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栀子和地黄环烯醚萜类成分抗炎作用的虚拟评价被引量：17: 2009年; 目的研究理论评价方法的合理性,对栀子和地黄内所含的环烯醚萜类化合物的抗炎作用可能机制进行虚拟评价。方法选择炎症相关的39个受体晶体结构,利用Schrdinger软件计算小分子、受体活性位点的描述指标和对接结果,考察对接得分中的非特异成分。结果配体的非特异得分与其分子特征描述符存在明显的相关性,主要包括chilv_C、PEOE_VSA-5、SlogP_VSA3、SlogP_VSA5 4个指标。分子经过评价后发现代号为M7、M9、M11的环烯醚萜类化合物与抗炎类受体双特异性促分裂原活化蛋白激酶的结合较好。结论阐明了分子特征描述符与非特异性得分的相关性模型,提出了选择性作用的分级评价标准,揭示了部分环烯醚萜类成分可能的机制。; 邢洁徐为人刘鹏刘冰妮符海霞刘巍王玉丽汤立达; 关键词：栀子地黄环烯醚萜类抗炎作用

黄酮苷元类与表皮生长因子受体结合模式的理论研究被引量：4: 2009年; 目的:利用对接方法对黄酮苷元类与表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)结合模式和能力进行研究,以阐明黄酮苷元类生物活性作用的理论基础。方法:从RCSB Protein Data Bank数据库检索受体表皮生长因子受体晶体结构,收集黄酮苷元类配体,用Schrodinger 8.0软件对受体和配体进行对接计算,分析受体和配体的作用模式和对接分数。结果:EGFR和黄酮苷元类配体能够较好对接,其作用模式大致分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3种,结合能力强的配体在活性结合位点可见氢键形成和亲脂基团,5、7位和4′位的取代对结合模式的影响较大。3、7、3′、4′位的取代的变化对结合能力影响较大。结论:黄酮苷元类化合物存在与EGFR较好的结合,其中可能有选择性和多靶标的EGFR抑制剂存在,其取代位置和方式可以影响结合模式和能力,对于研究黄酮苷元类抗肿瘤药物具有参考价值。; 刘鹏王晶晶徐为人刘巍刘冰妮汤立达; 关键词：表皮生长因子受体

查尔酮类衍生物活性作用的虚拟评价被引量：5: 2009年; 目的:利用理论对接方法对查尔酮类衍生物的可能活性作用进行虚拟评价。方法:选取12个查尔酮类衍生物,收集现有常见靶标的晶体结构,利用Schrdinger软件进行计算,估算测试分子的非特异性对接得分,以分级标准评价选择性。结果:查尔酮类衍生物的选择性靶标涉及癌症、糖脂代谢紊乱、心血管疾病、炎症等。结论:虚拟评价发现的查尔酮类衍生物的活性作用与文献报道相符,该技术具有较大的实用性,本研究为利用理论手段研究中药成分的作用机制进行了有益的尝试。; 刘巍邢洁徐为人刘鹏刘冰妮李祎亮汤立达; 关键词：生物活性查尔酮分子对接靶标

β-环糊精对黄酮类结构包合作用的理论研究被引量：14: 2008年; 目的研究β-环糊精对黄酮类结构的包合规律。方法以β-环糊精的晶体结构为受体,以各种不同的羟基和甲氧基取代的黄酮为配体,在OPLAS2001分子力场下经过优化后,以对接方法研究包合作用。结果黄酮母核的R1和R4基团较小的氢有利于形成包合,主要以苯并吡喃双环进入β-环糊精空腔;R5或R9为羟基取代有利于形成包合,主要以苯并吡喃双环进入β-环糊精空腔。R6或R8取代越大越不利于形成包合物。结论黄酮母核上不同的羟基和甲氧基取代可以明显影响β-环糊精包合的形成和包合的方式。; 任晓文王玉丽张士俊刘巍刘冰妮汤立达徐为人; 关键词：黄酮 Β-环糊精包合作用

栀子环烯醚萜类成分活性作用的虚拟评价被引量：8: 2009年; 目的利用理论对接方法对栀子中环烯醚萜类成分的可能活性进行虚拟评价。方法选取6个栀子环烯醚萜类成分,收集现有常见靶标的晶体结构,利用Schro¨dinger软件进行计算,以分级标准评价选择性。结果环烯醚萜类的选择性靶标涉及癌症、炎症、肺结核、阿尔茨海默痴、痴呆、糖尿病、哮喘、慢性阻塞性肺疾病、心衰、高血压、自身免疫疾病、抑郁症、疟疾等疾病。糖基对于环烯醚萜类的作用具有重要影响,饱和五元环对于提高选择性具有较大意义。结论虚拟评价发现的环烯醚萜苷的活性作用与报道的实验结果吻合较好,表明该技术具有较大的实用性,本研究为利用理论手段研究中药的作用机制进行了有益的尝试。; 符海霞刘鹏王玉丽邢洁刘冰妮徐为人汤立达; 关键词：栀子环烯醚萜类

羟丙基-β-环糊精对苯基丙烯酸类结构包合作用的理论研究被引量：3: 2009年; 目的研究不同的羟丙基取代模式对环糊精包合苯基丙烯酸类结构的影响。方法分别以β-环糊精和6位4取代的羟丙基-β-环糊精结构为受体,以各种不同羟基或甲氧基取代的苯基丙烯酸类结构为配体,在OPLAS2005分子力场下经过优化后,以对接方法研究包合作用。结果β-环糊精结构中羟丙基分别在R1R2R3R4、R1R2R3R5、R1R2R4R5位取代时,有利于包合物的形成;羟丙基在R1R2R4R6位取代时,不利于包合物的形成。苯基丙烯酸结构中苯环上取代基数目越多、取代基分子越大,越不利于包合物的形成。结论羟丙基-β-环糊精羟丙基的取代位置和苯基丙烯酸母核结构上羟基取代位置的不同可以明显影响包合的形成和包合的方式。; 王博任晓文徐为人王玮汤立达; 关键词：羟丙基-Β-环糊精包合作用

黄酮苷类与表皮生长因子受体结合模式的理论研究被引量：5: 2009年; 目的利用对接方法对黄酮苷类与表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)结合模式和能力进行理论研究。方法从RCSB Protein数据库检索EGFR晶体结构为受体,收集黄酮苷类配体,用Schrodinger 8.0软件对受体和配体进行对接计算,分析其作用模式和对接分数。结果EGFR和黄酮苷类配体能够较好对接,其作用模式大致分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3种,3位和2′位的取代对结合模式的影响较大,3、5、7、4′位取代的变化对结合能力影响较大。结论黄酮苷类化合物存在与EGFR较好的结合,其中可能有选择性和多靶标的EGFR抑制剂存在,其取代位置和方式可以影响结合模式和能力,对于研究黄酮苷类抗肿瘤药物具有参考价值。; 王晶晶刘巍徐为人刘鹏刘冰妮汤立达; 关键词：黄酮苷表皮生长因子受体

连翘苷D和凝血因子Xa相互作用的分子动力学模拟被引量：1: 2009年; 目的阐明连翘苷D(FTD)与凝血因子Xa(FXa)活性位点的动态相互作用过程,为设计新药提供参考依据。方法利用FXa蛋白与其原始配体(RPR)的合理复合物结构作参照物,通过对接获得了FTD与FXa的复合结构。采用分子动力学方法模拟了两个复合物在水溶液中500 ps运动轨迹,考察配体与受体在动态相互作用过程中的变化过程。结果RPR依靠氢键作用与受体S1区域和中间部保持稳定的匹配状态,以非极性的芳香基与S4区域(Tyr99、Phe174、Trp215)形成了很好的空间匹配。FTD与受体相互作用方式不同,与受体的S1区域作用较弱,相对而言与S4区域及中间部的作用较强,导致在相互作用的过程中被受体排斥出来。结论通过配体与受体动态相互作用模拟研究表明,作为FXa的抑制剂与受体S1区结合的部分结构应该相对刚性,能与受体形成较强的氢键,在S4区需要一定的疏水性和芳香性,在中间部分需要一定量的氢键来帮助固定配体。; 金丽媛张士俊刘冰妮徐为人刘巍刘鹏汤立达; 关键词：凝血因子XA 分子动力学

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