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国家自然科学基金(30500107)

作品数:4 被引量:42H指数:4
相关作者:曹志伟李亦学赵静骆建华俞鸿更多>>
相关机构:上海生物信息技术研究中心上海交通大学中国科学院上海生命科学研究院更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技攻关计划更多>>
相关领域:生物学农业科学医药卫生更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 3篇生物学
  • 1篇医药卫生
  • 1篇农业科学

主题

  • 3篇代谢网络
  • 3篇生物信息
  • 3篇生物信息学
  • 3篇网络
  • 2篇系统生物学
  • 1篇随机网络
  • 1篇全基因组
  • 1篇猪链球菌
  • 1篇拓扑
  • 1篇网络负载
  • 1篇网络结构
  • 1篇网络拓扑
  • 1篇链球菌
  • 1篇结构特征
  • 1篇菌株
  • 1篇蝴蝶
  • 1篇蝴蝶结
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇复杂网

机构

  • 3篇上海生物信息...
  • 2篇上海交通大学
  • 2篇中国科学院上...
  • 1篇后勤工程学院

作者

  • 3篇李亦学
  • 3篇曹志伟
  • 2篇俞鸿
  • 2篇骆建华
  • 2篇赵静
  • 1篇郝沛
  • 1篇王晓婧
  • 1篇陶林
  • 1篇屠康
  • 1篇孙景春
  • 1篇魏武
  • 1篇王川
  • 1篇石铁流
  • 1篇丁国徽

传媒

  • 3篇科学通报
  • 1篇Scienc...

年份

  • 1篇2007
  • 3篇2006
4 条 记 录,以下是 1-4
排序方式:
Complex networks theory for analyzing metabolic networks被引量:10
2006年
One of the main tasks of post-genomic informatics is to systematically investigate all mole- cules and their interactions within a living cell so as to understand how these molecules and the interactions between them relate to the function of the organism, while networks are appropriate abstract description of all kinds of interactions. In the past few years, great achievement has been made in developing theory of complex networks for revealing the organizing prin- ciples that govern the formation and evolution of various complex biological, technological and social networks. This paper reviews the accomplishments in constructing genome-based metabolic networks and describes how the theory of complex networks is applied to analyze metabolic networks.
ZHAO JingYU HongLUO JianhuaCAO Z. W.LI Yixue
关键词:生物信息学系统生物学代谢网络网络拓扑网络负载
代谢网络的蝴蝶结结构特征及其功能意义被引量:5
2007年
研究全基因组代谢网络的结构拓扑对于了解结构与功能间的联系是必不可少的.而可视化有助于获取网络组织结构的直观信息.从网络拓扑的角度考察了75个物种的全基因组代谢网络.提出了一个展开蝴蝶结模型,实现了对代谢网络的蝴蝶结结构的清晰的可视化.展开蝴蝶结所揭示的代谢网络的结构特征,有助于我们设计高效的且更能反应代谢网络自身特点的网络算法.同时,这个粗粒化的网络模型还可实现对网络中脆弱连接的可视化,因此对于疾病研究和药靶发现都有潜在意义.通过对蝴蝶结中心部分的双向连接及主核的研究表明,代谢网络的蝴蝶结结构有其内在的、有意义的拓扑特征,而这些特征是随机网络所不具备的.
赵静陶林俞鸿骆建华曹志伟李亦学
关键词:生物信息学代谢网络随机网络
猪链球菌全基因组序列比较分析被引量:8
2006年
1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
应用复杂网络理论研究代谢网络的进展被引量:23
2006年
后基因组生物信息学研究的一个重要任务是系统地研究活细胞内所有分子和它们之间的相互作用,从而了解这些分子及它们之间的相互作用对整个生物体功能的影响.而网络则是对各种相互作用关系的恰当的抽象描述.近年来,复杂网络理论在揭示各种复杂的技术网络和社会网络的形成和演化机制方面取得了一些重要成果,其方法和结果已对生物学研究产生影响.本文评述了基于基因组的大规模代谢网络重建和分析的进展,论述了利用复杂网络理论分析代谢网络结构的主要方法和结果.
赵静俞鸿骆建华曹志伟李亦学
关键词:生物信息学系统生物学代谢网络网络结构
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