以棉花抗黄萎病品系苏抗045和感黄萎病品系苏研116为亲本构建了一个含有237个F2单株的作图群体。利用中等致病力黄萎病菌株BP2对P1、P2、F1、F2∶3家系群体进行纸钵撕底菌液醮根鉴定黄萎病抗性,计算各世代的相对病指。用2 400对SSR引物进行筛选,获得78个SSR多态性标记位点,进一步利用Join Map作图软件,构建了一张陆陆杂种遗传连锁图,包含41个标记、15个连锁群,总长为359.90 c M,覆盖棉花总基因组约7.2%。利用复合区间作图法分析,在NAU2970~MUSS138区间内检测到1个抗黄萎病QTL,可解释的表型变异为9.69%。
利用ClustalX等软件对公共数据库现有的393753条棉花EST序列分析,得到349815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11372个,分布于10507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21kb出现一个SSR。在2～6bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX(CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content,PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带,其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097～0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。
