李书实
- 作品数：7 被引量：18H指数：3
- 供职机构：辽宁师范大学化学化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金辽宁省高等学校优秀人才支持计划国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：理学更多>>
- 碱基腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点被引量：4
- 2013年
- 正确理解核酸碱基和蛋白质多肽间的作用机制有助于人们利用这些生物分子有效地进行分子设计,进而制备具有特殊纳米结构和功能的生物分子材料.本文优化得到了碱基腺嘌呤与N-甲基乙酰胺、甘氨酸二肽、丙氨酸二肽形成的20个氢键复合物的结构并计算了结合能,探讨了腺嘌呤与多肽酰胺间氢键作用的最佳位点.研究发现:腺嘌呤可以使用两个不同位点(A1位点和A2位点)与N-甲基乙酰胺形成N―H…N型或者N―H…O=C型氢键复合物,腺嘌呤使用A1位点与N-甲基乙酰胺形成的N―H…N型氢键复合物更稳定;二肽分子可以使用主链上两个不同位点(丙氨酸的Ala7位点和Ala5位点或者甘氨酸的Gly7位点和Gly5位点)与腺嘌呤形成含有N―H…N和N―H…O=C两条氢键的复合物,二肽分子使用Ala7或Gly7位点与腺嘌呤形成的氢键复合物更稳定;腺嘌呤与多肽间的氢键作用强于其与N-甲基乙酰胺的作用.基于分子中的原子理论与自然键轨道计算结果分析了氢键作用的本质.
- 刘帅李书实刘冬佳王长生
- 关键词：氢键结合能
- 取代基对腺嘌呤与胸腺嘧啶氢键复合物体系结合能的影响被引量：7
- 2014年
- 优化得到了17个取代胸腺嘧啶与腺嘌呤形成的氢键复合物的结构,并计算了这些复合物的结合能,探讨了胸腺嘧啶上不同取代基对结合能的影响.结果表明,CF3取代的胸腺嘧啶与腺嘌呤间的结合能大于胸腺嘧啶与腺嘌呤间的结合能,这可能是屈氟尿苷具有阻止病毒及肿瘤扩散功能的原因所在.SO3H,CN和NO2取代的胸腺嘧啶与腺嘌呤间具有更大的结合能,表明这3个基团取代的胸腺嘧啶也可能具有潜在的抗肿瘤作用.分子中原子理论与自然键轨道分析表明,在所有体系中,氢键N—H…N最强,N—H…O C次之,C—H…O C最弱,轨道作用在氢键作用中占有重要地位.
- 刘朋李书实王长生
- 关键词：胸腺嘧啶腺嘌呤取代基效应结合能
- 含酰胺和尿嘧啶的氢键复合物的三体效应被引量：3
- 2014年
- 采用包含BSSE校正的MP2／aug—cc—pVTZ方法对酰胺、二肽、尿嘧啶和水分子形成的氢键复合物的三体效应进行了研究，分析了三体作用能对体系总作用能的贡献．结果表明，在这些氢键复合物中，三体作用能占体系总作用能的10％～20％，三体作用属于近程作用，因此在分子模拟中至少应考虑近处的三体效应．
- 李书实姜笑楠王长生
- 关键词：氢键复合物酰胺尿嘧啶
- OxoMn(Salen)与取代乙烯的环氧化反应机理的理论研究被引量：2
- 2010年
- 使用B3LYP方法研究了OxoMn(Salen)与取代乙烯CH2=CHR(R=H,Me,NO2,CF3)的环氧化反应机理.结果表明:OxoMn(Salen)与取代乙烯的反应不可能经由协同反应通道完成;由于第一过渡态的相对Gibbs自由能太高,单重态OxoMn(Salen)与取代乙烯的反应也不可能经由分步反应通道完成;三重态和五重态OxoMn(Salen)与取代乙烯的反应可以经由分步反应通道2步完成,并且第1步是反应的决速步骤.研究结果还表明,取代基对第一过渡态的相对Gibbs自由能影响不大.
- 王长生汤立鹏曲威李书实赵明张丹
- 关键词：环氧化反应
- 快速预测N-H···O=C和C-H···O=C型氢键复合物的作用能
- 氢键在蛋白质折叠和碱基配对等生物过程发挥至关重要的作用,然而准确和有效地描述氢键作用却十分困难。高精度的从头算方法可以准确地描述氢键作用,但受到计算硬件的限制不可能应用到复杂体系中。基于人们对氢键本质的理解,我们建立了一...
- 李书实王长生
- 关键词：氢键极化
- 文献传递
- 带电组氨酸侧链与DNA碱基间非键作用强度的理论研究被引量：3
- 2017年
- 采用MP2方法和6-31+G(d,p)基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构,从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构,使用包含基组重叠误差(BSSE)校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基组及密度泛函理论M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组计算了这些复合物的结合能.研究结果表明,包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组能够给出较准确的结合能;气相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链最易通过离子氢键与胞嘧啶C和鸟嘌呤G作用形成氢键复合物,组氨酸与胞嘧啶C和鸟嘌呤G间的T型作用强于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用;水相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用仍明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链更易与胞嘧啶C和鸟嘌呤G相互作用形成氢键复合物,但是最强的组氨酸侧链与胞嘧啶C间的T型作用明显弱于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用,说明水相条件下组氨酸侧链与DNA碱基间主要通过离子氢键作用形成氢键复合物.
- 李蕾李书实王长生
- 碱基对AT/GC与组氨酸/天冬酰胺侧链间氢键作用的优势位点
- 2019年
- 采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到18个由组氨酸(His)/天冬酰胺(Asp)侧链分别与2种Watson-Crick碱基对(AT/GC)形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计算方法加上极化连续介质(PCM)模型计算得到氢键复合物在水相中的结合能.结果表明,碱基对AT与组氨酸侧链/天冬酰胺侧链氢键作用的较稳定作用位点是site1与site3;碱基对GC的较稳定作用位点是site1与site4.分子中原子(AIM)与自然键轨道(NBO)分析计算所得的结果与结合能强弱顺序一致.
- 李书实李赫王萌黄翠英
- 关键词：碱基对氢键复合物结合能作用位点
