云南省科技计划项目(2013FZ136)
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 相关作者：潘玥朱艳菊马绍辉陈俊英刘建生更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院更多>>
- 发文基金：云南省科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 一株埃可病毒12型病毒分离鉴定及其VP1基因特征分析被引量：1
- 2013年
- 目的分离并鉴定2010年昆明市无菌性脑膜炎的病原埃可病毒12型（ECH012）病毒株F343／KM／2010，分析其VP1基因遗传特征，为病毒性脑炎的防控提供科学依据。方法采用RD细胞和Hep-2细胞对15份疑似无菌性脑膜炎患者粪便样品进行分离，经微量中和试验对该分离株进行鉴定，通过RT—PCR法扩增病毒VP1基因和测序，并采用MEGA5．05等软件进行进化树和同源性分析。结果9份样品出现细胞病变效应，其中F343／KM／2010分离株经微量中和试验定型为ECH012病毒；经RTPCR法扩增获得873bp的VP1基因，与国内外11株ECH012病毒分离株核苷酸和氨基酸的同源性为81．4％～92．8％和97．6％～99．3％，其中与国内分离株的核苷酸和氨基酸同源性为89．5％～92．8％和98．3%～99．5％。F343／KM／2010株与原型株Travis比较在氨基酸上有8个位点发生突变，而与中国株比较主要在第288位点上发生了突变。在进化树上与国内分离株属于同一个分支，而国外分离株分属其他两个不同的分支。结论F343／KM／2010分离株为肠道病毒ECHO12病毒，与中国其他分离株同属一个分支。
- 王丽春潘玥邵聪文朱艳菊周竞贤张云昆朱云马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 基于定型肠道病毒VP1基因的不同巢式或半巢式PCR评价被引量：4
- 2014年
- 目的评价三组基于肠道病毒定型的VP1基因的不同巢式或半巢式PCR方法,建立一种快速、灵敏的分子检测方法用于直接检测临床样品。方法从文献中选出目前常用三组引物,外加一对针对B群肠道病毒改良引物。对代表A群肠道病毒的CVA16毒株和代表B群肠道病毒的CVB5和ECHO20三个毒株分别进行连续10倍稀释至10^-7,对稀释度为10^-3~10^-7的病毒株进行巢式或半巢式PCR。对20份手足口病（HFMD）患儿的粪便样品和16份病毒性脑炎的脑脊液样品进行巢式或半巢式PCR。结果所选三组引物均能检测2.50CCID50/ml CA16病毒;在CVB5和ECHO20检测中,Leitch等设计的引物灵敏度最高,即能够检测含1.12CCID50/ml和1.00CCID50/ml的病毒。在粪便临床样品检测中,Iturriza-Gómara等设计的引物阳性率最高,其中A群肠道病毒检测率为55.0%（11/20）,B群为10.0%（2/20）;而Leitch等设计的引物检测率则为A群为15.0%（3/20）,B群为45.0%（9/20）,其次为Nix等设计的引物检测率为45.0%（其中A群为30.0%,B群为15.0%）,改良的引物为20.0%（4/20）。但脑脊液样品仅有Leitch等设计引物检出,而检出率仅为6.25%（1/16）。结论 Iturriza-Gómara等设计的A群肠道病毒的引物和Leitch等设计的B群的引物组合检测临床样品最佳。
- 朱艳菊潘玥陈俊英刘建生马绍辉
- 关键词：肠道病毒引物PCRVP1基因
