刁元波
- 作品数：10 被引量：12H指数：2
- 供职机构：四川大学化学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 复杂网络理论和细胞自动机在生物信息学中的应用研究
- 随着生命科学和生物技术的迅猛发展，生物信息数据资源的增长呈现爆炸之势，同时计算机运算能力的提高和国际互联网络的发展使得对大规模数据的贮存、处理和传输成为可能，为了快捷方便地对己知生物学信息进行科学的组织、有效的管理和进一...
- 刁元波
- 关键词：复杂系统无尺度网络细胞自动机生物信息学层次聚类算法
- 蛋白质相互作用网络的大尺度分析
- 2009年
- 蛋白质是活细胞生物功能的主要载体。但单个蛋白质并不能发挥任何作用，只有与其他蛋白相互作用才能具有生物学功能。蛋白质相互作用在绝大多数细胞水平的生物过程，如DNA复制与转录、信号转导和细胞周期调控等中有着十分关键的作用。从系统水平上研究蛋白质相互作用，被认为是揭示细胞内部运行机制的一个重要的策略。
- 马代川刁元波李益洲李梦龙郭延芝
- 关键词：蛋白质相互作用网络蛋白相互作用细胞周期调控细胞水平生物学功能DNA复制
- 细胞信号转导的复杂网络分析被引量：3
- 2007年
- 基于KEGG数据库,构建了一个节点数N=933,连接数L=6825的细胞信号转导网络．该网络为具幂律形式的度分布、遵循BA模型的无尺度网络;其中γ指数为1．7,平均路径长度5．63。通过广度优先搜索算法构建本网络的距离矩阵,并进行聚类分析,实现了对该信号网络的可视化处理和拓扑结构分析。结果表明,此细胞信号转导网络可以较好地描述细胞内蛋白质之间的相互作用关系,其基本属性与先验知识有较好的一致性。
- 潘义冯子男刁元波向杰文志宁李梦龙
- 关键词：细胞信号转导复杂系统无尺度网络生物信息学
- 细胞信号转导的复杂网络
- 使用网络服务,从远程数据库中提取数据并构建了一个包括931个节点,6798条边的细胞信号传导网络.分析了该网络的一些静态几何量及其拓扑结构,讨论了部分生物学意义并推导出相应的信号通路.
- 刁元波冯子男印家健潘义李梦龙
- 关键词：复杂系统生物信息学
- 文献传递
- 支持向量回归用于氨基酸描述符在肽QSAR建模中的性能评价被引量：6
- 2006年
- 采用支持向量回归方法用3个数据集来评价z-scales、c-scales、ISA-ECI、MS-WHIM、PRIN等5个氨基酸描述符在肽QSAR支持向量回归模型构建中的性能并对核函数进行选择,采用留一法交叉检验的结果显示径向基核函数要好于多项式核函数和线性核函数;在以径向基核函数的支持向量回归模型中表明z-scales的预测准确度要略优于其它描述符,且在同一描述符的情况下SVR的预测效果要好于其它线性方法,说明SVR在肽QSAR模型构建中是一个可行的方法.
- 印家健李梦龙文志宁潘义刁元波
- 关键词：定量构效关系核函数支持向量回归性能评价
- 抗癌药物-靶标-恶性肿瘤相互作用的级联层次网络研究
- ＜正＞近年来研究表明,肿瘤的发病机制具有多靶点、多环节,多层次的级联网络型调控等特点[1]。面对众多药物靶标,传统的药物研究策略面临着巨大挑战。基于系统的创新药物研究,期望针对多
- 方亚平文志宁马代川李梦龙刁元波
- 关键词：复杂系统层次网络抗癌药物细胞自动机
- 文献传递
- 药物-靶标网络的节点角色表征
- 2009年
- 基于系统生物学的方法对药物及其蛋白质靶标进行网络化的系统研究将有助于我们从生物信息学的角度来理解药物研发的现况。通过现有的FDA批准的药物及其靶标相关联的信息构建药物一靶标网络，对网络进行拓扑表征并分析其性质，同时定义一个新的指标来表征不同节点在网络中的重要程度，提供了一种基于角色的网络表征方法。实验大致可以分为以下3步：
- 方亚平郭延芝文志宁李梦龙刁元波
- 关键词：药物研发网络化靶标系统生物学生物信息学信息构建
- 信号处理方法用于化学及生物相似信息提取研究
- 红外光谱是物质特征的重要反映,也是化合物进行定量及定性分析的重要依据之一, 目前已知的化合物有成千上万种,并且新的物质还在不断的被合成或发现,标准红外谱图库数据也不断增大,有效地针对该数据库进行压缩,不仅有助于数据的存储...
- 文志宁李梦龙刁元波李益洲郭延芝
- 关键词：小波分析
- 文献传递
- 遗传算法-偏最小二乘法用于卵巢癌血清蛋白质组数据的特征挑选被引量：2
- 2007年
- 统计学t检验结合引入的变量筛选方法——遗传算法-偏最小二乘法(GAPLS)对卵巢癌SELDI-TOF MS数据进行特征筛选,从15154个原始变量中筛选得到4个特征质荷比值,采用支持向量机(SVM)模型的留一法交叉验证结果为95.26%.结果表明这4个质荷比值具有重要的生物学意义,它们或许可以作为卵巢癌的生物标记物,同时GAPLS可以作为一种有效的蛋白质组数据的特征筛选方法.
- 潘义郑波向杰文志宁刁元波李梦龙
- 关键词：支持向量机卵巢癌蛋白质组
- 人类细胞信号网络社区结构分析
- 对上世纪大多数生物学家来说,生物体就是一部根据基本的物理和化学规则组装起来的机器。他们相信,不管这台机器有多复杂,只要研究清楚它的每一个组件,就能最终揭开其奥妙所在。显然,这是一种基于还原论的分析方法。相应的,上世纪的生...
- 刁元波李梦龙文志宁印家健郑波
- 关键词：复杂系统
- 文献传递
