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兴义鸭MEF2A基因的SNPs筛选及其生物信息学分析被引量：2: 2015年; 为了解鸭MEF2A基因的功能和结构以及其对鸭遗传效应的影响,采用混合DNA池、基因克隆、PCR产物直接测序和生物信息学相结合的方法 ,对兴义鸭的MEF2A基因进行研究。结果并未发现SNP位点,运用生物信息学方法对其蛋白质一级结构和二级结构进行分析,发现其包含33个α螺旋、20个β折叠、44个无规则卷曲。将获得的鸭的MEF2A蛋白序列与NCBI上提交的家鼠、牛、斑马鱼、猪、鸡的MEF2A序列相比对,结果显示:鸭与鸡、鱼的亲缘关系相近,与家鼠的亲缘关系较远。; 彭邦星李辉李辉张达赵忠海易恒洁; 关键词：SNPS 生物信息学

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析被引量：3: 2014年; 为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测。结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05)。本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考。; 彭邦星李辉易恒洁赵忠海; 关键词：肌肉生长抑制素基因屠宰性状

三穗鸭MSTN基因多态性与屠宰性状相关性研究被引量：4: 2013年; 为了解三穗鸭肌肉生长抑制素(MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用PCR产物直接测序的方法对三穗鸭肌肉生长抑制素基因外显子的多态性进行检测,结果在研究群体中发现6个SNP位点:SNP1(G76A)、SNP2(A90G)、SNP3(G129A)、SNP4(G234A)、SNP5(A255C)、SNP6(G276A)。采用固定效应模型分析基因多态性与屠宰性状的相关关系,结果显示:在SNP1位点,BB基因型个体的腿肌重、腿肌率和瘦肉率平均值显著高于AA和AB基因型;在SNP2位点,CD基因型个体的胸肌率平均值显著高于CC基因型,SNP4和SNP5在本试验中完全连锁,HH/NN基因型个体的半净膛重和全净膛重平均值显著高于GG/MM和GH/MN基因型,SNP3和SNP6的不同基因型对屠宰性状各指标效应不显著。研究揭示MSTN基因的多态性对三穗鸭屠体性状具有重要影响。; 易恒洁李辉杨胜林赵忠海彭邦星; 关键词：三穗鸭肌肉生长抑制素基因屠宰性状

兴义鸭MyoG基因SNPs与屠宰性状相关性分析被引量：1: 2017年; 为了研究肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因与鸭屠宰性状的关系,试验采用基因克隆以及PCR产物直接测序的方法,将MyoG基因作为鸭屠宰性状的候选基因,首次对鸭的5个外显子进行研究,对兴义鸭的MyoG基因外显子进行多态性检测。结果表明:共发现7处单核苷酸多态性(SNPs)位点,即第1外显子SNP1(G238C)、SNP2(C397G),第3外显子SNP3(C8T),第5外显子SNP4(G23A)、SNP5(G47A)、SNP6(C74T)、SNP7(G104C)。最小二乘分析结果显示,SNP1与胸肌率有显著相关(P<0.05),SNP3和SNP7与全净膛率有显著相关(P<0.05),SNP7与全净膛重有显著相关(P<0.05)。; 彭邦星李辉易恒洁赵忠海卜小雁; 关键词：多态性屠宰性状

兴义鸭MyoG基因SNPs检测及生物信息学分析被引量：1: 2016年; 为了探究鸭肌细胞生成素(Myo G)基因的基本功能和蛋白质结构,试验采用基因克隆法、混合DNA池测序法以及PCR产物直接测序法发现7个变异位点,即第1外显子G238C、C397G,第3外显子C8T,第5外显子G23A、G47A、C74T、G104C,使用蛋白质翻译软件对其进行分析。结果表明:Myo G基因第1外显子360碱基处有碱基的插入,此碱基的插入编码出了缬氨酸,因此导致鸭Myo G基因编码的氨基酸全部被推测出,极大地丰富了基因的多样性。利用生物信息软件对其进行分析,兴义鸭Myo G蛋白的二级结构包含12个α螺旋、2个β折叠、18个T转角、18个无规则卷曲。; 彭邦星李辉易恒洁赵忠海卜小雁; 关键词：多态位点基因突变生物信息学

MyoG基因多态性对鸭屠宰性状的影响被引量：4: 2015年; 为了探究肌细胞生成素(MyoG)基因多态性对屠宰性状的影响,本试验分别选取三穗鸭和兴义鸭各60只为材料,采用PCR法结合直接测序进行SNPs检测。在三穗鸭MyoG基因编码区中共发现1个单核苷酸多态位点(SNP)g.1131C>T;2个SNPs在兴义鸭的MyoG基因中被找到,分别位于为g.238G>C和g.397C>G处。这些位点均属同义突变,并未引起所编码氨基酸改变。SNPs与屠宰性状的关联性分析表明,三穗鸭g.1131C>T位点对胸肌率有显著影响,兴义鸭g.238G>C位点对胸肌率有影响,g.397C>G处位点对腿肌重有显著影响。由此可推测MyoG基因发生突变可引起鸭的部分屠宰性状发生改变。; 赵忠海李辉易恒洁彭邦星卜小雁; 关键词：MYOG基因多态性屠宰性状

三穗鸭肌肉生长抑制素基因的生物信息学分析被引量：2: 2014年; 采用PCR产物直接测序的方法获得肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的编码区序列,并运用生物信息学方法对该基因编码蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构和功能结构域进行分析。结果表明,三穗鸭MSTN蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,作为信号肽的可能性很大;含有22个α螺旋、26个β折叠、26个T转角、20个无规则卷曲,有1个跨膜结构,具有TGF-β的主要结构。研究结果为MSTN基因的进一步研究提供参考。; 易恒洁李辉杨胜林赵忠海彭邦星; 关键词：三穗鸭肌肉生长抑制素基因生物信息学

三穗鸭MyoG基因多态性与屠宰性状的相关性研究被引量：3: 2016年; 为了解三穗鸭肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)SNPs与屠宰性状的相关性,本研究以60只三穗鸭为研究对象,采用PCR结合产物直接测序技术对三穗鸭MyoG基因多态性进行检测,并进行SNPs与屠宰性状各指标的相关分析。结果表明:在MyoG基因中共发现6个SNPs:g.1 131C>T位点、g.2 186G>A位点、g.2 204G>A位点、g.2 920G>A位点、g.2 962C>T位点和g.2 977G>C位点,SNPs与屠宰性状的关联性分析表明,g.1 131C>T位点影响胸肌率,g.2204G>A位点影响体重和全净膛重。挑选与单个SNP位点有显著影响的性状进行多基因聚合(互作),结果显示,不同聚合基因型对体重和全净膛重有显著影响,对胸肌率无显著影响,试验群体中CTGA型个体的体重和全净膛重均值最小,TTGA型个体的体重和全净膛重均值最大。可推测TTGA聚合基因型具有更佳的选育效果。; 易恒洁李辉杨胜林赵忠海彭邦星; 关键词：三穗鸭肌细胞生成素基因屠宰性状

MyoG和MEF2a基因多态性聚合效应对鸭屠宰性状的影响被引量：10: 2016年; 【目的】探讨Myo G和MEF2a基因聚合效应对鸭屠宰性状的影响,为进一步确定与鸭屠宰性状相关的分子遗传标记提供研究基础,为鸭屠宰性状的多基因聚合育种提供依据。【方法】试验以240只三穗鸭为研究素材,扩增Myo G和MEF2a基因并进行PCR产物直接测序以检测两基因所有外显子的单核苷酸突变(SNPs)位点。运用SPSS 18.0软件中的GLM统计模型对Myo G和MEF2a基因的SNPs所对应的不同基因型与三穗鸭屠宰性状进行关联分析,根据单基因关联分析结果,将对屠宰性状存在显著影响的Myo G和MEF2a基因的多态位点利用软件PHASE2.0构建聚合基因型,再进行聚合基因型与屠宰性状的关联分析。【结果】在试验群体中一共发现8个SNPs,其中在Myo G基因中有6个SNPs被找到,MEF2a基因中找到2个SNPs位点,在所有突变位点中,其中Myo G基因的g.2977G>C位点发生的G/C突变使密码子由GAG变为GAC,所编码的氨基酸由谷氨酸变成天冬氨酸;而MEF2a基因中的两个多态位点,g.47915G>A位点发生的G/A突变使密码子由GAA变为AAA,编码的氨基酸由谷氨酸变成赖氨酸,g.47918G>A位点的G/A突变引起的密码子由GAT变成AAT,所编码的氨基酸由天冬氨酸变成天冬酰胺。剩下的5个突变位点均属于同义突变,并未引起编码氨基酸的改变。此外,进行χ2适合性检验,除了Myo G基因的g.1131C>T位点和MEF2a基因的g.47915G>A、g.47918G>A位点未处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)外,其他的突变位点均处于平衡状态。单基因关联分析结果表明,Myo G基因g.1131C>T和g.2204G>A突变分别对胸肌率、体重和全净膛重有着显著影响,其所对应的纯合子基因型CC、GG型为优势基因型。MEF2a基因g.47915G>A/g.47918G>A位点影响全净膛率,GA基因型个体属于优势基因型个体。通过挑选出与屠宰性状(胸肌率、体重、全净膛重和全净膛率)有关联的Myo G基因g.1131C>T/g.2204G>A位点与MEF2a基因g.47915G>A/g.47918G>A; 赵忠海李辉易恒洁杨胜林彭邦星卜小雁; 关键词：MYOG基因屠宰性状

兴义鸭MEF2A基因克隆及生物信息学分析被引量：2: 2016年; 为了获取鸭MEF2A基因完整编码区(CDS)序列,进一步揭示其遗传机理。本试验采用兴义鸭为研究对象,采用RT-PCR方法克隆获取MEF2A基因CDS区序列,经重组质粒测序、拼接,试验初步获得了兴义鸭MEF2A基因完整编码区序列,得到1 479 bp片段,包含起始密码子和终止密码子,编码492个氨基酸,表达蛋白分子量为53.14 k D。经序列对比,在G^(429)A、T^(661)A、A^(1423)G、A^(1426)G和G^(1467)A分别发生了单核苷酸突变,其中T^(661)A和A^(1423)G突变分别导致Cys(半胱氨酸)到Ser(丝氨酸)、Glu(谷氨酸)到Lys(赖氨酸)的改变,其他位点均属于同义突变。试验对兴义鸭MEF2A蛋白的理化性质及结构特点进行了简单分析,为下一步研究MEF2A蛋白特性及其作用机制奠定理论基础。; 赵忠海李辉彭邦星陆曼卜小雁康建兵师新彩张蓉; 关键词：克隆生物信息学

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教育部科学技术研究重点项目(211168)

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