“十一五”国家科技支撑计划(2006BAD04A10-6)
- 作品数：3 被引量：7H指数：2
- 相关作者：周荣艳李兰会李祥龙李东锋冯付军更多>>
- 相关机构：河北农业大学玉田县畜牧水产局更多>>
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- 相关领域：农业科学更多>>
- 不同物种FOXL2基因的生物信息学分析被引量：3
- 2009年
- 为了从核苷酸序列及氨基酸序列两方面对叉头框L2(Forkhead boxL2,FOXL2)做初步系统的研究及指导后续的试验工作,试验采用BioEdit7.0.5、DanSP 4.0等软件对来自22个物种的43条FOXL2 CDS序列及其相应氨基酸序列进行了生物信息学分析。结果表明:检测到的260个多态位点中有61个单一多态位点,199个简约多态位点;哺乳动物中(除DQ089671、DQ089672个体外)都以TGA作为终止密码子,氨基酸序列间的相似性高达96%,氨基酸C-端低复杂性区域明显多于非哺乳动物;非哺乳动物氨基酸序列中不含多聚丙氨酸束、甘氨酸重复区及脯氨酸重复区;基序分析发现了10个高度保守位点,可能是蛋白的功能位点。
- 张晶晶李祥龙周荣艳李兰会郑会芹
- 关键词：生物信息学分析
- 猪牛基因组中长散布元件研究被引量：1
- 2010年
- 本研究旨在探索L1(Long Interspersed Nucleotide Element 1)和RTE(Retrotransposable Element)在牛和猪基因组中的分布、起源及传递方式和相互间作用。使用软件Repeat Masker和Censor探测了牛和猪基因组中L1和RTE的含量及在各条染色体上的分布。结果,L1在牛和猪基因组中的平均含量分别为7.89%和10.64%,平均长度分别为529和608 bp;RTE在牛基因组中的平均含量为11.83%,平均长度为433 bp。猪基因组未发现RTE序列。牛和猪基因组中的L1共有序列各自分为6个家族和14个亚族。牛和猪基因组中的L1含量均随着染色体GC含量的升高而降低,牛基因组中的RTE含量也呈此变化趋势。牛基因组中RTE序列不是从祖先物种纵向传递而来,而是通过横向传递来源于其它未知物种。牛和猪的L1内部、牛RTE内部以及牛基因组中L1和RTE之间存在选择性进化现象。
- 李东锋李祥龙周荣艳李兰会
- 关键词：L1RTE
- 无角山羊间性综合征缺失片段的序列特征被引量：3
- 2008年
- 一段长约11.7 kb的片段缺失导致山羊无角和间性突变,称为无角间性综合征（Polled Intersex Syndrome,PIS）。通过对该缺失片段（AF404302）内4个重复序列（1~3120 bp,3988~4565 bp,4989~7088 bp,7875~9135 bp）的结构分析,发现其右侧一段属于LINE-1家族的L1M3分支（7875~9135 bp）,另3段均属于RTE家族的BDDF分支。以缺失片段内两段逆转录酶结构域的全长蛋白序列为参考对NCBI网站牛基因组数据库进行tblastn,并与得到的56条共有序列构建进化树,以此树为基础推断PIS缺失区域大约形成于（22.5~30）百万年前,正好是牛科动物分化趋异的年代,结合其他证据认为该调控方式可能只存在于牛科动物中。该发现也为PIS区域作用机理和non-LTR的竞争学说提供了证据。
- 李东锋周荣艳李祥龙李兰会冯付军徐厚刚
- 关键词：RTE
