目的揭示结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)北京基因型菌株的进化路径,在进化过程中产生的各个进化分支,以及每个分支的北京基因型菌株在人群中的流行情况。方法收集2014年1月至2016年4月天津地区临床分离的567株MTB菌株,首先采用多重PCR试验分析菌株基因组中差异片段207(RD207)的缺失情况,以鉴定收集的菌株是否为北京基因型;然后分析所有的北京基因型MTB菌株基因组中差异区域RD105、RD181、RD150和RD142的缺失情况,以及菌株基因组NTF(noise transfer function)区中插入序列6110(IS6110)的存在情况。结果567株临床分离的MTB菌株中,517株(91.2%)为北京基因型菌株。所有北京基因型菌株中,447株(86.5%)为NTF区含有IS6110的北京基因型现代株;70株(13.5%)为NTF区不含IS6110的北京基因型古代株。基于大片段的多态性分析,北京基因型菌株被分为5个亚型,其中RD181(+)的北京基因型菌株为22株(4.3%),且全部为北京基因型古代株。RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的北京基因型古代株分别为41株(7.9%)和7株(1.4%)。447株现代菌株中,RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的分别为404株(78.1%)和43株(8.3%)。结论MTB北京基因型中的现代株是天津地区的主要流行株;北京基因型MTB在人群传播流行中已经进化出5个分支,其中RD181(-)/RD150(+)的北京基因型现代株为主要的流行分支。