细菌的形态、大小和排列特点,采用16S rRNA基因序列扩增、测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,将分离到的猪圈发酵床中的细菌与文献中获知的初期发酵床优势细菌的标准菌株进行生理生化特征的比对。结果:在R2A培养基中分离得到3株细菌SZDIS-1-1、GZDIS-1和SZDIS-2,鉴定为微杆菌属细菌;与文献中获知的4种标准菌株一样,培养得到的3种细菌镜下均为杆状,过氧化氢酶、吲哚试验均为阴性,能够利用麦芽糖作为生长碳源;药敏试验显示,分离得到的3株细菌对阿米卡星、头孢呋辛、利福平、妥布霉素、青霉素和环丙沙星等抗生素比较敏感,其中头孢呋辛抑菌效果最佳。结论:在猪圈发酵床首次分离得到3株菌株,并构建系统发育树。
- 孟俞辰牛雪可邱文王颜颜兰咏哲张笑娟明春艳明春艳廖万清康颖倩
- 关键词：抗生素敏感系统发育树RRNA基因微生物多样性
- 贵州地区149株白念珠菌25S rDNA基因分型和抗真菌药物敏感性研究
- 目的探讨贵州地区不同来源的临床白念珠菌25S rDNA基因分型与抗真菌药物敏感性的关系。方法本研究收集贵州地区156株形态学鉴定为白念珠菌的菌株,通过ITS基因扩增进行进一步鉴定,采用PCR方法扩增白念珠菌25S rDN...
- 王颜颜王梅竹牟丽丽刘涛华金方李小玲吕倩康颖倩
- 关键词：基因型药敏实验耐药性
- 文献传递
- 贵州地区土壤中需氧放线菌的分离鉴定被引量：9
- 2015年
- 为了解贵州土壤需氧放线菌的分布特点、系统发育和物种多样性,采集贵州贵阳、遵义、安顺、铜仁、毕节、黔南、六盘水、黔东南、黔西南9个区域的农耕地、湿地、森林3个类型土壤标本进行需氧放线菌的分离纯化,扩增其16SrDNA基因序列后在GenBank中进行Blast比对分析,并以邻接法构建系统发育树。结果表明:在贵州9个区域108份土壤中分离出173株需氧放线菌,其中链霉菌属(Streptomyces)165株、北里孢菌属(Kitasatospora.)5株、诺卡氏菌属(Nocardioides)2株,在遵义农耕地土壤中分离出链霉菌属潜在新种1株(GYM8-3)。贵州土壤需氧放线菌主要为链霉菌属,在种间水平上存在分类多样性和地域差异性。
- 金方刘涛华牟丽丽吕倩王颜颜康颖倩
- 关键词：链霉菌土壤
