刘航
- 作品数：8 被引量：17H指数：3
- 供职机构：南京农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目湖北省科技攻关计划更多>>
- 相关领域：农业科学经济管理更多>>
- 基于全基因组Fst和nSL分析鉴别苏淮猪中性洗涤纤维表观消化率相关候选基因位点被引量：4
- 2021年
- 旨在鉴定苏淮猪(含25%淮猪和75%大白猪血统的国家级新品种)在培育过程中受选择的与纤维表观消化率性状相关的基因片段,为解析苏淮猪耐粗饲遗传机制奠定基础。本研究首先检测分析了331头160日龄苏淮猪个体的中性洗涤纤维(neutral detergent fiber,NDF)表观消化率,计算群体NDF表观消化率估计育种值(estimated breeding value,EBV),选择其中EBV极高和极低各10%的个体(N=66)进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index,Fst)和按长度划分隔离点数(number of segregating sites by length,nSL)法分析苏淮猪群体内的选择信号分布情况,寻找选择信号区域内与纤维消化相关的重要基因。最后,选择两种分析中受选择的共有SNPs位点在苏淮猪全群分型,开展与NDF表观消化率的关联性分析,进一步确定影响苏淮猪NDF表观消化率的SNPs位点。结果显示,通过对高、低NDF表观消化率苏淮猪群体芯片分型数据质控,共有51367个有效SNPs位点用于后续分析。通过Fst和nSL选择信号分析,共鉴定到146个受选择信号区域和361个受选择的基因,其中多个基因被报道与肠道健康和肠道发育等功能相关,包括MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5等基因。选择两种分析中受选择且共有的8个SNPs位点,通过SNP与苏淮猪全群NDF表观消化率的关联性分析,发现rs81363074、rs327393763和rs81404927位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在显著关联(P<0.05),rs81347101和rs318870857位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在极显著关联(P<0.01)。其中,rs81363074位点位于MCC基因第二内含子上。通过高、低NDF表观消化率苏淮猪群体Fst和nSL选择信号分析,筛选到146个受选择信号区域,鉴定到影响苏淮猪NDF表观消化率的受选择候选基因MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5,筛选到了5个与NDF表观消化率显著关联的SNPs位点。本研究结果为解析苏淮猪耐粗饲性�
- 李开军侯黎明蒲广刘航刘根盛石传宗金通周娟李平华李平华
- 关键词：苏淮猪FST
- 农地承包经营权流转原因 存在问题及对策被引量：1
- 2011年
- 通过文献资源和数据分析,得出快速城镇化和工业化导致的农地资源大量"溢出"和家庭联产承包责任制下农户户均耕地规模日益缩水是导致农地承包经营权流转的主要原因,指出流转面临流转主体缺失、农村社保不到位、服务体系不健全、流转后就业无保障等问题,促进农地承包经营权合理有序流转,需要加大流转宣传、发展流转中介、完善农村社保、稳定农民工就业。
- 刘航
- 关键词：农地承包经营权
- 经济快速发展地区的农业旅游发展研究——以苏南地区为例
- 当前，我国正处于国民社会经济转型的重要时期，经济发展进程空前加快。在这一背景下，我国东南沿海、长三角、珠三角、京津唐等地区逐步成为我国经济快速发展地区。近年，国内外关于经济快速发展地区的发展问题研究已成为热点：1990年...
- 刘航
- 关键词：农业旅游可持续发展
- 文献传递
- 基因组分析对猪乳头数相关数量性状基因座鉴定
- 2023年
- 【目的】分析乳头数的变异,挖掘与乳头数相关的数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)和候选基因,为猪乳头数的选育研究提供重要分子标记。【方法】准确测定了709头苏淮猪(335头育肥猪和374头种猪)的左、右和总乳头数。对苏淮育肥猪进行80K芯片分型,并使用芯片数据计算左、右、总乳头数的遗传力和基因组估计育种值(genomic estimated breeding value,GEBV)。基于乳头数GEBV和表型排名,选择前10%的个体以及后10%的个体进行群体分化指数分析(fixation Index,FST)检测高度分化的位点。接着,通过全基因组关联分析(genome wide association analysis,GWAS)鉴定与乳头数关联的位点,选择高度分化且与乳头数显著关联的位点作为候选位点,选择位于候选位点附近且功能注释后与乳头数相关的基因作为候选基因。最后,选择每个染色体上最显著的候选位点对709头苏淮猪进行乳头数关联分析,以验证上述位点的显著性。【结果】苏淮育肥猪左、右、总乳头数的变异系数分别为10.20%、9.26%、8.50%,遗传力分别为0.212、0.257、0.312。基于FST和GWAS分析,总共在7、13、16、18号染色体(Sus Scrofa Chromosome,SSC)上鉴定到20个乳头数的候选位点,这些候选位点可解释5.49%—8.03%的表型方差。其中,SSC7上与总乳头数关联的位点rs80894106与文献中报道的影响大白和杜洛克猪总乳头数的候选位点一致,但左乳头的候选位点rs81444134(26.51 Mb,SSC13)和rs81233299(8.13 Mb,SSC18)均为新发现的与乳头数相关的位点。左、右、总乳头的候选位点主要集中在SSC16上的6.36—10.66 Mb区间;连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析发现,区间内7.47—8.27 Mb的候选位点拟合成了一个795 kb的单倍型块,且该单倍型块是新发现的影响乳头数的候选区域;单倍型块内的rs337606862(7.47 Mb)与右乳头和总乳头最显著关联,单倍型块内的3个位点均位于cadherin 18(CDH18)基�
- 尹彦镇侯黎明刘航陶伟石传宗刘锴月张萍张萍李强李平华黄瑞华
- 关键词：FST苏淮猪乳头数
- 利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因被引量：3
- 2022年
- 旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss,DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value,EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10%的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index,Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择|iHS|值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到73个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关
- 陶伟侯黎明王彬彬刘航刘航尹彦镇郭皓牛培培张总平李强黄瑞华李平华
- 关键词：滴水损失FSTIHS候选基因
- 显性效应对苏淮猪肉色性状遗传评估和基因组选择的影响被引量：3
- 2021年
- 旨在评估显性效应对估计苏淮猪肉色性状遗传参数和基因组估计育种值(genomic estimated breeding value, GEBV)准确性的影响,为苏淮猪肉质性状育种提供理论依据。基于基因组最佳线性无偏预测(genomic best linear unbiased prediction, GBLUP)方法,提出2种模型:含加性效应的模型GBLUP-A和包含加性效应和显性效应的模型GBLUP-AD;试验测定487头苏淮猪屠宰后_(45 min)和24 h的肉色性状(亮度L*,红度a*和黄度b*),利用一般线性模型(general linear model, GLM)评定每个肉色性状的影响因素,通过DMU软件在2种GBLUP模型下估计苏淮猪肉色性状的遗传方差,并且比较其GEBV预测的准确性。结果显示:屠宰季节和屠宰批次对所有肉色性状均有显著影响,L*值在夏季时最高,在春季时最低,而a*值和b*值在春季时最高,夏季时最低;L*值随着胴体重增加显著下降(P<0.05),a*值随着日龄的增加极显著上升(P<0.01),而b*值随着日龄的增加显著下降(P<0.05);苏淮猪肉色遗传力属于低至中等遗传力,其范围从0.13~0.32;显性效应对于估计不同肉色性状的遗传参数呈现不同的影响,显性遗传方差与加性遗传方差的比率在b*值和a*值中较大;在预测GEBV方面,除了L*_(24 h)和b*_(45 min)性状,L*_(45 min)、a*_(45 min)、a*_(24 h)和b*_(24 h)在GBLUP-AD模型中预测GEBV的准确性都有所提高。提示:在估计肉色性状GEBV的模型中加入显性效应,可以有效提高预测准确性,合理估计肉色性状的遗传参数。
- 刘航侯黎明王彬彬王彬彬陶伟张总平牛培培李强李平华黄瑞华
- 关键词：苏淮猪显性效应肉色
- 农地内部流转的绩效评价及影响因素分析
- 农地内部流转是指不改变农地农业用途前提下农地使用权在使用者之间的流转，根据农业部最新统计，目前中国已发生内部流转的农地占全部承包地面积比重超过12％，且呈现加速增长趋势。本文以“农地内部流转市场”为研究对象，运用生产函数...
- 刘航
- 关键词：绩效评价生产函数模型粮食增产农民增收
- 苏淮猪肉滴水损失相关候选基因突变位点的鉴别被引量：5
- 2021年
- [目的]本试验旨在鉴别影响苏淮猪肉滴水损失的关键基因及位点,为苏淮猪肉品质选育提供重要分子标记。[方法]屠宰301头苏淮猪(胴体重平均为58.67 kg),测定肌肉滴水损失,分析含有胁迫相关蛋白(SAP)结构域的肌肉增强因子2激活基因(MAMSTR)rs337473375(C>T)位点、抵抗素基因(RETN)rs327132149(G>A)位点、兰尼定受体基因(RYR1)g.1843C>T位点、磷酸化酶激酶γ1基因(PHKG1)g.8283C>A位点以及一磷酸腺苷激活蛋白激酶γ3亚基基因(PRKAG3)p.Arg200Gln位点和p.Ile199Val位点等6个已知影响滴水损失的候选基因功能位点在301头苏淮猪群体中的遗传多态性,使用SAS 9.2软件的混合线性模型分析上述基因多态性与苏淮猪肌肉滴水损失的关联性。[结果]苏淮猪群体肌肉滴水损失平均为1.83%,变异系数为67.88%。其中,母猪肌肉滴水损失极显著低于阉公猪。5个候选基因的6个功能位点在苏淮猪群体中均存在多态性。其中,MAMSTR基因rs337473375(C>T)位点C、T等位基因的基因频率分别是0.661和0.339,该位点与猪肉滴水损失极显著关联;RETN基因rs327132149(G>A)位点G、A等位基因频率分别为0.032和0.968,该位点与苏淮猪肉滴水损失无关联;RYR1基因g.1843C>T位点C、T等位基因的基因频率分别是0.967和0.033,该位点与猪肉滴水损失显著关联,CC型为有利基因型;PHKG1基因g.8283C>A位点在苏淮猪群体中未发现遗传多态性,但我们在该位点前一个碱基处发现新的突变rs697732005(A>G)位点,其G、A等位基因频率分别为0.264和0.736,此位点与苏淮猪肉滴水损失显著关联,GG型为有利基因型;PRKAG3基因p.Arg200Gln位点在苏淮猪群体中未检测到多态性,但该基因p.Ile199Val位点有多态性,G、A等位基因频率分别为0.834和0.166,且此位点与滴水损失有关联的趋势。[结论]MAMSTR基因rs337473375位点、RYR1基因g.1843C>T位点和PHKG1基因的rs697732005位点是影响苏淮猪肉滴水损失的候选基因位�
- 高琛韩萍萍王彬彬张倩张倩王欢蒲广王欢张总平牛培培刘航黄瑞华李平华
- 关键词：苏淮猪滴水损失候选基因多态性
