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Simulated annealing algorithm for detecting graph isomorphism被引量：4: 2008年; Evolutionary computation techniques have mostly been used to solve various optimization problems, and it is well known that graph isomorphism problem （GIP） is a nondeterministic polynomial problem. A simulated annealing （SA） algorithm for detecting graph isomorphism is proposed, and the proposed SA algorithm is well suited to deal with random graphs with large size. To verify the validity of the proposed SA algorithm, simulations are performed on three pairs of small graphs and four pairs of large random graphs with edge densities 0.5, 0.1, and 0.01, respectively. The simulation results show that the proposed SA algorithm can detect graph isomorphism with a high probability.; Geng Xiutang Zhang Kai

基于DNA计算的分子下推自动机(英文): 2008年; DNA分子计算的工作原理是对生物系统进行编码,以生物化学反应为基础,利用生物技术实现生物系统的状态转移来推进计算过程.2001年以色列的Yaakov Benenson等人在基于DNA计算的发卡模型实现了具有状态转移功能的分子有限状态自动机,国内则有利用DNA计算的方法构造可编程分子下推存储器的相关研究.该存储器基于分子自动机的原理,能按一定逻辑进行自组装,是一种纳米尺度的生物存储机构.文中首先通过在分子有限自动机上扩展一个分子下推存储器从而获得了一种简单的分子下推自动机,并基于该下推自动机提出了一类语言的分子自动机解法.接着提出了两种改进的分子下推自动机的模型,通过增加模型复杂度,分别解决了基本型分子下推自动机存在输入字符串限制和输入分子形式不统一的问题.计算理论表明,该种下推自动机的计算能力超过了已有的有限自动机.; 张征刘洁石晓龙; 关键词：DNA计算

用于信息加密的分子自动机的编码研究: 2007年; 利用DNA计算的方法构造的分子自动机是一种纳米尺度的计算机构,它能在纳米尺度进行高度并行的逻辑、推理等运算,从而实现自动机的功能,是一种DNA计算和纳米计算的新模型。由于有限自动机可以用于信息加密和解密,因此分子有限自动机也可以实现类似的功能。通过对分子有限自动机进行合理的编码,可实现一种新型信息加密和解密的方法。; 张征刘洁; 关键词：信息加密 DNA计算

脉冲神经膜计算系统的研究进展及展望(英文)被引量：14: 2008年; 脉冲神经膜计算系统是膜计算的一个新分支,不仅具有计算机科学研究意义,而且在生物建模和仿真方面有潜在的应用价值.文中介绍了脉冲神经膜计算系统的基本概念并给出了脉冲神经膜计算系统的一个例子;除了介绍标准脉冲神经膜计算系统外,还介绍若干广义的脉冲神经膜计算系统;概述了脉冲神经膜计算系统计算完备性和计算有效性两个方面的主要结果;指出了进一步研究脉冲神经膜计算系统的两个方向.; 潘林强张兴义曾湘祥汪隽; 关键词：自然计算

基于DNA计算自组装模型的Diffie-Hellman算法破译(英文)被引量：4: 2008年; DNA自组装计算模型是近年来引人关注的计算模型,已有基于自组装模型的二进制加法、乘法以及有限域中的加法和乘法的讨论.文中利用DNA自组装模型设计的模乘系统,实现了素数p的本原根g连续乘方后模p的数的排列,从而可以在线性时间内求解离散对数,为破译Diffie-Hellman密钥交换算法提供了新的生物方法.该模乘系统使用了Θ(p)种自组装类型,组装的时间复杂度为Θ(p-1).系统最后组装结果提取出报告链后,经过PCR和凝胶电泳读取离散对数结果.该模型扩展了DNA自组装计算模型的应用,为求取离散对数提供了新思路.; 陈智华; 关键词：DNA计算离散对数 PCR

General nucleic acid sequence design using implicit enumeration: The design of DNA and RNA sequences is an important area of research in fields such as gene microarrays,gene c...; Zhang Kai

Protein secondary structure predict based on the path with the maximum weight: Graph theory plays a key role in the field of prediction of protein structure.In this paper,we proposed a new ...; Liang Luo Department of Control Science and Engineering

Solving the 0-1 Multi-objective Knapsack Problem Using Self-assembly of DNA Tiles: Recently,many researchers have demonstrated that computation by DNA tile self-assembly may be scalable and it ...; Zhen Cheng1

Deterministic Algorithm for the Reordering Problem Using Tile Assembly: Algorithmic self-assembly,a generalization of crystal growth,has been proposed as a mechanism for the bottom-u...; Yufang Huang2

A Weakly Universal Spiking Neural P System: Looking for small universal computing devices is a natural and well investigated topic in computer science.Rec...; Xiangxiang Zeng1

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