国家自然科学基金(30660024)
- 作品数：57 被引量：300H指数：11
- 相关作者：苗永旺袁峰霍金龙刘丽仙钱林东更多>>
- 相关机构：云南农业大学云南大学云南农业职业技术学院更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学理学更多>>
- 动物溶菌酶基因的研究进展被引量：6
- 2012年
- 溶菌酶[Lysozyme(EC3.2.1.17),LYZ]是机体先天免疫系统中一个重要的效应分子,参与机体多种免疫反应,在溶菌过程中形成一个水解体系,破坏和消除侵入动物体内的病原,从而实现机体的免疫防御。它可以有效抑制葡萄球菌、大肠杆菌等一系列病原菌,是重要的奶牛乳房炎抗性因子之一。本文综述了溶菌酶基因的研究进展,包括其结构与进化、变异及应用前景等。
- 孙国庆哈福苗永旺李大林
- 关键词：溶菌酶基因多态性乳房炎
- 水牛、大额牛和牦牛抑制素α亚基编码基因外显子1多态性分析
- 2012年
- 为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1中存在c.73C>A替换,为同义替换,河流型和沼泽型水牛编码产物一致;在大额牛的INHA基因外显子1中发现c.62C>T、c.187G>A替换,分别引起INHA中氨基酸发生p.P21L、p.V63M改变,两者均为相同性质氨基酸的替换;在牦牛中发现c.62C>T、c.129A>G替换,前者也引起编码氨基酸发生p.P21L替换,后者为同义替换。在INHA基因5'侧翼区所测出的序列中,水牛、大额牛和牦牛等物种内均未发现SNP位点,但在种间发现存在c.-6T>G的替换,大额牛、牦牛和普通牛均为c.-6G,而水牛为c.-6T。在INHA基因内含子中,水牛的第31～36位核苷酸处发现有6个碱基的缺失,即c.262+31_262+36delTCTGAC;该位点在河流型水牛中野生型(+/+)占主体,而在沼泽型水牛中则缺失型(-/-)占主体。在大额牛、牦牛和普通牛等其它牛科物种的内含子中均未发现该缺失,但与水牛相比,大额牛、牦牛和普通牛内含子中发现缺失c.262+78_262+79delTG。序列比对显示,INHA基因外显子1序列中c.43A和c.67G为水牛中所特有,而c.173A和c.255G为大额牛、牦牛和普通牛所共有,c.24C、c.47G、c.174T和c.206T为山羊所特有。大额牛、牦牛和普通牛间INHA基因外显子1序列差异较小,而山羊和水牛与它们间的差异相对较大。
- 苗永旺哈福高华山袁峰李大林袁跃云
- 关键词：水牛大额牛牦牛多态性
- 利用微卫星标记分析迪庆黄牛的遗传多样性
- 2009年
- 采用分布在黄牛基因组15条染色体上的15个微卫星标记对迪庆黄牛60个样品进行了群体遗传变异检测分析。共检测到63个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,有效等位基因数在2.0000～4.0000之间,平均每个座位等位基因数（4.2000±0.8619）个,有效等位基因数（3.5529±0.5312）个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.9958±0.0161,0.7098±0.0637和0.6573±0.0851。结果表明,迪庆黄牛群体遗传变异丰富。
- 田应华钱林东凌军霍金龙祁宏刘丽仙苗永旺
- 关键词：微卫星标记杂合度多态信息含量
- 水牛ABCG2基因第9外显子群体遗传特征分析被引量：2
- 2012年
- 三磷酸腺苷结合转运蛋白G超家族成员2(ABCG2)对普通奶牛泌乳性状有直接影响。水牛中该基因的遗传特征与产奶性状间是否有遗传关联目前还不十分清楚。本文采用PCR-SSCP和PCR产物直接测序相结合的技术,对4个河流型水牛群体和9个沼泽型水牛群体共计466个个体的ABCG2基因第9外显子进行了变异检测。结果表明,水牛ABCG2基因第9外显子由251个核苷酸组成,所有的河流型和沼泽型水牛序列相同,未发现SNP位点,但在第9内含子内检测到1个T>C替换(g.SNP44769 T>C)。与GenBank数据库中已发表的牛科物种同源序列比对后发现,数据库中一条河流型水牛序列该外显子第66位核苷酸处有1个G>A替换(c.SNP1018 G>A),导致所编码的氨基酸发生p.V340I的改变;与普通牛、山羊和绵羊该基因第9外显子序列的核苷酸差异位点个数分别为5,8和11个,表明水牛与其他牛科物种间具有较大的遗传差异。本文结果提示ABCG2基因第9外显子在水牛中已纯化固定,且与水牛产奶量性状间无直接关联性。
- 李卓然李卫真苗永旺李大林袁跃云袁峰刘丽仙章纯熙
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛PCR-SSCP
- 4个黄牛群体黑素皮质素受体1(MC1R)基因变异研究被引量：5
- 2010年
- 为了评价E(extension)座位对牛毛色性状的影响,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区4个黄牛群体(3个本地群体和1个引进品种)的黑素皮质素受体1(MC1R)基因的编码区进行了基因特征分析和群体变异检测。结果,在文山黄牛、昭通黄牛和短角牛中发现E+和e2种等位基因,检测到E+/E+、E+/e和e/e3种基因型。在文山黄牛中E+和e等位基因的频率分别为0.54和0.46,在昭通黄牛中分别为0.70和0.30;而在迪庆黄牛中共检测到E+、ED和e3种等位基因,它们的频率分别为0.76、0.14和0.10,该群体存在E+/E+、ED/ED、E+/ED、E+/e和ED/e5种基因型,未发现e/e型个体。与所研究个体的毛色性状相联系,发现E座位对牛的毛色有重要影响,E+和ED等位基因与黑色表型有关,而e等位基因与红色表型有关,但黄色、棕色和红色表型还与其它座位基因相关联。
- 唐贺高英凯苗永旺
- 关键词：毛色PCR-RFLP
- 水牛β-LG基因3,4外显子遗传特征分析
- 2011年
- 本文通过PCR产物直接测序法得到水牛β-LG基因第3,4外显子及其旁侧序列后,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对属于10个群体的224头水牛该基因第4外显子进行了多态性检测,又从中随机抽取属于9个群体的69头水牛采用PCR-SSCP结合测序的方法检测了其第3外显子的遗传多态性。结果显示:河流型水牛和沼泽型水牛β-LG基因的第3外显子均为74 bp;它们的第4外显子均为111 bp;在所研究群体中,两类水牛第3,4外显子序列完全相同,并未发现具有多态现象。与牛科物种同源序列比较显示:水牛β-LG基因3,4外显子在进化上比较保守,相应于普通牛的B等位基因。由于产奶量有明显差异的河流型水牛与沼泽型水牛的β-LG基因第3,4外显子序列间无差异,提示它们对水牛产奶量无直接影响。
- 祁宏李卫真袁峰李大林刘丽仙钱坤苗永旺
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛PCR-RFLPPCR-SSCP
- 大额牛群体遗传多样性的微卫星标记分析被引量：2
- 2011年
- 利用26对黄牛微卫星引物,对分别来自云南省泸水县凤凰山大额牛保种区和贡山县独龙野牛种源保护基地的2个大额牛群体进行遗传变异分析,研究其群体内的遗传变异和群体间的遗传分化。结果共检测到105个等位基因,每个座位的等位基因数从2～6不等,所有座位平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.038 5±0.999 9,3.139 3±0.950 7,0.649 0±0.124 6和0.590 4±0.133 4,表明大额牛群遗传多样性比较丰富。F统计量、基因流、Nei氏遗传距离和遗传相似系数等值反映出两个群体遗传差异较小,遗传分化不明显,遗传一致性较大。
- 田应华霍金龙李石友霍海龙钱林东徐英凌军杨有昌法林荣苗永旺
- 关键词：大额牛微卫星标记遗传分化
- 水牛瘦素受体基因密码子使用偏好性分析被引量：1
- 2017年
- 试验选取27头河流型水牛和41头沼泽型水牛,以从NCBI数据库中下载的家牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对编码瘦素受体(leptin receptor,LEPR)基因的密码子偏好性及水牛与其他物种间密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果发现,所有的密码子在河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因中均有使用,两种类型水牛偏好使用的密码子有28个,其中使用偏好性较强的密码子为AGA(RSCU≥2),表明河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因密码子使用特征相似。水牛及参考物种LEPR基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但水牛与其他参考物种间偏好使用密码子的种类和数目有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型水牛与沼泽型水牛亲缘关系最近,先聚为一类,然后与家牛、野牦牛和野牛聚为一类,再与绵羊、山羊、小鼠和人等物种聚为一类。在密码子使用频率上,河流型水牛LEPR基因与酵母密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和小鼠密码子偏好性差异,从而揭示酵母更适合作为水牛LEPR基因的外源表达系统。
- 范新阳欧阳依娜王鹏武张永云滕晓红苗永旺
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛
- 水牛κ-酪蛋白基因(CSN3)外显子4序列多态性研究被引量：3
- 2012年
- 分别设计位于CSN3 5个外显子旁侧引物,采用DNA测序法对沼泽型和河流型水牛CSN3编码区结构进行了分析,并对10个水牛群体共106个样本CSN3第4外显子序列进行了变异检测。结果表明,两类水牛CSN3编码区由848个核苷酸组成,包括ORF序列573bp、5′-UTR序列69bp和3′-UTR序列206bp。在水牛CSN3第4外显子中共检测到4个SNP,其中c.445G>A,c.467C>T和c.516A>C为异义替换,导致相应的κ-CN成熟肽中氨基酸发生p.Val128Ile、p.Thr135Ile和p.Glu151Asp改变,c.467C>T和c.516A>C替换可能对κ-CN功能产生了影响。群体遗传分析表明,在河流型水牛中,等位基因c.445G、c.467C、c.471C和c.516A均为优势等位基因,而在沼泽型水牛中,仅c.445G、c.467C和c.471C为优势等位基因,河流型和沼泽型水牛的遗传差异主要体现在SNP516位点的群体遗传组成上。
- 祁宏刘丽仙袁峰李大林袁跃云苗永旺
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛Κ-酪蛋白基因多态性
- 家养水牛催乳素基因编码区结构特征被引量：1
- 2012年
- 催乳素具有促进生长发育及维持泌乳、进行免疫调节等生物学功能,但目前家养水牛PRL基因的变异特征及其与水牛性状间的关系还不清楚。本研究采用PCR-SSCP及PCR产物直接测序技术,检测不同沼泽型和河流型水牛群体PRL基因各外显子的遗传变异,将各外显子序列进行拼接得到编码区序列,对其进行生物信息学分析,结果表明:水牛成熟催乳素含199个氨基酸残基,其编码蛋白呈酸性,碱基使用率为A 25.96%,T 22.95%,C 28.14%,G22.95%,平均碱基组成差异较小,偏好性密码子占密码子使用总数的48.21%。在沼泽型水牛群体中检测到c.G192A、c.C427T和c.C606T共3种核苷酸替换,均为同义替换,产生8种单倍型,在河流型水牛群体中检测到c.C606T替换,为同义替换,产生2种单倍型,不同单倍型个体未产生表达差异。序列比对分析表明,水牛PRL基因编码区序列在进化过程中未受到人工选择的影响,可能是因为功能的约束使其编码区序列表现得十分保守。
- 袁峰苗永旺王绍卿李大林袁跃云
- 关键词：催乳素基因编码区PCR-SSCP
