【目的】了解草菇以废棉为主要成分的培养料在二次发酵过程中细菌群落结构变化情况,确定发酵不同阶段的优势菌群,为能够在分子水平上快速准确地监测发酵过程中菌群动态变化奠定基础。【方法】采用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)及克隆菌株16S rDNA序列分析技术对草菇废棉培养料二次发酵不同阶段的样品中细菌群落结构进行分析。【结果】DGGE图谱显示,细菌群落多样性较为丰富,条带多样性随着发酵进程逐渐降低,而且在不同阶段中的优势条带及相对丰度在发生着动态的变化。回收克隆的23个不同发酵阶段的优势菌株来自于变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门,α,β,γ-变形菌纲、鞘脂杆纲、拟杆菌纲和梭菌纲6个菌纲的11个属,其中19株克隆菌株为耐热细菌,在发酵的高温及降温阶段,丛毛单胞菌属、鞘脂杆菌属、中华根瘤菌属和寡养单胞菌属细菌为优势类群。【结论】草菇废棉培养料二次发酵过程中细菌的群落结构及优势菌群在发生着动态的变化,尤其是在进入高温期阶段,优势菌群变化显著。
以我国吉林省5个不同地区来源的健康人参植株为实验材料,分别从根茎叶不同器官分离获得了152株内生细菌,利用HhaⅠ、HinfⅠ和HaeⅢ3种限制性内切酶对所有供试菌株的16 S rDNA片段进行了RFLP分析。聚类分析结果表明,供试菌株在相似性为83%水平上可分为18个类群,不同地区内生细菌的遗传多样性存在差异,其中抚松县和吉林农业大学的菌株多样性较高;不同器官蕴含的菌株数目也存在差异,茎部和根部蕴含菌株较为丰富。研究结果期望为了解人参内生细菌的种群结构,明确菌株种类奠定基础。
