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ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构被引量：53: 2005年; 目的　了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法　对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果　除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态) ,其他各DNA样品的ERIC- PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85 %～10 0 % ;佳斯及川川(大熊猫) 2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93%和87% ,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71%。结论　大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC- PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。; 鲁海峰魏桂芳李仲逵李红王爱善顾建萍金会宇孙强赵立平; 关键词：大熊猫 SOUTHERN杂交分子杂交 ERIC-PCR DNA样品区系结构

应用TGGE技术分析人肠道中双歧杆菌的组成被引量：16: 2005年; 用温度梯度凝胶电泳(TGGE)技术结合16SrDNA克隆、测序,对健康人肠道中双歧杆菌的组成进行了分析。10例健康人肠道双歧杆菌的TGGE分析显示:人肠道内双歧杆菌的组成具有宿主特异性,不同人肠道双歧杆菌种的多样性和种类不同。通过对一健康儿童肠道双歧杆菌属特异性PCR扩增产物的测序及TGGE电泳行为的分析发现,该个体双歧杆菌TGGE图谱中的条带分别代表Bifidobacteriumbifidum、B.infantis、B.longum、B.adolescentis、B.pseudocatenulatum等种和一新种,其中B.pseudocatenulatum(假小链双歧杆菌)是大多数个体共有且较优势的种类。用传统培养方法只检出B.pseudocatenulatum和B.longum两种。基于双歧杆菌属特异性PCR基础上的TGGE方法结合16SrDNA克隆文库分析可较灵敏、直观地反映人肠道中双歧杆菌的组成。; 庞小燕张宝让魏桂芳赵立平; 关键词：双歧杆菌

应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落被引量：3: 2005年; 目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%～95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。; 洪纬魏桂芳庞小燕王凌华赵立平; 关键词：菌斑牙周 PCR 成年 TGGE 微生物群落

健康儿童与轮状病毒感染儿童肠道菌群结构的比较研究被引量：11: 2006年; 目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16S rRNA基因,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况。结果轮状病毒感染个体与健康个体相比,肠道菌群中GC含量较低的菌明显减少,同时肠道菌群有宿主专一性。结论轮状病毒感染会导致儿童肠道内菌群结构失调。; 张美玲杜惠敏郭美蕻陈俊仪庞小燕赵立平; 关键词：轮状病毒 ERIC-PCR

不同的DNA提取法对两种常见医院感染菌ERIC-PCR鉴定的影响研究被引量：16: 2007年; 目的研究不同基因组DNA提取方法,对肠杆菌基因间保守重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)鉴定两种菌株的影响。方法采用5种基因组DNA提取法,分别为化学裂解酚/氯仿法、玻珠击打法、Triton X-100直接裂解法、Triton X-100煮沸裂解法、水煮法对1株肺炎克雷伯菌和1株大肠埃希菌基因组DNA进行提取,在相同的扩增条件下对不同方法提取的DNA模板进行ERIC-PCR。结果不同菌株基因组DNA经ERIC-PCR扩增后产生不同的电泳图谱,而用不同方法提取同一菌株DNA可以得到非常相似的电泳图谱。结论Triton X-100直接裂解法、Triton X-100煮沸裂解法、水煮法可以作为操作简单的DNA提取法用于细菌基因分型。; 魏华孙立国朱晶张晓君朱晨光赵立平庞小燕; 关键词：肺炎克雷伯菌大肠埃希菌 DNA提取 ERIC-PCR

轮状病毒感染与健康儿童肠道菌群结构的比较被引量：11: 2006年; 目的比较轮状病毒(RV)感染与健康儿童肠道菌群结构的差异,为临床治疗提供有价值的参考依据。方法采集20例RV感染及6例健康儿童粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过肠道菌重复性基因内一致性序列(ERIC)-聚合酶链反应(PCR)结合分子杂交技术分析两组儿童之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16 S rDNA基因V3区,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况,研究两组儿童肠道微生物菌群组成的差异。结果肠道菌群的组成有很强的宿主专一性。RV感染与健康儿童相比,肠道菌群中糖皮质激素(GC)水平较低的细菌明显减少。微生态制剂治疗组温度梯度凝胶电泳(TGGE)条带数有一个逐渐增加的过程。结论轮状病毒感染时,可致患儿肠道菌群紊乱,但用抗生素治疗将更致肠道微生态失调,不利于患儿肠道菌群恢复,建议临床医师在轮状病毒感染时,慎用抗生素。; 杜惠敏陈颖虹陈俊仪张美玲赵立平庞晓燕; 关键词：轮状病毒

SPF仔猪肠道菌群结构的分子分析被引量：9: 2005年; 目的:对SPF(SpecificPathogenFree)仔猪断奶前后的肠道菌群组成进行动态监测,并以普通饲养仔猪(自然分娩)为对照作相关分子微生物生态学分析。方法:利用剖腹取胎的方式将仔猪从母体子宫中取出放于屏障系统中饲养,于7日龄时转移至消毒的开放式环境中,14日龄断奶,分别于10日龄、16日龄和22日龄以及32日龄采集仔猪新鲜粪便样品。提取粪便样品中细菌总DNA,获得其ERIC-PCR指纹图谱,再将其中一个样品的ERIC-PCR产物以地高辛标记为混合探针通过杂交对指纹图谱上DNA条带序列的异同进一步比较。结果:SPF仔猪和普通仔猪在断奶后肠道菌群的组成发生较大变化,而且SPF仔猪的肠道菌群和普通仔猪有显著差异。; 丁德忠庞小燕华修国崔立赵立平; 关键词：肠道菌群 ERIC-PCR

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