博士科研启动基金(swu110059)
- 作品数：3 被引量：23H指数：3
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- 桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析被引量：18
- 2011年
- 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。
- 陈仁芳张泽唐洲余茂德徐立王茜玲
- 关键词：桑属进化关系
- 基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间被引量：4
- 2012年
- 云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。
- 陈仁芳陈祥平范小敏陈家元刘泽听虞志伟
- 关键词：桑属亲缘关系
- 基于ITS标记分析湖北省收集桑种质资源的亲缘关系被引量：3
- 2013年
- 利用ITS标记从分子水平探讨湖北省境内收集的5个野生桑种、1个栽培桑种、1个变种共17份桑种质资源与外省区的6份桑种质资源之间的亲缘关系,为发掘和利用该地区特有的桑种质资源打下基础。结果表明,基于ITS标记的系统进化树与经典分类方法的结果接近,其中湖北省的4份华桑与四川省的川桑有较近的亲缘关系,同在一个分支;收集的3份蒙桑、1份变种鬼桑、1份鸡桑、5份白桑、1份山桑与广东桑、浙江省的瑞穗桑、云南省的滇桑之间有较近的亲缘关系,并与收集的2份长穗桑以及来自广西的钦州长果桑同在一个分支。利用DnaSP软件分析供试桑种质材料的ITS序列核苷酸多样性,符合被子植物ITS致同进化(concerted evolution)规律,变异主要发生在ITS1。利用AMOVA分析供试桑种质材料的遗传变异主要发生在种间,种间遗传变异率为79.49%,种内遗传变异率为20.51%(P<0.001)。分布于湖北省的桑种质资源处于抗寒屏障范围,是桑属植物迁移到此地后形成的类群。
- 陈仁芳胡仁俊李萤沈曦彤胡兴明叶楚华
- 关键词：亲缘关系迁移
