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云南省应用基础研究基金(2013FZl36)
作品数:
1
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2009年云南省柯萨奇病毒B5:分离株A210/KM/09全基因序列分析
被引量:10
2014年
目的分析柯萨奇病毒B5(CVB5)云南分离株A210/K2~I/09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega4.1、RDP3和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。结果CVB5A210/KM/09全基因组核苷酸序列长度为7372bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白;A210/KM/09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5/CCl0/10同源性最高,其同源性分别为92.5%和97.3%;而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954/85/US、2000/CSF/KOR、03001N、CoxB5/Henard2010、CVB5/SD/09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1%~92.5%和95.0%~97.3%;A210/KM/09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3%~96.3%和85.3%~100.O%,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序:列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为C1~C4基因亚型,D基因型可再分为D1~D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在D1、C2亚型。结论A210/KM/09分离株为C4基因型。
刘建生
邵聪文
赵卫中
张云昆
吉玛
朱艳菊
马忠飞
马绍辉
关键词:
全基因组
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