国家自然科学基金(81260254)
- 作品数：7 被引量：10H指数：3
- 相关作者：吕刚符瑞佳梁培甘秀凤钟赛凤更多>>
- 相关机构：海南医学院海南省人民医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金海南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 细粒棘球绦虫14-3-3zeta蛋白的生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 目的应用生物信息学技术对细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)14-3-3zeta蛋白的结构和功能进行预测和分析,为进一步的实验研究提供依据。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://expasy.org/)提供的各种有关基因和蛋白序列、结构信息分析的工具,并结合其它生物信息学分析软件,对该蛋白质的结构和功能进行预测和分析。结果该基因全长为771 bp,编码256个氨基酸,其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是29.4 kDa和5.04。预测该蛋白无信号肽和跨膜区,二级结构含8个α-螺旋和12个β-折叠股,氨基酸序列中有9个潜在抗原表位。结论初步认识了细粒棘球绦虫14.3-3zeta蛋白的基本特征,为深入研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。
- 符瑞佳吕刚尹飞飞梁培
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学
- 曼氏迭宫绦虫annexinB8的生物信息学分析和基因克隆被引量：3
- 2015年
- 目的通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫annexinB8(SmannexinB8)的生物学特征,及潜在功能和结构,并且进行基因克隆,为下一步SmannexinB8参与宿主免疫调节研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对SmannexinB8的开放阅读框进行分析.利用ExPASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋、潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST。对蛋白保守功能域进行检测。不同物种的annexin序列从NCBI网站获取,并利用Vector NTI suit 8.0和TreeView软件进行分析。利用SWISS-MODEL网站和SPDBV 4.10软件分析SmannexinB8蛋白的三维空间结构。此外。对SmannexinB8基因进行扩增,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)。结果 SmannexinB8是一个全长基因,编码347个氨基酸。蛋白由4个典型的annexin重复结构域组成,序列当中没有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示SmannexinB8是一个保守的蛋白。SmannexinB8与多房棘球绦虫、口膜壳绦虫、细粒棘球绦虫、华支睾吸虫以及人类的annexin基因的同源性分别是68%,67%。65%,46%和40%。分子进化分析显示SmannexinB8与绦虫属的亲源性最近,而与其他物种,如吸虫、哺乳动物亲源性较远。结论 SmannexinB8可能具有抑制磷脂酶A2的活性,促进细胞融合、参与调节免疫反应和离子通道形成的功能,可能在参与宿主免疫调节中起到关键性的作用。
- 梁培吕刚周晓君陈新新陈小静符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫ANNEXIN生物信息学分析
- 曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶(SmLAP)的生物信息学分析、克隆及表达被引量：4
- 2016年
- 目的利用生物信息学方法分析曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶(SmLAP)基因的结构和功能,并将该基因克隆至原核表达载体在大肠埃希菌中进行原核表达并纯化,为进一步研究其功能奠定基础。方法利用生物信息学相关软件,分析SmLAP基因及其编码蛋白的结构、生物学和免疫学功能特征。通过PCR扩增得到目的基因,克隆至原核表达载体pGEX-4T1中,转化感受态E.coli BL21(DE3),IPTG诱导表达,表达的重组蛋白利用GST标签层析柱纯化,采用12%SDS-PAGE分析蛋白纯度。结果曼氏迭宫绦虫LAP基因ORF finder显示核酸序列为1 662bp,编码554个氨基酸,预测在第21个氨基酸的位置出现信号肽。切除信号肽后的核酸序列为1 083bp,编码360个氨基酸,理论分子质量单位为40ku,与人LAP基因序列相似性为38%。将SmLAP和人B细胞抗原表位预测结果比对,相似度极低。构建的原核表达载体pGEX-4T1-SmLAP转化入大肠埃希菌后用IPTG进行诱导表达,目的蛋白主要以包涵体的形式存在。通过超声破碎、尿素溶解包涵体、透析、GST层析柱后获得单一组分的重组蛋白。结论构建的原核表达系统能表达SmLAP蛋白。生物信息学分析SmLAP是一个有潜在应用价值的免疫诊断分子,且主要以包涵体形式存在。
- 杨祖婷陈立强符瑞佳尹以婷梁鹏吕刚梁培
- 关键词：曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶生物信息学原核表达
- 曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的原核表达、纯化及其免疫原性分析被引量：2
- 2016年
- 目的原核表达、纯化曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(Sm TCTP),并分析其免疫原性。方法构建曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白重组表达质粒pGEX-4T-1-Sm TCTP,转化大肠埃希菌BL21菌株后用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达TCTP蛋白,用GST树脂纯化表达产物,并进行SDS-PAGE电泳分析,通过Western blot鉴定重组蛋白的免疫原性。结果 PCR、双酶切、测序结果均表明pGEX-4T-1-Sm TCTP重组质粒构建成功,并在大肠埃希菌中表达可溶性目的蛋白,经GST树脂纯化后获得高纯度的重组目的蛋白。SDS-PAGE分析表达产物为GST融合蛋白,分子质量单位为45ku,与Sm TCTP和GST融合蛋白理论分子质量相符。Western blot显示重组融合蛋白能被相应大鼠抗血清识别。结论成功进行了Sm TCTP的原核表达并获得纯化的重组蛋白,重组蛋白具有良好的免疫原性,为研究Sm TCTP的功能奠定了基础。
- 尹飞飞梁培芦亚君许可李永莉吕刚符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫原核表达免疫原性
- 定安县野生青蛙曼氏裂头蚴感染情况的初步调查被引量：2
- 2015年
- 目的：了解海南省定安县野生青蛙体内曼氏裂头蚴的自然感染情况,分析当地人群感染曼氏裂头蚴的潜在风险。方法：2014年7-12月在海南省定安县当地农村的池塘、河流和农田采集野生青蛙,称完体重后,剖检曼氏裂头蚴,记录其寄生的部位和感染数量,并进行统计学分析。结果：共采集野生青蛙153只,其中感染曼氏裂头蚴的青蛙31只,自然感染率为21%（31/153）,总共发现曼氏裂头蚴141条,平均感染强度为4.6条/只,7月份采集的青蛙感染率最高。曼氏裂头蚴寄生部位以青蛙后腿为主,蛙体的感染与其体重大小关系不大。结论：定安县野生青蛙感染曼氏裂头蚴的情况较为普遍,且对人群有潜在的威胁,应对曼氏裂头蚴病的防控采取相应的措施。
- 符瑞佳吕刚钟赛凤甘秀凤梁培
- 关键词：曼氏裂头蚴
- 曼氏迭宫绦虫四次跨膜蛋白(SmTSP)的生物信息学分析被引量：3
- 2015年
- 目的:通过对曼氏迭宫绦虫的4次跨膜蛋白(SmTSP)潜在的生物学特征和参数进行分析,从而获得其具有的潜在生物学功能和应用价值。方法:利用美国国家生物技术信息中心(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(http://www.expasy.org/)提供的在线分析工具对编码蛋白的氨基酸序列的理化性质,跨膜结构和三维空间结构进行分析,同时利用Vector NTI suite和TreeView software生物信息分析软件进行编码氨基酸序列的相似性比对和进化树分析,利用CBS Prediction Servers BepiPred进行最大胞外环(LEL)的B细胞线性表位预测。结果:从文库中得到的SmTSP是全长基因,编码的蛋白是24.8kDa,理论等点为7.88,是一个稳定的蛋白分子。编码该蛋白的氨基酸序列共有4个跨膜区,分别是TM1aa16~38、TM2aa58~80、TM3aa87~109、TM4aa200~222。LEL中含有CCG结构、PXSC结构、GC结构和含有9个二聚体结合位点的保守特征结构。SmTSP全长序列与多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫的相似性均能达到72%,但是与吸虫之间的相似性仅达到31%~59%,然而与人类相似性仅有23%,与小鼠的相似性最低,仅有17%。在进化树分析中,SmTSP与绦虫的亲源性在对比序列中是最近的,吸虫类次之,但是与埃及裂体吸虫和牛裂体吸虫、其他寄生虫(美洲钩虫和秀丽隐杆线虫)的亲源性相对较远,与哺乳动物亲源性最远。LEL有3个B细胞表位,分别是13aa^21aa、41aa^63aa和70aa^76aa。此外与人类四次跨膜蛋白的LEL中B细胞表位数量、分布的位置和编码的氨基酸都不同。结论:SmTSP可能是一个定位于虫体表膜并且具有应用前景的疫苗候选分子。
- 梁培吕刚钟赛凤甘秀凤符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫生物信息学分析疫苗
- 欧猥迭宫绦虫谷胱甘肽转移酶1基因序列与功能的生物信息学分析
- 2013年
- 目的:预测欧猥迭宫绦虫成虫谷胱甘肽转移酶1(Glutathione S-Transferase1,GST1)基因及其编码蛋白的结构和功能。方法:应用生物信息学方法对从欧猥迭宫绦虫成虫cDNA文库中所获基因的氨基酸组成、基本性质进行分析,同时构建其编码蛋白的系统进化树并对其抗原表位进行预测及定位;建立其编码蛋白的三级空间结构模型。结果:GST1基因编码221个氨基酸,理论分子量为25767.39Da,理论等电点为5.98,理论分子式为C1188H1786N304O330S5,具有2个完整的保守功能域;在细胞内可能发挥基因表达调控及信号转导功能,与猪带绦虫的同源一致性达53%。在进化的过程中与绦虫类亲缘较近,而与脊椎类亲缘较远。预测最有可能的3个潜在抗原表位分别位于35-46aa、87-94aa、215-221aa之间。结论:GST1基因编码的蛋白为胞质型蛋白,可能是理想的药物作用靶点及新型免疫诊断的分子靶标,为对进一步研究奠定理论基础。
- 蔡群芳邬强闫玉兰吕刚
- 关键词：生物信息学
