目的了解宁夏回族自治区2009年手足口病(Hand,Foodand Mouth Disease,HFMD)流行的病原,探讨病毒分离与逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)两种方法敏感性的差别。方法采集HFMD患者的疱疹液、粪便、咽拭子标本,进行病毒分离;同时用肠道病毒(Entervirus,EV)通用引物和EV71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsakievirus Group A Type16,CA16)特异性引物进行RT-PCR鉴定。结果在采集到标本的344例患者,经检测证实EV71感染的有66例,占总阳性的43.42%;CA1625例,占总阳性的16.45%;其他EV61例,占总阳性的40.13%。病毒分离与RT-PCR两种方法检出率的差异无统计学意义。结论引起宁夏回族自治区2009年HFMD主要病原是EV71。两种方法检测HFMD敏感性一致。