马素参
- 作品数：24 被引量：51H指数：4
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院基础医学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划重大基础研究前期研究专项更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生天文地球更多>>
- PDZ结构域低丰度配体的筛选方法
- 低丰度配体的筛选是研究蛋白质相互作用连锁图的一个难点,本研究旨在改进以往的研究方法,建立更加有效的筛选低丰度配体的平台。PDZ结构域是一种重要的蛋白质相互作用结构域,在蛋白质定位、信号转导和蛋白复合体的组装等方面发挥重要...
- 宋婀莉田瑞马素参高友鹤
- 文献传递
- 进行性脊髓性肌萎缩症患者神经元存活基因及神经元凋亡抑制蛋白基因的缺失被引量：7
- 2000年
- 目的研究中国人群中进行性脊髓性肌萎缩症 (spinal muscular atrophy, SMA)患者中神经元存活基因（ survival motor neuron, SMN）外显子 7及神经元凋亡抑制蛋白基因（ neuronal apoptosis inhibitory protein gene, NAIP）外显子 5缺失情况，进一步探讨这 2个 SMA候选基因与 SMA的关系。方法应用 PCR- SSCP分析技术对 55个 SMA患儿家系及 40例正常人个体的 SMN基因外显子 7区域和 55例患儿 NAIP基因外显子 5的缺失进行检测。结果 SMN基因外显子 7区域纯合缺失率分别为： SMA I型 92％（ 23/25）；Ⅱ型 90％（ 27/30）。患儿双亲中有 2例母亲和 1例父亲也有纯合缺失。在 55例 SMA患儿中未检测到有 NAIP基因外显子 5的纯合缺失，仅发现 2例杂合性缺失。结论中国人 SMA患者中 SMN基因外显子 7的纯合缺失率高，而在正常人中未见有缺失，表明其与 SMA发生密切相关； NAIP基因外显子 5的杂合性缺失率在本实验中仅约为 4％。
- 马素参袁丽芳刘天慈杨涛周文敏吴沪生
- 关键词：脊肌萎缩症单链构象多态性
- 通过筛选随机多肽文库研究Veli3 PDZ结构域配体结合特性被引量：1
- 2009年
- 目的研究Veli3 PDZ结构域配体的结合特性。方法用Veil3 PDZ为诱饵蛋白,用酵母双杂交方法筛选随机多肽文库。结合生物信息学方法在各种数据库中检索与Veli3 PDZ识别规律相符合的天然人类蛋白质。然后根据蛋白质的功能和细胞定位等性质选择14个潜在新配体用酵母双杂交验证相互作用。文献检索与Veli3 PDZ配体结合的其他PDZ蛋白。结果Veli3 PDZ结构域配体C-末端保守的氨基酸序列通式可以表示为:[E/X][S/T]X[V/I/L]-COOH(X表示任意氨基酸)。这是ClassⅠPDZ结构域配体的特点。用酵母双杂交实验证实14个生物信息方法预测的潜在配体中有6个配体与Veli3相互作用。另一个PDZ蛋白PSD-95与已报道的Veli3 PDZ配体和本研究新发现的潜在配体有多个相互作用。结论新发现的6个Veli3PDZ潜在配体为进一步研究Veli3的生物学功能提供新的线索。另外Veli3与PSD-95可能易于同时竞争结合同一配体,其生物学意义还有待进一步研究。
- 田瑞马素参杨涛高友鹤
- 关键词：蛋白质相互作用PDZ结构域酵母双杂交生物信息学
- 结合Grb7蛋白SH2结构域的非磷酸化配体及其制药用途
- 本发明涉及结合Grb7蛋白SH2结构域的非磷酸化配体及其制药用途。具体而言，本发明涉及一种肽段，具有通式I：GIPT/K/NX<Sub>15</Sub>G/WD/IP所示的序列，其中X选自氨基酸残基P、S、T、Q、N、H...
- 高友鹤张丹胡斯奇马素参
- 文献传递
- 脊肌萎缩症患者SMN及NAIP基因的初步分析被引量：1
- 1999年
- 马素参袁丽芳刘天慈杨涛周文敏吴沪生
- 关键词：脊肌萎缩症外显子纯合缺失基因倒位基因诊断
- 通过筛选随机多肽文库研究ZO-1中PDZ1结构域的配体结合特点被引量：1
- 2006年
- 选择ZO-1的PDZ1结构域作为研究对象,以酵母双杂交为筛选系统,筛选随机多肽文库和与其它PDZ结构域的配体进行相互作用,阐明ZO-1PDZ1的配体结合特性.ZO-1PDZ1识别配体C末端保守的氨基酸序列通式可以表示为[S/T][F/Y/W][V/I/L/C]-COOH、[S/T][K/R]V-COOH、V[F/Y/W][L/C]-COOH、EYV-COOH.研究发现ZO-1PDZ1的配体同时具有3种传统PDZ结构域配体的特点,不同的是其结合配体-1位对芳香族氨基酸具有强烈的偏好性.并且某些PDZ结构域配体的-1位和-3位对结构域与配体相互作用的特异性和亲和力有重要的作用.随后通过生物信息学的方法在Swiss-Prot数据库找到与此识别规律相符合的天然人类蛋白质.根据蛋白质的功能和细胞定位等性质选择10个配体用酵母双杂交验证相互作用.证实的相互作用配体有4个.本研究希望用这样的研究策略建立一种有效的研究蛋白质相互作用的方法,通过在全蛋白质组规模上对含有结合配体保守氨基酸序列的蛋白质的查询,理论上可以找到现有数据库中所有可能与目的结构域结合的潜在配体蛋白,特别是那些筛选cDNA文库不容易获得的低丰度配体.
- 田瑞李英娜宋婀莉高诗娟黄海明张玲马素参高友鹤
- 关键词：蛋白质相互作用PDZ结构域酵母双杂交
- 脊肌萎缩症的产前基因诊断被引量：8
- 1999年
- 袁丽芳刘天慈马素参周文敏杨涛吴沪生孙念怙赵时敏
- 关键词：脊肌萎缩症产前诊断基因诊断
- 利用烟草基因组DNA构建近随机多肽文库
- 2005年
- 介绍一种新的方法构建近随机多肽文库。选取从大基因组物种的组织或细胞中提取的基因组DNA ,利用切割频率高的限制性内切酶切割 ,产生的短片段可以近似地认为是随机序列的片段 ,将它们与匹配的载体连接后转化进宿主细胞进行表达 ,从而获得近随机多肽文库。这样的文库可以用于蛋白质相互作用的研究。同一种基因组DNA可以利用不同的酶切 ,再分别连接到表达载体的不同读码框架 ,从而产生不同编码序列的多种近随机多肽文库。介绍了充分利用烟草基因组DNA构建两种不同酶切 ,三种读码框架 ,共六种不同编码序列的近随机多肽文库的方法。
- 马素参黄海明高友鹤
- 关键词：烟草基因组DNA
- 一种验证性筛选目的结构域结合配体的方法
- 本发明公开了一种验证性筛选目的结构域结合配体的方法。该方法包括以下步骤：1)以目的结构域家族中结合特性有代表性的成员为诱饵蛋白筛选酵母双杂交文库；2)收集步骤1)筛选获得的结合配体克隆以及其它已知或可能的目的结构域结合配...
- 高友鹤宋婀莉高诗娟田瑞马素参黄海明
- 文献传递
- 验证性筛选PDZ结构域结合配体文库快速研究HtrA2/Omi PDZ结构域的结合特性被引量：2
- 2007年
- HtrA2/Omi是一种线粒体丝氨酸蛋白酶,在哺乳动物细胞中具有双重功能,即诱导细胞凋亡和参与维持线粒体活性的动态平衡.PDZ结构域是最重要的蛋白质相互作用结构域之一,参与多种生物学过程,如细胞信号转导、蛋白质降解、细胞骨架组织等.最近研究发现,HtrA2/Omi蛋白的PDZ结构域与配体的相互作用,可以调节HtrA2/Omi蛋白自身的水解酶活性.以HtrA2/Omi PDZ结构域为研究对象,用酵母双杂交系统验证性筛选PDZ结构域结合配体文库,快速研究该结构域的结合特性,并在人类全蛋白质组范围内预测并发现该结构域新的相互作用蛋白,最后分析这些新的相互作用所能够形成的最小相互作用网络来评估其可信度.研究结果揭示了HtrA2/Omi PDZ结构域新的结合特性,即:不仅能够结合已报道的II类PDZ配体而且还可以结合I类和III类PDZ配体,并且配体-3位氨基酸具有一定范围内的可变性.而且,发现了7个新的HtrA2/Omi PDZ结构域相互作用蛋白,为进一步阐明HtrA2/Omi蛋白的生物学功能提供了重要线索.同时证明了验证性筛选目的结构域结合配体文库,这一结构域结合特性研究新策略的实用性和高效性.
- 马素参宋婀莉高诗娟田瑞高友鹤
- 关键词：PDZ结构域蛋白质相互作用生物信息学
